Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,243,788 – 20,243,899 |
Length | 111 |
Max. P | 0.686107 |
Location | 20,243,788 – 20,243,899 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.83 |
Mean single sequence MFE | -38.30 |
Consensus MFE | -23.87 |
Energy contribution | -24.59 |
Covariance contribution | 0.72 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -3.75 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.32 |
SVM RNA-class probability | 0.686107 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 20243788 111 + 20766785 UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUACGCGGUGGGGGGG-AGG--------GGGGGUUACUCUAUUUAUUCCUCUUCUUAUUUCCCGUAGAGCGCAGCAU ......((((((((((((((....)))))))................((((..((..((-(((--------((((((..........)))))))))))..))..)))).))))))).... ( -39.60) >DroSec_CAF1 29162 106 + 1 UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUACAUGGUGGGGGG--AGG--------GGG----ACUCUAUUUCUUCCUCUUCCUAUUUCCCGUACAGCGCAGCAU ......((((((((((((((....)))))))))..(((((.........(((((((((--(((--------(((----(.......))))))))))))))))....)))))))))).... ( -41.92) >DroSim_CAF1 28359 106 + 1 UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUGCACGGUGGGGGG--AGG--------GGG----ACUCUAUUUCUUCCUCUUCUUAUUUCCCGUAGAGCGCAGCAU ......((((((((((((((....)))))))................(((((((((((--(((--------(((----(.......))))))))))))))....)))).))))))).... ( -38.80) >DroEre_CAF1 30398 102 + 1 UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUACACGGUGGGGGGG--------------G----ACUCUAUUUCUUCCUCUUCUUAUUUCCCGUAGAGCGCAGCAU ......(((((((((((..((((.((((...........)))).))))..).(((((((--------------(----(......)))))))))............)))))))))).... ( -31.70) >DroYak_CAF1 29208 116 + 1 UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUACACGGUGGUGGGGGAGGGGGGCAAGGGG----GCUAUAUUUCUUCCUCUUCUUAUUUCCCGUAGAGCGCAGCAU ......(((((((((((..((((.((((...........)))).))))..)....((((((((((((.(((..(----......)..))).))))))))...)))))))))))))).... ( -39.50) >consensus UACCUAUGCGCUUUACCUAUGUAAAUAGGUAAAUAUGUACUAUAUACACGGUGGGGGGG_AGG________GGG____ACUCUAUUUCUUCCUCUUCUUAUUUCCCGUAGAGCGCAGCAU ......((((((((((((((....))))))))...............(((((((((((..(((........((......)).........))))))))))....))))..)))))).... (-23.87 = -24.59 + 0.72)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:12:06 2006