| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,417,551 – 20,417,666 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.549102 |
| Location | 20,417,551 – 20,417,666 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.79 |
| Mean single sequence MFE | -41.98 |
| Consensus MFE | -25.74 |
| Energy contribution | -24.35 |
| Covariance contribution | -1.39 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.79 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.549102 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 20417551 115 - 20766785 ---GG-CUGGCGCUGGUGGCUGCGACUGCCAUGGCUUCCAUGGCCACGAAGGGGGCGUGGAUUUGAUCACAGAUUUUGCGUAUCUCAUUUGAGAUGCUAAAGUCCUCAUCGAUCUUGCG ---((-(...(((........)))...))).(((((.....)))))(((.(((((((..((((((....)))).))..)(((((((....)))))))....)))))).)))........ ( -43.50) >DroPse_CAF1 30610 116 - 1 ---GGACCUUGGCUGGUGGCUGCCACUGCCAUGGCCUCCAUGGCCACGAAAGGCGCAUGGAUUUGAUCACAGAUUUUGCGUAUUUCAUUCGAUAUGCUAAAGUCCUCGUCGAUCUUGCG ---((.((.((((.(((((...))))))))).))))(((((((((......))).))))))...((((((.(((((((((((((......))))))).))))))...)).))))..... ( -44.20) >DroGri_CAF1 34200 113 - 1 ----G-C-ACUGGUGGUCGCUGCAACGGCAAGCGCUUCCAUGGCGGCGAAGGGUGCGUGGAUUUGAUCACAGAUUUUGCGUAUUUCAUUCGAUAUGCUAAAGUCCUCGUCGAUCUUGCG ----(-(-(...(((((((((((....)).)))...((((((.((.(....).))))))))...)))))).(((((((((((((......))))))).))))))...........))). ( -37.70) >DroWil_CAF1 39223 118 - 1 CAGAG-CUAUUGCUAGUUGCCGCCACAGCCAUGGCCUCCAUGGCUAUGAAGGGGGCAUGAAUUUGAUCACAGAUUUUACGUAUCUCAUUCGAGAUGCUAAAGUCCUCGUCAAUUUUGCG ...((-(....)))...((((.((..((((((((...)))))))).....)).)))).(((.(((((....(((((((.(((((((....))))))))))))))...))))).)))... ( -41.90) >DroMoj_CAF1 38897 118 - 1 GAUGG-CUGCCGCUGGUCGCCGCUACAGCCAGCGCCUCCAUUGCGGCAAAGGGGGCGUGUAUUUGAUCACAGAUUUUGCGUAUUUCAUUCGAUAUGCUAAAGUCUUCGUCGAUCUUGCG ..(((-(((..((.((...))))..))))))((((((((.(((...))).))))))))(((...((((((((((((((((((((......))))))).)))))))..)).)))).))). ( -44.70) >DroAna_CAF1 23116 113 - 1 ---GU-CUG--GCUAGUGGCCGCCACCGCCAGGGCCUCCAUGGCCGCAAAGGGUGCGUGGAUUUGAUCACAGAUUUUACGGAUUUCGUUCGAAAUGCUGAAGUCCUCGUCAAUCUUGCG ---..-(((--((..((((...)))).)))))((((.....))))((((.(..((((.((((((((((...))))...((((((((....))))).))))))))).)).))..))))). ( -39.90) >consensus ___GG_CUGCCGCUGGUGGCCGCCACAGCCAGGGCCUCCAUGGCCACGAAGGGGGCGUGGAUUUGAUCACAGAUUUUGCGUAUUUCAUUCGAUAUGCUAAAGUCCUCGUCGAUCUUGCG ...............(((((((.....((....)).....))))))).......(((.(((((.(((....(((((((.((((.((....)).)))))))))))...))))))))))). (-25.74 = -24.35 + -1.39)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:13:00 2006