Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,568,984 – 3,569,077 |
Length | 93 |
Max. P | 0.777162 |
Location | 3,568,984 – 3,569,077 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.67 |
Mean single sequence MFE | -44.40 |
Consensus MFE | -23.09 |
Energy contribution | -24.28 |
Covariance contribution | 1.20 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.14 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.55 |
SVM RNA-class probability | 0.777162 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3568984 93 + 20766785 --AGGCGGCAUCCUUGAGGCUGCGCAGCGCCAUAGCGUUGUGAUGCAGCAGCGCCGCCGUGGUGGGCGUCAUGUCCACAAUGAUGCCGCCACCCA------ --.((((((...(....)((((((((((((....)))))))...)))))...))))))(((((((.((((((.......)))))))))))))...------ ( -50.10) >DroVir_CAF1 14349 92 + 1 GGCUGCCGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAGCAGCGCAGCCGUCGACGGGGUCAUGUCCACGAUCAGGCCAC---CCA------ ((.((..((((...((.((((((((.((((((........))))))....))))))))((.((((......)))).))))..)))))).---)).------ ( -39.40) >DroPse_CAF1 2218 101 + 1 GGCUGCAGCCUCCUUAAGGCUGCGCAGGGCCAGUGCAUUGUGGUGCAACAGUGCUGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACUAUGAGGCCCCCUCCCACUGCCA (((.(((((((.....)))))))...(((((...(((((((......))))))).((((....)))).(((((.....)))))))))).........))). ( -46.70) >DroMoj_CAF1 17576 90 + 1 --UGGCCGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAGCAGGGCGGCCGUCGUCGGGGUCAUGUCCACGAUUAGGCCAG---CCA------ --.(((((((.((....))((((...((((((........)))))).)))))))))))(((((.(((......))))))))..((....---)).------ ( -40.40) >DroAna_CAF1 2575 94 + 1 -CUGGCAGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAUGGCGUUGUGAUGCAACAGAGCCGCCGCAGUGGGCGUCAUAUCCACGAUGAUGCCCCCGCCCA------ -((((((((((.....)))))))(((((((....))))))).......))).......((.(.(((((((((.......)))))))))).))...------ ( -43.10) >DroPer_CAF1 2229 101 + 1 GGCUGCAGCCUCCUUAAGGCUGCGCAGGGCCAGUGCAUUGUGGUGCAACAGUGCUGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACUAUGAGGCCCCCUCCCACUGCCA (((.(((((((.....)))))))...(((((...(((((((......))))))).((((....)))).(((((.....)))))))))).........))). ( -46.70) >consensus _GCGGCAGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAACAGCGCCGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACGAUGAGGCCCCC_CCCA______ ....(((((((.....)))))))((.((((....((((....))))....)))).)).......(((.((((.......)))).))).............. (-23.09 = -24.28 + 1.20)
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