Locus 66

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,320,382 – 1,320,540
Length 158
Max. P 0.599453
window126 window127

overview

Window 6

Location 1,320,382 – 1,320,500
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.47
Mean single sequence MFE -36.04
Consensus MFE -32.90
Energy contribution -33.18
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.556293
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1320382 118 + 20766785
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 38921 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUCGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60)
>DroSim_CAF1 18012 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGUGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.(.(((((((......)).)))))))))))..)))..)))))) ( -35.50)
>DroEre_CAF1 20375 120 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCUGUGGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCAGCAGAGACUAUUUGUUU
(((((((...(((.....)))(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))..(((((((((.((..((((....)))).)))))))))))......))))))) ( -38.60)
>DroYak_CAF1 6381 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGAAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGACUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...)))))))).....(((((.((...((((....))))....)).))))).......)))))) ( -34.90)
>consensus
AAACAAGGCCCGCGUGCU__GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((..............(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..))).))))))) (-32.90 = -33.18 +   0.28) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 1,320,420 – 1,320,540
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.67
Mean single sequence MFE -21.91
Consensus MFE -18.30
Energy contribution -18.46
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.599453
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1320420 120 - 20766785
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.......((((....))))......)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -21.52)
>DroSec_CAF1 38959 120 - 1
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACGACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......))))).....((.(((.(((.((((....))))....)))))).)).)))).))))..))).))))))........ ( -23.00)
>DroSim_CAF1 18050 120 - 1
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACACAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.(.(((.((......))))).)...)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -20.00)
>DroEre_CAF1 20415 120 - 1
AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGCUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((.(((.....(((((((((((((......))))).....((((((.....((((....)))).......)))))).)))).))))..))).))))))........ ( -23.90)
>DroYak_CAF1 6419 120 - 1
AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAUUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((.(((.....(((((((((((((......)))))))..(((((.......((((....))))......))))).....)).))))..))).))))))........ ( -21.12)
>consensus
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((......))).)))(((.(((((......))))).......(((((.(..((((....))))..........((....)).).)))))......)))........ (-18.30 = -18.46 +   0.16) 

alignment

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secondary structure

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