Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,320,382 – 1,320,540 |
Length | 158 |
Max. P | 0.599453 |
Location | 1,320,382 – 1,320,500 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.47 |
Mean single sequence MFE | -36.04 |
Consensus MFE | -32.90 |
Energy contribution | -33.18 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.22 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.556293 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1320382 118 + 20766785 AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU (((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60) >DroSec_CAF1 38921 118 + 1 AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUCGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU (((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60) >DroSim_CAF1 18012 118 + 1 AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGUGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU (((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.(.(((((((......)).)))))))))))..)))..)))))) ( -35.50) >DroEre_CAF1 20375 120 + 1 AAACAAGGCCCGCGUGCUGUGGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCAGCAGAGACUAUUUGUUU (((((((...(((.....)))(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))..(((((((((.((..((((....)))).)))))))))))......))))))) ( -38.60) >DroYak_CAF1 6381 118 + 1 AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGAAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGACUAUUUGUUU (((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...)))))))).....(((((.((...((((....))))....)).))))).......)))))) ( -34.90) >consensus AAACAAGGCCCGCGUGCU__GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU (((((((..............(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..))).))))))) (-32.90 = -33.18 + 0.28)
Location | 1,320,420 – 1,320,540 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.67 |
Mean single sequence MFE | -21.91 |
Consensus MFE | -18.30 |
Energy contribution | -18.46 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.60 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.599453 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1320420 120 - 20766785 AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.......((((....))))......)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -21.52) >DroSec_CAF1 38959 120 - 1 AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACGACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........((.((((.(((.....(((((((((((((......))))).....((.(((.(((.((((....))))....)))))).)).)))).))))..))).))))))........ ( -23.00) >DroSim_CAF1 18050 120 - 1 AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACACAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.(.(((.((......))))).)...)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -20.00) >DroEre_CAF1 20415 120 - 1 AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGCUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........(((.(((.(((.....(((((((((((((......))))).....((((((.....((((....)))).......)))))).)))).))))..))).))))))........ ( -23.90) >DroYak_CAF1 6419 120 - 1 AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAUUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........(((.(((.(((.....(((((((((((((......)))))))..(((((.......((((....))))......))))).....)).))))..))).))))))........ ( -21.12) >consensus AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU .........(((.(((......))).)))(((.(((((......))))).......(((((.(..((((....))))..........((....)).).)))))......)))........ (-18.30 = -18.46 + 0.16)
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