Locus 740

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,618,358 – 3,618,512
Length 154
Max. P 0.780039
window1295 window1296 window1297

overview

Window 5

Location 3,618,358 – 3,618,472
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.70
Mean single sequence MFE -36.40
Consensus MFE -30.52
Energy contribution -30.25
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.84
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.524824
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3618358 114 - 20766785
------UCGAACGCUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUCUCAAGCGUGCGUUUCAAAACAUU
------.((.(((((..((......(((((((..(((.(((.....).((((((.((((((.....)))))).)))))))).)).)..))))))).))..))))).))............ ( -40.10)
>DroSec_CAF1 5939 114 - 1
------UCGAACGUUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUCUCAAGCGUGCGUUUCAAAACAUU
------.((.(((((..((......(((((((..(((.(((.....).((((((.((((((.....)))))).)))))))).)).)..))))))).))..))))).))............ ( -37.70)
>DroSim_CAF1 3593 114 - 1
------UCGAACGUUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUCUCAAGCGUGCGUUUCAAAACAUU
------.((.(((((..((......(((((((..(((.(((.....).((((((.((((((.....)))))).)))))))).)).)..))))))).))..))))).))............ ( -37.70)
>DroEre_CAF1 7384 114 - 1
------UCUAACGCUGAAGUAAAACUCGUAACUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCAGCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUUUCAAGCGUGCGUUUCAGAACAUU
------....(((((((((......((((.((..(((.(((.....).((((((.((((((.....)))))).)))))))).)).)..)).)))))))).)))))............... ( -37.30)
>DroYak_CAF1 5352 114 - 1
------UCUAACGCUGAAGUAAAACUCAUAGCUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCAGCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUUUCAAGCGUGCGUUUCAAGACGUU
------....((((((((((..........((((.((((.(.....)(((((((.((((((.....)))))).))))))).....)))))))).))))).)))))(((((....))))). ( -37.20)
>DroAna_CAF1 7333 120 - 1
CUUGUAUUCAGCGUCGACGGUCAUCUCAUAGCUUGUCGAUGGAGUGCAAGAUACAUUUAUAUUAAGCCAAAAUGCAUCAGUGGGAUCGGUUGCGAUUGUCAGAGUUCGCUGCAUAACAUU
(((((((((..(((((((((.(........).)))))))))))))))))).....................(((((...(((((((((....)))))........)))))))))...... ( -28.40)
>consensus
______UCGAACGCUGAAGUAAAACUCGUAACUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUUCGGGACUGGUGGCGAUCUCAAGCGUGCGUUUCAAAACAUU
........((((((...........(((((((..(((.((........((((((.((((((.....)))))).)))))))).)).)..)))))))..........))))))......... (-30.52 = -30.25 +  -0.27)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 3,618,398 – 3,618,512
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.91
Mean single sequence MFE -35.67
Consensus MFE -29.39
Energy contribution -28.89
Covariance contribution -0.49
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.777599
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3618398 114 + 20766785
AAGAUGGCUUUUGGGUGAACCAAAACCCAUCCUGUGCUCCUCCGGCCAGUAACGAGUUUUACUUCAGCGUUCGA------CGAUCCACUGCGUACGAGAAACUACGACUGGCCCGGGAUU
..(((((.((((((.....)))))).)))))......(((.(.(((((((....((((((((......))((((------((........))).)))))))))...))))))).)))).. ( -38.70)
>DroSec_CAF1 5979 114 + 1
AAGAUGGCUUUUGGGUGAACCAAAACCCAUCCUGUGCUCCUCCGGCCAGUAACGAGUUUUACUUCAACGUUCGA------CGAUCCACUGCGUACGAGAAACUACGACUGGCCCGGAAUU
..(((((.((((((.....)))))).))))).........((((((((((....((((((((......))((((------((........))).)))))))))...))))).)))))... ( -38.40)
>DroSim_CAF1 3633 114 + 1
AAGAUGGCUUUUGGGUGAACCAAAACCCAUCCUGUGCUCCUCCGGCCAGUAACGAGUUUUACUUCAACGUUCGA------CGAUCCACUGCGUACGAGAAACUACGACUGGCCCGGAAUU
..(((((.((((((.....)))))).))))).........((((((((((....((((((((......))((((------((........))).)))))))))...))))).)))))... ( -38.40)
>DroEre_CAF1 7424 114 + 1
AAGAUGGCUUUUGGCUGAACCAAAACCCAUCUUGUGCUCCUCCGGCCAGUUACGAGUUUUACUUCAGCGUUAGA------CGAUCCACUGCGUACGAGAAACUUCGACUGGCCCGGAAUU
(((((((.((((((.....)))))).))))))).......(((((((((((..((((((..(((..((((.((.------.......))))))..))))))))).)))))).)))))... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 5392 114 + 1
AAGAUGGCUUUUGGCUGAACCAAAACCCAUCUUGUGCUCCUCCGGCCAGCUAUGAGUUUUACUUCAGCGUUAGA------CGAUCCACUGCGUACGAAAAACUACGACUGGCCCGGAAUU
(((((((.((((((.....)))))).))))))).......(((((((((.....((((((.(....((((.((.------.......))))))..).))))))....)))).)))))... ( -35.40)
>DroAna_CAF1 7373 120 + 1
CUGAUGCAUUUUGGCUUAAUAUAAAUGUAUCUUGCACUCCAUCGACAAGCUAUGAGAUGACCGUCGACGCUGAAUACAAGCGUUCCCCUACCUACGAAAAAUUGCAGCUGGCUCGGAAUU
..(((((((((...........)))))))))..........((((..((((..(((((....)))((((((.......)))))).................))..))))...)))).... ( -23.50)
>consensus
AAGAUGGCUUUUGGCUGAACCAAAACCCAUCCUGUGCUCCUCCGGCCAGUAACGAGUUUUACUUCAACGUUCGA______CGAUCCACUGCGUACGAGAAACUACGACUGGCCCGGAAUU
..(((((.((((((.....)))))).))))).........((((((((((..((((((((.(....((((...................))))..).)))))).))))))).)))))... (-29.39 = -28.89 +  -0.49)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 3,618,398 – 3,618,512
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.91
Mean single sequence MFE -40.65
Consensus MFE -31.10
Energy contribution -32.07
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.780039
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3618398 114 - 20766785
AAUCCCGGGCCAGUCGUAGUUUCUCGUACGCAGUGGAUCG------UCGAACGCUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUU
..((((.(((((((((.(((((..(.....(((((.....------.....)))))..)..)))))))..))))))).).)))....(((((((.((((((.....)))))).))))))) ( -45.10)
>DroSec_CAF1 5979 114 - 1
AAUUCCGGGCCAGUCGUAGUUUCUCGUACGCAGUGGAUCG------UCGAACGUUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUU
..((((((.(((((((.(((((.(((.(((........))------))))((......)).)))))))..)))))))))))......(((((((.((((((.....)))))).))))))) ( -39.70)
>DroSim_CAF1 3633 114 - 1
AAUUCCGGGCCAGUCGUAGUUUCUCGUACGCAGUGGAUCG------UCGAACGUUGAAGUAAAACUCGUUACUGGCCGGAGGAGCACAGGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUU
..((((((.(((((((.(((((.(((.(((........))------))))((......)).)))))))..)))))))))))......(((((((.((((((.....)))))).))))))) ( -39.70)
>DroEre_CAF1 7424 114 - 1
AAUUCCGGGCCAGUCGAAGUUUCUCGUACGCAGUGGAUCG------UCUAACGCUGAAGUAAAACUCGUAACUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCAGCCAAAAGCCAUCUU
..((((((.((((((((.((((..(.....(((((.....------.....)))))..)..)))))))..)))))))))))......(((((((.((((((.....)))))).))))))) ( -44.90)
>DroYak_CAF1 5392 114 - 1
AAUUCCGGGCCAGUCGUAGUUUUUCGUACGCAGUGGAUCG------UCUAACGCUGAAGUAAAACUCAUAGCUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCAGCCAAAAGCCAUCUU
..((((((.(((((..(((((((.(.....(((((.....------.....)))))..).)))))).)..)))))))))))......(((((((.((((((.....)))))).))))))) ( -45.60)
>DroAna_CAF1 7373 120 - 1
AAUUCCGAGCCAGCUGCAAUUUUUCGUAGGUAGGGGAACGCUUGUAUUCAGCGUCGACGGUCAUCUCAUAGCUUGUCGAUGGAGUGCAAGAUACAUUUAUAUUAAGCCAAAAUGCAUCAG
..((((...(((.((((........)))).).))))))..(((((((((..(((((((((.(........).))))))))))))))))))...............((......))..... ( -28.90)
>consensus
AAUUCCGGGCCAGUCGUAGUUUCUCGUACGCAGUGGAUCG______UCGAACGCUGAAGUAAAACUCGUAACUGGCCGGAGGAGCACAAGAUGGGUUUUGGUUCACCCAAAAGCCAUCUU
..((((((.(((((((.(((((..(.....(((((................)))))..)..)))))))..)))))))))))......(((((((.((((((.....)))))).))))))) (-31.10 = -32.07 +   0.98)

alignment

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