Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,678,387 – 3,678,507 |
Length | 120 |
Max. P | 0.977988 |
Location | 3,678,387 – 3,678,507 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.08 |
Mean single sequence MFE | -43.88 |
Consensus MFE | -38.48 |
Energy contribution | -39.88 |
Covariance contribution | 1.40 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.86 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.80 |
SVM RNA-class probability | 0.977988 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3678387 120 + 20766785 ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUCGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUAAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACGGCUCGAGCUGGGCGU ...(((((((.((((((((((.........((((((((....((((.........)))).)))))))).))))).))))))))))))..((((((.(......).))))))......... ( -45.10) >DroSim_CAF1 10666 120 + 1 ACAGAUGUUGCUGCUCGUGGUCUCGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGUGUGGGUCGUACCGCUCGAGCUGGGCGU ...(((((.(.((((((((((.........((((((((....((((.........)))).)))))))).))))).)))))).)))))..(((.((((......)))).)))......... ( -40.10) >DroEre_CAF1 9612 120 + 1 ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACCGCUCGAGCUGGACGU ...(((((((.((((((((((.........((((((((....((((.........)))).)))))))).))))).))))))))))))..((((((((......))))))))......... ( -48.80) >DroYak_CAF1 7395 120 + 1 ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUUAAAACAGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACUGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGCCGUACCGCUCGAGCUGGACGU ...(((((((.((((((((((.........((((((((((....(((.....)))...)))))))))).))))).))))))))))))..((((((((......))))))))......... ( -50.70) >DroAna_CAF1 4330 120 + 1 ACCGACGUGGCUGCUCGAGGUCUGGAUAUCGUCGGCGUCAAGACGGUCAUUAAUUUCGUCAUGCCCAUAACAACGGAGCAUUACAUCCAUCGCGUGGGUCGUACAGCUCGUGCCGGACGU .(((..(.(((((..((((((...(((((((((........)))))).))).)))))).)).)))).........((((..(((((((((...)))))).)))..))))....))).... ( -34.70) >consensus ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACCGCUCGAGCUGGACGU ...(((((((.((((((((((.........((((((((....((((.........)))).)))))))).))))).))))))))))))..((((((((......))))))))......... (-38.48 = -39.88 + 1.40)
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