Locus 6536

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,432,782 – 20,432,888
Length 106
Max. P 0.775307
window10410

overview

Window 0

Location 20,432,782 – 20,432,888
Length 106
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.97
Mean single sequence MFE -23.37
Consensus MFE -17.64
Energy contribution -16.75
Covariance contribution -0.89
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.775307
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20432782 106 - 20766785
CCCCAGGCUCCAUU-CGAGCCCCAUCUAGAAGAGUUAUCAAAGCGUAAAGCGCAACAAAUUGAUUGCUAAUUGAUACUGAUGUGUCGAUUAUUUUAUGAUUAUUCUU
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>DroVir_CAF1 72361 87 - 1
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>DroPse_CAF1 56148 106 - 1
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>DroSec_CAF1 42184 105 - 1
C-CCAGGCUCCAUU-CGAGCCCCAUCUAGAAUACUUAUCAAAGCGUAAAGCGCAACAAAUUGAUUGCUAAUUGAUACUGAUGUGUCGAUUAUUUUAUGAUUAUUCUU
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>DroYak_CAF1 43026 103 - 1
CCCCAGGCUCCAUU-GGAGGCCCAUC---AAGGGUUAUCAAAGCGUGGAGCGCAACAAAUUGAUUGCUAAUUGAUACUGAUGUGUCGAUUAUUUUAUGAUUAUUCUU
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>DroPer_CAF1 46313 106 - 1
C-CAGGGCUUUAUCUAAAGCUCCAUUCGGAACAGUAUUCAAAGCAUAAAGCGUAACCAAUUGAUUGCUAAUUGAUAUUGAUGUGUCGAUUAUUUUAUGAUUAUUCUU
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>consensus
C_CCAGGCUCCAUU_CGAGCCCCAUC_GGAACAGUAAUCAAAGCGUAAAGCGCAACAAAUUGAUUGCUAAUUGAUACUGAUGUGUCGAUUAUUUUAUGAUUAUUCUU
.....(((((......)))))......................(((((((.((((........))))((((((((((....)))))))))))))))))......... (-17.64 = -16.75 +  -0.89)

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