Locus 6588

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	20,602,263 – 20,602,368
Length	105
Max. P	0.983325

overview

Window 5

Location	20,602,263 – 20,602,368
Length	105
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.13
Mean single sequence MFE	-51.47
Consensus MFE	-31.35
Energy contribution	-31.88
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.935399
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20602263 105 + 20766785
UGCCGCUGCAGCCGCCAAAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGAUGCUCCC---CA---GAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCAGCAGCUGCGUGCAU
(((((..((.((.((..........(((((((((....)))...)))))).(((......))---).---......)).)).))..)))))(((((....)))))...... ( -38.80)
>DroVir_CAF1 101854 105 + 1
UGCGGCGGCCGCGGCCAGCGACAUUUCCAUUUGGUGCUCCAUGUGAUGAAACGGAUUCUCAC---CG---GCGCCUGCUGCGGCUACGGCGGCAGCGGCCGCGGCGUGCAU
....((((((((((((................((((((....((((.(((.....)))))))---.)---))))).(((((.((....)).)))))))))))))).))).. ( -56.20)
>DroWil_CAF1 97440 108 + 1
UGCAGCAGCUGCCGCCAGUGACAUUUCCAUCUGAUGUUCCAUGUGAUGAAACGGAUGCUCGC---CGCUUGCUCCAGCGGCAGCAACGGCUGCUGCUGCUGCAGCAUGCAU
.((((((((.((((((.(..(((((.......)))))..)..((......)))).((((.((---((((......)))))))))).)))).))))))))(((.....))). ( -48.80)
>DroMoj_CAF1 113407 108 + 1
UGCUGCUGCCGCGGCCAGCGACAUUUCCAUUUGAUGCUCCAUGUGAUGGAACGGAUUCUCGCCAGCG---GCGCCUGCAGCGGCAACGGCGGCAGCGGCUGCCGCAUGCAU
((((((((((((.((..((((....(((.(((.((((.....)).)).))).)))...))))..)).---)))...))))))))).(((((((....)))))))....... ( -48.50)
>DroAna_CAF1 58425 102 + 1
UGCAGCGGCCGCGGCCAGGGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGGUGGAAGGGAUGGUCGC---CA---G---CCGCGGCUGCUGCUGCAGCGGCGGCGGCGGCGUGCAU
((((((.((((((((((....(.(((((((.(((....))).)))).))).)...)))))))---..---(---((((.(((((....))))).)))))))).)).)))). ( -60.70)
>DroPer_CAF1 64712 105 + 1
CGCAGCCGCCGCCGCCAGCGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGGUGGAAGGGAUGCUCCC---CA---GCGCCGGCGGCAGCCACGGCCGCAGCGGCUGCGGCGUGCAU
(((((((((.((((((.(((.(.(((((((.(((....))).)))).))).(((......))---).---)))).)))))).((....))....)))))))))........ ( -55.80)
>consensus
UGCAGCGGCCGCCGCCAGCGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGAUGGAACGGAUGCUCGC___CA___GCGCCAGCGGCAGCAACGGCAGCAGCGGCUGCGGCGUGCAU
.(((...(((((.(((...((((((((((((..(((...)))..))))))...)))).))................((.((.((....)).)).))))).))))).))).. (-31.35 = -31.88 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	20,602,263 – 20,602,368
Length	105
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.13
Mean single sequence MFE	-53.90
Consensus MFE	-32.25
Energy contribution	-33.28
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-3.20
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.94
SVM RNA-class probability	0.983325
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20602263 105 - 20766785
AUGCACGCAGCUGCUGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUC---UG---GGGAGCAUCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUUUGGCGGCUGCAGCGGCA
......(((((....))))).(((((.((((((((..((..---.(---(((.....))))((((((...(((....)))))))))......))..)))))))).))))). ( -52.70)
>DroVir_CAF1 101854 105 - 1
AUGCACGCCGCGGCCGCUGCCGCCGUAGCCGCAGCAGGCGC---CG---GUGAGAAUCCGUUUCAUCACAUGGAGCACCAAAUGGAAAUGUCGCUGGCCGCGGCCGCCGCA
......((.(((((((((((.((....)).)))))..((((---((---((((.(....(((((((...))))))).((....))...).))))))).))))))))).)). ( -52.20)
>DroWil_CAF1 97440 108 - 1
AUGCAUGCUGCAGCAGCAGCAGCCGUUGCUGCCGCUGGAGCAAGCG---GCGAGCAUCCGUUUCAUCACAUGGAACAUCAGAUGGAAAUGUCACUGGCGGCAGCUGCUGCA
.(((.....)))((((((((.(((((((((((((((......))))---)).))))...(((((((...)))))))..(((.(((.....))))))))))).)))))))). ( -52.30)
>DroMoj_CAF1 113407 108 - 1
AUGCAUGCGGCAGCCGCUGCCGCCGUUGCCGCUGCAGGCGC---CGCUGGCGAGAAUCCGUUCCAUCACAUGGAGCAUCAAAUGGAAAUGUCGCUGGCCGCGGCAGCAGCA
..(((.(((((((...)))))))...))).(((((.(.(((---.((..((((.(.((((((((((...))))))).......)))..).))))..)).))).).))))). ( -53.21)
>DroAna_CAF1 58425 102 - 1
AUGCACGCCGCCGCCGCCGCUGCAGCAGCAGCCGCGG---C---UG---GCGACCAUCCCUUCCACCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCCCUGGCCGCGGCCGCUGCA
.((((.((.((....)).))))))(((((.(((((((---(---..---(.(((.(((...((((.....(((....)))..)))))))))).)..)))))))).))))). ( -53.40)
>DroPer_CAF1 64712 105 - 1
AUGCACGCCGCAGCCGCUGCGGCCGUGGCUGCCGCCGGCGC---UG---GGGAGCAUCCCUUCCACCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCGCUGGCGGCGGCGGCUGCG
..(((.(((((((...))))))).((.((((((((((((((---.(---(((.....))))....(((..(((....)))..)))....).))))))))))))).))))). ( -59.60)
>consensus
AUGCACGCCGCAGCCGCUGCCGCCGUAGCCGCCGCAGGCGC___CG___GCGAGCAUCCCUUCCAUCACAUGGAGCACCAGAUGGAAAUGUCGCUGGCCGCGGCAGCUGCA
......((.((((((((.(((((....))))).((.((((..........((......))(((((((...(((....))))))))))....)))).)).)))))))).)). (-32.25 = -33.28 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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