Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,348,858 – 3,348,978 |
Length | 120 |
Max. P | 0.732219 |
Location | 3,348,858 – 3,348,978 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.00 |
Mean single sequence MFE | -47.73 |
Consensus MFE | -35.30 |
Energy contribution | -34.92 |
Covariance contribution | -0.38 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.43 |
SVM RNA-class probability | 0.732219 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3348858 120 - 20766785 UAGACUUUGGAGAUCGGCUCAUCGAGGUAAUUGGGCUGGAGAACUGCCUGCACAUGGGCCAGGUGAGGACUGGACUUCGCGCGUCGGGACGCCGCCUGGCCCAGUGCAGCGAAGUGAUCA ...((((((....((((((((..........))))))))........((((((.((((((((((((((......))))(.((((....)))))))))))))))))))))))))))..... ( -54.50) >DroVir_CAF1 9449 120 - 1 CAGAUUUUGGGGAUCGUCUGAUCGAGGUAAUUGGCCUAGAGAAUUGCCUGCACAUGGGUCAAGUGCGAACGGGUCUGCGUGCUUCCGGUCGCCGAUUGGCUCAGUGCAGCGAGGUCAUCA ..(((((((..((((....)))).((((((((.........))))))))((((.((((((((..((((.((((...(....).)))).))))...))))))))))))..))))))).... ( -43.40) >DroGri_CAF1 3845 119 - 1 -AGAUUUUGGCGAUCGUCUGAUCGAGGUUAUUGGCUUGGAGAAUUGCCUGCACAUGGGUCAGGUGCGGACCGGCCUACGUGCCUCGGGUCGCCGUUUGGCGCAGUGCAGCGAGGUCAUCA -.((((((((((((..((..(((((.....)))).)..))..)))))((((((.((((((.(((....))))))))).(((((.(((....)))...))))).))))))))))))).... ( -48.60) >DroWil_CAF1 9280 120 - 1 UAGACAUCGGCGAUCGUCUGAUUGAGGUAAUUGGCUUGGAGAACUGUUUGCAUAUGGGUCAAGUGCGUACUGGGUUGCGGGCCUCCGGACGACGUUUGGCCCAAUGCAGUGAGGUGAUUA ....(((((.((((..(((.....)))..)))).)............((((((.((((((((((((((.(((((.........)))))))).)))))))))))))))))...)))).... ( -38.20) >DroMoj_CAF1 4398 120 - 1 CAGAUUUCGGUGAUCGCUUGAUAGAGGUAAUUGGCUUGGAGAAUUGUCUGCAUAUGGGUCAGGUGCGCACAGGUUUGCGCGCUUCGGGUCGUCGCUUGGCCCAGUGCAGCGAGGUGAUUA ..........((((((((......((((.....))))......(((.((((((.(((((((((((((((......))))).(....)......))))))))))))))))))))))))))) ( -42.80) >DroAna_CAF1 3009 120 - 1 UAGAUAUUGGAGAUCGCCUAAUCGAGGUAAUUGGCCUGGAGAAUUGCCUGCACAUGGGCCAGGUGAGAACUGGUUUGCGAGCCUCCGGACGCCGCCUGGCCCAGUGCAGCGAGGUGAUCA ...........(((((((...((.((((.....)))).))...((((.(((((.(((((((((((.(..((((...(....)..))))...)))))))))))))))))))))))))))). ( -58.90) >consensus UAGAUUUUGGAGAUCGUCUGAUCGAGGUAAUUGGCCUGGAGAAUUGCCUGCACAUGGGUCAGGUGCGAACUGGUCUGCGCGCCUCCGGACGCCGCUUGGCCCAGUGCAGCGAGGUGAUCA ...........((((((((..((.((((.....)))).)).......((((((.(((((((((((((..(.(((......)))...)..)).)))))))))))))))))..)))))))). (-35.30 = -34.92 + -0.38)
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