Locus 6606

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,692,941 – 20,693,098
Length 157
Max. P 0.914436
window10509 window10510

overview

Window 9

Location 20,692,941 – 20,693,058
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.77
Mean single sequence MFE -42.88
Consensus MFE -25.97
Energy contribution -25.95
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.61
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.527410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20692941 117 + 20766785
AUACCCGAGACACCGCUGUAGCAUCCCAUGUUGACCAUUGACAUUAUAUAACGCCAUUGAUCAGGGGUCUGGCAAGCAUCCUGUAUACAGGACGUGGUGUUUGAUGUA---GCUUGGACU
....((((((((((((....((.....((((..(...)..))))........((((..(((.....)))))))..)).(((((....))))).)))))))........---.)))))... ( -33.30)
>DroVir_CAF1 224552 120 + 1
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>DroPse_CAF1 131608 117 + 1
AGUCCCGAGACGCCGCUGUAGCAGCCCAUGUUGGUCAUAGAAACAAUGUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUGCGUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG---GCCUGAACU
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>DroWil_CAF1 216336 117 + 1
AGUCCAGAGACACCACUAUAGCAUCCCAUAUUGACCACCGAUAAUAUAUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUUCAUCUUGAGUGCAAGAUGUUGUAUUUGUGGUA---GCCUGAAUC
....(((.(..((((((((((((((...(((((.....))))).......((((((......))))))...((((((.....))))))..)))))))))...))))).---.)))).... ( -34.60)
>DroAna_CAF1 134420 117 + 1
AGGCCCGACACGCCGCUGUAGCAUCCCAUGUUGGCCAUCGACACAAUGUACCGCCAUUGGUCGGGCGUCUGACAGGCGUCCUGGUUGCAGGACGUGGUGUUCGUGGUG---GCCUGUACU
((((((.(((((((((.........((.(((..(.(.(((((.(((((......))))))))))..).)..))))).((((((....)))))))))))))..)).).)---))))..... ( -49.90)
>DroPer_CAF1 142461 117 + 1
AGUCCCGAGACGCCGCUGUAGCAGCCCAUGUUGGUCAUAGAAACAAUGUAACGCCAUUGAUUUGGUGUCUGGCAUGCGUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG---GCCUGAACU
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>consensus
AGUCCCGAGACGCCGCUGUAGCAGCCCAUGUUGACCAUCGAAACAAUGUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUGCAUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG___GCCUGAACU
........((((((((....((...((((((((..........)))))).(((((........)))))..))...))((((((....))))))))))))))...(((....)))...... (-25.97 = -25.95 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,692,981 – 20,693,098
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.59
Mean single sequence MFE -41.65
Consensus MFE -24.83
Energy contribution -25.45
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.914436
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20692981 117 + 20766785
ACAUUAUAUAACGCCAUUGAUCAGGGGUCUGGCAAGCAUCCUGUAUACAGGACGUGGUGUUUGAUGUA---GCUUGGACUGACAAAUACAAGUCUGGACACUGGGUGAUAGUAUAGUAGC
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>DroPse_CAF1 131648 117 + 1
AAACAAUGUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUGCGUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG---GCCUGAACUGACAGAAACAGAUCAGGACACUGUGUGAUGGUGUAGUAGC
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>DroGri_CAF1 229628 120 + 1
AGACGACGUAGCGCCACUGAUCGGGCGUCUGGCACUCAUCCUGGGUGCAGGAUGUGGUGCUGGUGGUGCCCGGCUGGACGGACAAAUAGAGCGGAGGACACUGGGUGAUGGUGUAGUAGC
..........(((((((((..((((((.(..((((((((((((....))))))).)))))..)...))))))..))).....((..(((.((....).).)))..)).))))))...... ( -45.60)
>DroWil_CAF1 216376 117 + 1
AUAAUAUAUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUUCAUCUUGAGUGCAAGAUGUUGUAUUUGUGGUA---GCCUGAAUCGACAAAAAUAGAUCCGGACACUGGGUAAUGGUGUAAUAGC
......(((.((((((((.(((..((((((((....(((((((....)))))))((((.(((((.(..---........).))))).))))..))))))))..))))))))))).))).. ( -42.00)
>DroAna_CAF1 134460 117 + 1
ACACAAUGUACCGCCAUUGGUCGGGCGUCUGACAGGCGUCCUGGUUGCAGGACGUGGUGUUCGUGGUG---GCCUGUACUGAUACGUAAAGGUCGGGGCACUGUGUAAUGGUGUAGUAGC
(((((.((..(((((((..(((((....)))))..((((((((....)))))))).......)))))(---((((.(((......))).)))))))..)).))))).............. ( -44.60)
>DroPer_CAF1 142501 117 + 1
AAACAAUGUAACGCCAUUGAUUUGGUGUCUGGCAUGCGUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG---GCCUGAACUGACAGAUACAGAUCAGGACACUGUGUGAUGGUGUAGUAGC
..........(((((((((...(((((((..((((((((((((....)))))))).))))..).....---.(((((.(((.......))).)))))))))))..)))))))))...... ( -43.30)
>consensus
AAACAAUGUAACGCCAUUGAUCUGGUGUCUGGCAUGCAUCCUGUGUGCAGGAUGUGGUGUUGGUGGUG___GCCUGAACUGACAAAUACAGAUCAGGACACUGGGUGAUGGUGUAGUAGC
..........(((((((((....((.(((((((((((((((((....)))))))).)))))...(((....))).....................)))).))...)))))))))...... (-24.83 = -25.45 +   0.62)

alignment

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