Locus 803

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,812,246 – 3,812,343
Length 97
Max. P 0.685023
window1408

overview

Window 8

Location 3,812,246 – 3,812,343
Length 97
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.05
Mean single sequence MFE -28.48
Consensus MFE -19.25
Energy contribution -22.08
Covariance contribution 2.84
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.685023
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3812246 97 - 20766785
GCUGUUUGCUG------UAUAUAUGUAUGUAUGCGAGUGUGUGCAUGUAUUGAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((------.(((((((((..(((....)))..)))))))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... ( -33.10)
>DroSec_CAF1 68597 97 - 1
GCUGUUUGCUG------UAUAUAUGUAUGUAUGCGAGUGUGUGCAAGUAUUGAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((------.((((.((((..(((....)))..)))).))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 83936 97 - 1
GCUGUUUGCUG------UAUAUAUGUAUGUAUGCGAGUGUGUGCAUGUAUUGAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((------.(((((((((..(((....)))..)))))))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... ( -33.10)
>DroEre_CAF1 69775 91 - 1
GCUGUUUGCUG------UAUAUAUGUAU----GCGAG--UGUGCAUGUAUUAAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((------.((((((((((----(....--)))))))))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... ( -30.40)
>DroYak_CAF1 65857 91 - 1
GCUGUUUGCUG------UAUAUAUGUAU----GUGAG--UGUGCAUGUAUUGAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((------.((((((((((----.....--.))))))))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... ( -30.10)
>DroAna_CAF1 65604 90 - 1
AUU-UUGGUAGUAGAUACAUACAUACAUAUAUACGAA------------AAAGGGAUCUGAGCGGAAACGACGGGGAACAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
...-...((((((......))).)))...........------------...(...((((..((....)).))))...).(((..((((....)))).))).. ( -14.90)
>consensus
GCUGUUUGCUG______UAUAUAUGUAUGUAUGCGAG__UGUGCAUGUAUUGAAGACGUGAGCGGAAACGCCGGGGAGCAGCAAGUCAUCUACAUGAGUGCAA
(((((((.(((.......(((((((((..(((....)))..)))))))))...........(((....)))))).))))))).(.((((....)))).).... (-19.25 = -22.08 +   2.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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