Locus 6614

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	20,706,002 – 20,706,122
Length	120
Max. P	0.998897

overview

Window 7

Location	20,706,002 – 20,706,122
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-37.46
Consensus MFE	-36.48
Energy contribution	-36.68
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.92
SVM RNA-class probability	0.982601
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20706002 120 + 20766785
AACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCUGCCAGGCACGAGAUCAAGGAGCAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCGUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
.(((.....(((((........)))))(((((..(.(((((((..((((((((.(((......))).).((((((((......)))))))))))))))))))..))).)..)))))))). ( -37.60)
>DroSec_CAF1 139565 120 + 1
CACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCUGCCAGGCACGAGAUCAAGGAGCAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCAUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
((((.....(((((........)))))(((((..(.(((((((..((((((((.(((......))).).((((((((......)))))))))))))))))))..))).)..))))))))) ( -40.10)
>DroSim_CAF1 143789 120 + 1
CACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCUGCCAGGCACGAGAUCAAGGAGCAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCAUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
((((.....(((((........)))))(((((..(.(((((((..((((((((.(((......))).).((((((((......)))))))))))))))))))..))).)..))))))))) ( -40.10)
>DroEre_CAF1 180419 120 + 1
AACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCCGCCAGGCACGAGAUCAAGGAACAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCAUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
.(((.....(((((........))))).(((((((((..............((.(((......))).))((((((((......)))))))))))))((..((....)).)))))).))). ( -31.60)
>DroYak_CAF1 145576 120 + 1
AACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCCGCCAGGCACGAGAUCAAGGAGCAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCAUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
.(((.....(((((........))))).((((..(.(((((((..((((((((.(((......))).).((((((((......)))))))))))))))))))..))).)..)))).))). ( -37.90)
>consensus
AACGAAACUGACGAGAGGCGCAUCGUCUGCCAGGCACGAGAUCAAGGAGCAUAGAGCAAGGAAGCUGUAACUUUUUAGGAUCAUAAAAAGUGUGCUCCGAUCAUUUGAGGGUGGCACGUG
.(((.....(((((........))))).((((..(.(((((((..((((((((.(((......))).).((((((((......)))))))))))))))))))..))).)..)))).))). (-36.48 = -36.68 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	20,706,002 – 20,706,122
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-33.62
Consensus MFE	-33.38
Energy contribution	-32.98
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	3.27
SVM RNA-class probability	0.998897
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20706002 120 - 20766785
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUACGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGCUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCAGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUU
.((((((((....((...((((((((((.((((((((......))))))))...(((......)))...))))))..))))...))..)))))(((((........))))).....))). ( -33.50)
>DroSec_CAF1 139565 120 - 1
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUAUGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGCUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCAGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUG
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>DroSim_CAF1 143789 120 - 1
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUAUGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGCUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCAGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUG
(((((((((....((...((((((((((.((((((((......))))))))...(((......)))...))))))..))))...))..)))))(((((........))))).....)))) ( -35.80)
>DroEre_CAF1 180419 120 - 1
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUAUGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGUUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCGGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUU
.((((((((....((...((((((((((.((((((((......))))))))...(((......)))...))))))..))))...))..)))))(((((........))))).....))). ( -30.30)
>DroYak_CAF1 145576 120 - 1
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUAUGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGCUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCGGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUU
.((((((((....((...((((((((((.((((((((......))))))))...(((......)))...))))))..))))...))..)))))(((((........))))).....))). ( -32.70)
>consensus
CACGUGCCACCCUCAAAUGAUCGGAGCACACUUUUUAUGAUCCUAAAAAGUUACAGCUUCCUUGCUCUAUGCUCCUUGAUCUCGUGCCUGGCAGACGAUGCGCCUCUCGUCAGUUUCGUU
.((((((((....((...((((((((((.((((((((......))))))))...(((......)))...))))))..))))...))..)))))(((((........))))).....))). (-33.38 = -32.98 +  -0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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