Locus 6578

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,574,166 – 20,574,291
Length 125
Max. P 0.947568
window10467 window10468 window10469 window10470

overview

Window 7

Location 20,574,166 – 20,574,273
Length 107
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.79
Mean single sequence MFE -25.60
Consensus MFE -16.56
Energy contribution -16.28
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.874069
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20574166 107 + 20766785
CAUGAGAG-CGG------UAAG-C-ACCAAGCGUUGAUAAAACAUUAAAACCAAUCUGAUAAGAAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUGUCUGUGU--GGAU
.((.(((.-.((------(..(-(-.....))(((.....)))......)))..))).)).(((.((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)))....--.... ( -26.70)
>DroVir_CAF1 38836 99 + 1
UAUGGGCG-CGU------U-------GCGAGCGUUGAUAAAGCAUCAAGACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUUACGAUUC--G---
..((((((-(..------.-------....))))((((.....))))...)))....((...(.(((((((((((((.((((....))))..))))))))))))).)...))--.--- ( -26.10)
>DroWil_CAF1 39556 101 + 1
-ACGGAAGUUGG------UAGA-U-AUUCGGCGUUGAUAAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAACA--------AU
-((....))...------((((-(-....((..(((((.....)))))..)).)))))....(..((((((((((((.((((....))))..))))))))))))..).--------.. ( -24.70)
>DroMoj_CAF1 42903 90 + 1
UUUGG-----------------------GAGCGUUGAUAAAGCAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUUACAAUUU--G---
.((((-----------------------.....(((((.....)))))..))))........(.(((((((((((((.((((....))))..))))))))))))).).....--.--- ( -21.80)
>DroAna_CAF1 26289 101 + 1
CAUGA--G-CGG---------G-C-UGCGAGCGUUGAUAAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCU-U--GGUU
((.((--.-.((---------(-(-.....)).(((((.....)))))..))..)))).((((((((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)).))-)--)... ( -24.30)
>DroPer_CAF1 28162 110 + 1
-------G-CGGCCGAGGGAAGGCGGGCGAGCGUUGAUAAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCUUUCUGCUU
-------(-(((..((((((...((((......(((((.....)))))......)))).......((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)))))).)))).. ( -30.00)
>consensus
_AUGG__G_CGG______U__G_C__GCGAGCGUUGAUAAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAACUAUUU__G__U
.................................(((((.....)))))......(((....))).((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).............. (-16.56 = -16.28 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 20,574,166 – 20,574,273
Length 107
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.79
Mean single sequence MFE -22.48
Consensus MFE -16.66
Energy contribution -16.68
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.06
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.726638
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20574166 107 - 20766785
AUCC--ACACAGACACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUUCUUAUCAGAUUGGUUUUAAUGUUUUAUCAACGCUUGGU-G-CUUA------CCG-CUCUCAUG
....--....(((.(((((.(((((((.((((....))))))))))).))))).)))(((.(((.((((......(((.....)))((.....-)-)..)------)))-.))).))) ( -21.20)
>DroVir_CAF1 38836 99 - 1
---C--GAAUCGUAACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUCUUGAUGCUUUAUCAACGCUCGC-------A------ACG-CGCCCAUA
---.--....((((((((.........))))))))....((....(((((((((....(((.....)))...)))))))))....(((....-------.------..)-)).))... ( -23.40)
>DroWil_CAF1 39556 101 - 1
AU--------UGUUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUUAUCAACGCCGAAU-A-UCUA------CCAACUUCCGU-
..--------.(..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..).....((((((((.((((((...)))))).)))))..-.-))).------...........- ( -23.00)
>DroMoj_CAF1 42903 90 - 1
---C--AAAUUGUAACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGCUUUAUCAACGCUC-----------------------CCAAA
---.--.....(((((((.........))))))).....(((...(((((((((....(((.....)))...))))))))).......))-----------------------).... ( -19.70)
>DroAna_CAF1 26289 101 - 1
AACC--A-AGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUUAUCAACGCUCGCA-G-C---------CCG-C--UCAUG
....--.-.(((..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..)))....((..((((.(((((((.....)))).))).)-)-)---------)..-.--))... ( -22.20)
>DroPer_CAF1 28162 110 - 1
AAGCAGAAAGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUUAUCAACGCUCGCCCGCCUUCCCUCGGCCG-C-------
..((.(((((.((.(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))))))).)).....(((.((((((...)))))).))).))..(((.......)))..-.------- ( -25.40)
>consensus
A__C__AAAGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUUAUCAACGCUCGC__G_C__A______CCG_C__CCAU_
...........(..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..)..........(((.((((((...)))))).)))............................. (-16.66 = -16.68 +   0.03)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 20,574,195 – 20,574,291
Length 96
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.97
Mean single sequence MFE -22.50
Consensus MFE -15.27
Energy contribution -15.52
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.37
SVM RNA-class probability 0.947568
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20574195 96 + 20766785
AAAACAUUAAAACCAAUCUGAUAAGAAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUGUCUGUGU--GGAUUCUGAGCGCCCUGUG--GUA
...........(((((((((...(((.((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)))...)--)))))....((.....)))--)). ( -23.80)
>DroVir_CAF1 38860 93 + 1
AAAGCAUCAAGACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUUACGAUUC--G-----CGUUGGCCGUGUGCGACA
...((((...(.(((((.(((...(.(((((((((((((.((((....))))..))))))))))))).)...))--)-----.))))).)..)))).... ( -29.70)
>DroPse_CAF1 28252 95 + 1
AAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCUUUCUGCUUUGUUUCGGCACUGUG-----
...(((.............((.(((((((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)).)))))((((.......)))).))).----- ( -19.50)
>DroMoj_CAF1 42918 82 + 1
AAAGCAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUUACAAUUU--G-----CGU-----------GACA
...(((..........(((....)))(((((((((((((.((((....))))..)))))))))))))......)--)-----)..-----------.... ( -19.10)
>DroAna_CAF1 26313 86 + 1
AAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCU-U--GGUUUCUGAG-----------GCA
......(((((((((((((.....)))((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).....)-)--))))).))).-----------... ( -23.40)
>DroPer_CAF1 28192 95 + 1
AAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCUUUCUGCUUUGUUUCGGCACUGUG-----
...(((.............((.(((((((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).)).)))))((((.......)))).))).----- ( -19.50)
>consensus
AAAACAUCAAAACCAAUCUGAUAAGGAACGCUUUAAAUUCCGUUACGUAACGCAAAUUUAGAGCGUAUCUCUUU__G_UUU_UGUCGGC_CUGUG___CA
........................((.((((((((((((.((((....))))..)))))))))))).))............................... (-15.27 = -15.52 +   0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 20,574,195 – 20,574,291
Length 96
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.97
Mean single sequence MFE -22.00
Consensus MFE -15.57
Energy contribution -15.90
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.826553
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20574195 96 - 20766785
UAC--CACAGGGCGCUCAGAAUCC--ACACAGACACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUUCUUAUCAGAUUGGUUUUAAUGUUUU
.((--((..(((..(...)..)))--....(((.(((((.(((((((.((((....))))))))))).))))).)))........))))........... ( -19.10)
>DroVir_CAF1 38860 93 - 1
UGUCGCACACGGCCAACG-----C--GAAUCGUAACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUCUUGAUGCUUU
....(((((.(((((((.-----.--((..((((((((.........))))))))....(((((.......)))))...)).).)))))).)).)))... ( -27.70)
>DroPse_CAF1 28252 95 - 1
-----CACAGUGCCGAAACAAAGCAGAAAGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUU
-----.........(((((..........(((..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..)))((((((.....))))))))))) ( -21.40)
>DroMoj_CAF1 42918 82 - 1
UGUC-----------ACG-----C--AAAUUGUAACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGCUUU
....-----------..(-----(--.....(.((((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))).)..((((((.....))))))))... ( -19.30)
>DroAna_CAF1 26313 86 - 1
UGC-----------CUCAGAAACC--A-AGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUU
.((-----------.((((((.((--(-((((..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..)))......)))))))))).))... ( -23.10)
>DroPer_CAF1 28192 95 - 1
-----CACAGUGCCGAAACAAAGCAGAAAGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUU
-----.........(((((..........(((..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..)))((((((.....))))))))))) ( -21.40)
>consensus
UG___CACAG_GCCCACA_AAA_C__AAAGAGAUACGCUCUAAAUUUGCGUUACGUAACGGAAUUUAAAGCGUUCCUUAUCAGAUUGGUUUUGAUGUUUU
...............................(..(((((.(((((((.((((....))))))))))).)))))..).(((((((.....))))))).... (-15.57 = -15.90 +   0.33)

alignment

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