Locus 6546

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	20,467,537 – 20,467,645
Length	108
Max. P	0.996111

overview

Window 4

Location	20,467,537 – 20,467,645
Length	108
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.52
Mean single sequence MFE	-53.02
Consensus MFE	-37.61
Energy contribution	-37.59
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-3.86
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	2.25
SVM RNA-class probability	0.991045
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20467537 108 + 20766785
UCCUCG-UUGCCGAACCAGGGACUCACAGUCGGGUAUCCAGGUCACCUUU-GGUGGGAUUUAGGA-GAUCCCCCC------UGCUGUAACCACUGGGUGUCCCUGGUCGGCUGCGAA
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>DroSec_CAF1 10243 115 + 1
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>DroSim_CAF1 10307 115 + 1
UCCUCG-UUGUCGAACCAGGGACACACAGUCGGAUAUCCAGGUGACCUUU-GGUGGGGUUUGGGACGAUCCUCCCUACUCCUGCUGUAACCACUGGGUGUCCCUGGUCGGCUGCGAA
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>DroEre_CAF1 10444 115 + 1
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>DroYak_CAF1 10495 115 + 1
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>DroPer_CAF1 12556 105 + 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	20,467,537 – 20,467,645
Length	108
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.52
Mean single sequence MFE	-46.90
Consensus MFE	-27.42
Energy contribution	-28.60
Covariance contribution	1.18
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.81
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	2.65
SVM RNA-class probability	0.996111
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20467537 108 - 20766785
UUCGCAGCCGACCAGGGACACCCAGUGGUUACAGCA------GGGGGGAUC-UCCUAAAUCCCACC-AAAGGUGACCUGGAUACCCGACUGUGAGUCCCUGGUUCGGCAA-CGAGGA
((((..(((((((((((((.(.((((((((((....------.(((((((.-......))))).))-....))))))(((....))))))).).)))))))).)))))..-)))).. ( -53.40)
>DroSec_CAF1 10243 115 - 1
UUCGCAGCCGACCAGGGACACCCAGUGGUUACAGCGGGAGUAGGGAGGAUCGUCCCAAACCCCACC-AAAGGUCACCUGGAUAUCCGACUGCGUGUCCCUGGUUCGACAA-CGAGGA
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>DroSim_CAF1 10307 115 - 1
UUCGCAGCCGACCAGGGACACCCAGUGGUUACAGCAGGAGUAGGGAGGAUCGUCCCAAACCCCACC-AAAGGUCACCUGGAUAUCCGACUGUGUGUCCCUGGUUCGACAA-CGAGGA
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>DroEre_CAF1 10444 115 - 1
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>DroYak_CAF1 10495 115 - 1
CUCGCAGCCGACCAGUGACAUCCAGUGGUUACAGUGCGAGUGCGUGGGAUCGUCCCAGAUCCCAUC-GAGAGUCACCUGGAGAUCCGACUGCAUGUCCCUGGUUCGGCAA-CGAGGA
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>DroPer_CAF1 12556 105 - 1
UUCGCAACAGACCAGCGAU------UAAGUUCAAUGGGGGCUCGGACGAUCG------AUCCCCCUAAAGAGUCAUUUUGAAACCAAUUUGCAUAUCGCUGGCCCGGCCAUCGAAGC
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>consensus
UUCGCAGCCGACCAGGGACACCCAGUGGUUACAGCGGGAGUACGGAGGAUCGUCCCAAAUCCCACC_AAAAGUCACCUGGAUAUCCGACUGCAUGUCCCUGGUUCGGCAA_CGAGGA
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alignment

secondary structure

dotplot

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