Locus 6592

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,626,083 – 20,626,176
Length 93
Max. P 0.863557
window10491

overview

Window 1

Location 20,626,083 – 20,626,176
Length 93
Sequences 5
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.45
Mean single sequence MFE -33.88
Consensus MFE -25.40
Energy contribution -26.32
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.863557
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20626083 93 + 20766785
CAGCCGGCUGAUUCAGACUGCUUGGUG------GCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGUGUAACGAUGGUUGAGGAUGGAUGCUACAUA--------UGGGUUUUGAUU
(((....)))..(((((((.....(((------(((((..((((((((((((((........))))))))))))))))))))))...--------..)).))))).. ( -32.00)
>DroSec_CAF1 76537 101 + 1
CAGCCGGCCGAUUCAGGCUGCUUGGUG------GCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGUGUAACGAUGGUUGAGAAUGGUUGCUACAUAUGGUCCUAUGGGUUUUGAUU
.((((((((......))))(((..(((------(((..(.((((((((((((((........)))))))))))))).)))))))....)))......))))...... ( -35.30)
>DroSim_CAF1 77325 101 + 1
CAGCCGGCCGAUUCAGGCUGCUUGGUG------GCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGUGUAACGAUGGUGGAGAAUGGUUGCUACAUAUGGUCCUAUGGGUUUUGAUU
.((((((((......))))(((..(((------(((..(.(((((((.((((((........)))))).))))))).)))))))....)))......))))...... ( -31.20)
>DroEre_CAF1 107655 107 + 1
CAGCCGGCCGAUUCAGGCUGCUAUGUGGCAUUGGCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGCGUAACGAUGGUUGAGGAUGGAUGCUACAUAUGGUCCUAUGGAUUUUAAUU
.(((.((((......)))))))((((((((((.((....))(((((((((((((........))))))))))))).))))))))))..(((((...)))))...... ( -38.00)
>DroYak_CAF1 80554 107 + 1
CAGCCGGCCGAUUCAGGCUGCUAGGUGGCUUUGGCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGCGUAACGUUGGUUGAGGAUGGGUGCUACAUAUGGCCCUAUGGAUUUCGAUU
.(((.((((......))))))).((.((((.(((((((..((((((((((((...(((...)))))))))))))))))))))).....))))))............. ( -32.90)
>consensus
CAGCCGGCCGAUUCAGGCUGCUUGGUG______GCAUUAGCAUUUUCAAUCGUCUGUGUAACGAUGGUUGAGGAUGGAUGCUACAUAUGGUCCUAUGGGUUUUGAUU
.(((.((((......)))))))...........(((((..((((((((((((((........)))))))))))))))))))..((((......)))).......... (-25.40 = -26.32 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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