Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,823,195 – 3,823,289 |
Length | 94 |
Max. P | 0.985619 |
Location | 3,823,195 – 3,823,289 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.21 |
Mean single sequence MFE | -23.38 |
Consensus MFE | -21.06 |
Energy contribution | -20.70 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.02 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 2.01 |
SVM RNA-class probability | 0.985619 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3823195 94 + 20766785 -----CCAGCAUGUACGAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCACAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACAC- -----....(((((((((((.((......)).)))))))))))....((((...(((.(((((((((.....))))....))).)))))...))))...- ( -22.80) >DroSec_CAF1 79638 95 + 1 -----CCAGCAUGUGCGAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCACAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACACC -----......(((((.(((......((((((..(((((((....)))))))....))))))..((.(((((........))))).))..)))))))).. ( -24.90) >DroSim_CAF1 96714 100 + 1 UGUGUCCAGCAUGUACGAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCACAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACACC .((((.((((((((((((((.((......)).))))))))))............(((.(((((((((.....))))....))).))))).)))).)))). ( -27.10) >DroEre_CAF1 80417 94 + 1 -----CCAGCAUAUACAAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCAUAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACAC- -----....(((((((((((.((......)).)))))))))))....((((...(((.((((((((((...)))))....))).)))))...))))...- ( -23.50) >DroYak_CAF1 76981 94 + 1 -----CCAGCAUGUACGAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGCCAUCUAAAGCACAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACAC- -----....(((((((((((.((......)).)))))))))))....((.(.(((((.......((.(((((........))))).)).)))))).)).- ( -21.70) >DroAna_CAF1 77628 93 + 1 -----AC-ACAUAUCCAAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCACAUAAUGUUAAAUUUAUGAGCCUGCUGCACUC- -----..-.(((((.(((((.((......)).))))).)))))....((((.(((((.((((((..((.....))....)))).))))))).))))...- ( -20.30) >consensus _____CCAGCAUGUACGAGUGAUAUAUAGAUGAUUUGUAUAUGAAUAUGCGAUAGGCAUCUAAAGCACAUAAUGCUAAAUUUAUGAGCCGGCUGCACAC_ .........(((((((((((.((......)).)))))))))))....((((...(((.(((((((((.....))))....))).)))))...)))).... (-21.06 = -20.70 + -0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:47:55 2006