Locus 748

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,654,279 – 3,654,384
Length 105
Max. P 0.500000
window1306

overview

Window 6

Location 3,654,279 – 3,654,384
Length 105
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.58
Mean single sequence MFE -21.80
Consensus MFE -15.58
Energy contribution -16.70
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -0.78
Structure conservation index 0.71
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3654279 105 + 20766785
-CCUGUUACUAGAUCUGUGCACAUAAGAUAUG----AAAUAUUUUGGGAUUAGACCUUCUAGAUAGGUGGCUCAGAAGGUAUAAUCAUUGGCU---------AAGUCUGUUUUAUUUG-G
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>DroSec_CAF1 1957 114 + 1
-CCUGUUAAUAGAUCUGUGUAUUUAAGAUAUG----AAAUAUCUUGGGAUUAUACCUUCUAGAUAGGUGGUUCAGAAGUUAUAAUCAUUGGCUAUAACAAUAAAGUCAGCUUUUUUGU-G
-...((((((............(((((((((.----..)))))))))(((((((.(((((..((.....))..))))).)))))))))))))....((((.((((....)))).))))-. ( -25.10)
>DroSim_CAF1 1959 114 + 1
-CCUGUUAAUAGAUCUGUGUAUAUAAGAUAUG----AAAUAUCUUGGGAUUAUACCUUCUAGAUAGGUGGUUCAAAAGGUAUAAUCAUUGGCCAUAACAAUAAAGUCUGCUUUUUUGU-G
-...((((((.............((((((((.----..)))))))).(((((((((((...((........))..)))))))))))))))))....((((.((((....)))).))))-. ( -24.90)
>DroEre_CAF1 1950 93 + 1
CUAUGUUACAAGAUCUGUGUACAUAAGAUAUAAAUAAAUUAUCUUGCGAUUAUACU-UCUAGGCAAGAAGUUCAGAAGGCAUAAGCAUUGGCUG--------------------------
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>DroYak_CAF1 1984 116 + 1
UCCUGUUACAAGAUCUAUGUACAUAGGAUAUG----AAUUAUCUUGUAAAAGUACUUUCUAAAUAAAAAGUUCAGACGGUAUAAAUAUUGGCUGUGACAUAAAAGUUUGCUUUUUAUUGG
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>consensus
_CCUGUUACUAGAUCUGUGUACAUAAGAUAUG____AAAUAUCUUGGGAUUAUACCUUCUAGAUAGGUGGUUCAGAAGGUAUAAUCAUUGGCUAU_ACA__AAAGUCUGCUUUUUUGU_G
....((((...............((((((((.......)))))))).(((((((((((((.(((.....))).)))))))))))))..))))............................ (-15.58 = -16.70 +   1.12)

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