Locus 6564

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,521,782 – 20,521,899
Length 117
Max. P 0.542863
window10450

overview

Window 0

Location 20,521,782 – 20,521,899
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.25
Mean single sequence MFE -43.14
Consensus MFE -24.20
Energy contribution -26.48
Covariance contribution 2.28
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.542863
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20521782 117 + 20766785
GUUUCGAAGCCGUUGCCCGCAUUGAGGUCUCUCUCAGAUCCUGUUGAAGGUCGCAGGAUUCGUAGGAGGCACGAUGAGUCAUCAGUUCUUUA---GUUAAUGGCCCAAAAUGGAGAGCAA
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>DroSec_CAF1 23498 117 + 1
GUUUCCAAGCCGUUGGCCGCAUUGUGGUCUCUCUCAGAUCCUGGUGAAGGUCGCAGGAUUCGUGGGAGGCACGAUGAGUCAUCAGUUCUUUU---GUUAAUGGCCCAAAAUGGAGAGCAA
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>DroSim_CAF1 23444 117 + 1
GAUUCGAAGCCGUUGGCCGCAUUGUGGUCUCUCUCAGAUCCUGGUGAAGGUCGCAGGAUUCGUGGGAGGCACGAUGAGUCAUCAGUUCUUUA---GUUAAUGGCCCAAAAUGGAGAGCAA
((((((..(((...)))..)((((((.((((((.(..((((((.((.....))))))))..).)))))))))))))))))....((((((((---...............)))))))).. ( -39.56)
>DroEre_CAF1 23724 116 + 1
GCUCCGAAGCCGUUGGCCGCAUUGAGGUCUCCCUCGGAUCCUGUUGAAGGUCGCAGGAUUCGUGGGAGGCGCGAUGAGUCAUUCGUUCUUCA---GUUAAUGGCCCAA-AAGGAGAGCAG
((((....(((((((((.....(((((((((((.((((((((((........)))))))))).)))))))((((........))))..))))---)))))))))((..-..)).)))).. ( -51.40)
>DroYak_CAF1 23749 119 + 1
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>DroAna_CAF1 22641 99 + 1
GUCCUGAUGUCGUCGCCCGCCGAAAGGACGCUCUCGGAUCCUGCUGAAGGUCGCCGG----------------AUGAGUCAUCCG--CGGCA---GUCAGUCCCCAUAAAAGGGGGGUCG
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>consensus
GUUUCGAAGCCGUUGGCCGCAUUGAGGUCUCUCUCAGAUCCUGUUGAAGGUCGCAGGAUUCGUGGGAGGCACGAUGAGUCAUCAGUUCUUCA___GUUAAUGGCCCAAAAAGGAGAGCAA
((((....(((((((((.........(((((((.(.(((((((.((.....))))))))).).)))))))..((((...))))............)))))))))((.....)).)))).. (-24.20 = -26.48 +   2.28)

alignment

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secondary structure

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