Locus 647

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	3,231,023 – 3,231,153
Length	130
Max. P	0.964289

overview

Window 7

Location	3,231,023 – 3,231,121
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.76
Mean single sequence MFE	-32.54
Consensus MFE	-20.31
Energy contribution	-20.03
Covariance contribution	-0.27
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.81
SVM RNA-class probability	0.856246
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3231023 98 + 20766785
-------------------UAUAUGCUAUGGUGGCUGCCAGCUGUC-C--UAGACAGCAACGAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCU
-------------------...((.((.((.((((((((.((((((-.--..))))))...(((((...))))).....)))))))).)).)).))...........(((((...))))) ( -35.60)
>DroVir_CAF1 5985 114 + 1
UAUAUGUCCUGUAUAACUAUAUAUU-UCUGGUGGU-UAGAGCUG--UC--UAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACGGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCGUUGGUCU
(((((.....)))))..........-..(((((((-((..((((--(.--...))))).....)))))))))......((((...((((...(.((((...)))).)..))))...)))) ( -32.30)
>DroGri_CAF1 6440 97 + 1
-----------------UAUGUAUG-CUUGGUGGA-UACAGCUG--UC--UAAACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAAGCAGUCGGCACUGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCAUUGGUCU
-----------------..(((((.-(.....).)-))))((((--(.--...)))))..(((((((((((..((.......))..)))..((.((((...)))).)))))))))).... ( -31.20)
>DroWil_CAF1 5190 100 + 1
-------------------UGUGUAUUUUAGUGGGUAUUCACUGUC-UUUUAGACAGCAACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUAAAAUAAUGUAGGCCAUUGGUCU
-------------------((.((((((....)))))).))(((((-.....)))))...(((((((((((..((.......))..)))(((..((....))..))).)))))))).... ( -27.70)
>DroMoj_CAF1 6858 98 + 1
-------------------UAUAUA-UCUGGUGGUUUACAGCUGCCUC--UAGACAGCCACAAUGGCUGACAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCAUUGGUCU
-------------------......-.(..(((((((.(.((((((((--(((((((((.....)))))...)))).)))))))).)(((..............))))))))))..)... ( -37.04)
>DroAna_CAF1 61 99 + 1
-------------------UAUAUGCUAUGGUGGCUGUUCACUGUCUC--UAGACAGCUACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAAUAAUGCAGGCCAUUGGUCU
-------------------....(((.((((((((((((..(((((..--..)))))....))))))))))))........(((((.......))))).......)))((((...)))). ( -31.40)
>consensus
___________________UAUAUG_UAUGGUGGCUUACAGCUGUCUC__UAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCAUUGGUCU
........................................((((..........))))..(((((((((((..((.......))..)))...(.((((...)))).).)))))))).... (-20.31 = -20.03 +  -0.27)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,231,023 – 3,231,121
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.76
Mean single sequence MFE	-28.67
Consensus MFE	-23.32
Energy contribution	-24.37
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.886685
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3231023 98 - 20766785
AGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUCGUUGCUGUCUA--G-GACAGCUGGCAGCCACCAUAGCAUAUA-------------------
.......((((...........((....))(((((.(((..((.(((((((((((....)))))))))))--.-))))).)))))))))............------------------- ( -29.20)
>DroVir_CAF1 5985 114 - 1
AGACCAACGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCCGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUA--GA--CAGCUCUA-ACCACCAGA-AAUAUAUAGUUAUACAGGACAUAUA
...((...((((.((..............))((((.((((...)))).)))))))).(((.((((((...--.)--))))).))-)........-................))....... ( -25.24)
>DroGri_CAF1 6440 97 - 1
AGACCAAUGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCAGUGCCGACUGCUUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUUUA--GA--CAGCUGUA-UCCACCAAG-CAUACAUA-----------------
....((((((((((.((((...)))).))..((((.((((...)))).)))))))))))).((((((...--.)--)))))(((-(.(.....)-.))))...----------------- ( -29.40)
>DroWil_CAF1 5190 100 - 1
AGACCAAUGGCCUACAUUAUUUUAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUUGCUGUCUAAAA-GACAGUGAAUACCCACUAAAAUACACA-------------------
....((((((((.(((............)))((((.((((...)))).))))))))))))(..(((((.....-)))))..)...................------------------- ( -30.20)
>DroMoj_CAF1 6858 98 - 1
AGACCAAUGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGUCAGCCAUUGUGGCUGUCUA--GAGGCAGCUGUAAACCACCAGA-UAUAUA-------------------
.......(((((.(.((((...)))).).).)))).(((((((.((((...(((((.....)))))))))--)))))))(((........))).-......------------------- ( -28.50)
>DroAna_CAF1 61 99 - 1
AGACCAAUGGCCUGCAUUAUUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUAGCUGUCUA--GAGACAGUGAACAGCCACCAUAGCAUAUA-------------------
....((((((((.(((............)))((((.((((...)))).))))))))))))..((((((..--..)))))).....((.......)).....------------------- ( -29.50)
>consensus
AGACCAAUGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUA__GAGACAGCUGUAAACCACCAAA_CAUAUA___________________
....((((((((.((..............))((((.((((...)))).))))))))))))((((((((......))))))))...................................... (-23.32 = -24.37 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,231,044 – 3,231,153
Length	109
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.36
Mean single sequence MFE	-32.83
Consensus MFE	-25.17
Energy contribution	-25.83
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.964289
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3231044 109 + 20766785
GCUGUC-C-UAGACAGCAACGAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGUAA----AAAGU--UUUG-AAACAUAUGAUUAAAUCGU
((((((-.-..)))))).((((((((.(((........))).)))....(((((((.......((((((((...)))))))).----..)))--))))-..............))))) ( -32.50)
>DroVir_CAF1 6023 103 + 1
GCUG--UC-UAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACGGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCGUUGGUCUAGAA----GGCAAAAAUGAAAAUAACAUAAG--------
(((.--((-(((((.....(((((((((((........))).....(((..(........)..))).))))))))))))))).----)))....................-------- ( -32.70)
>DroPse_CAF1 17998 111 + 1
GCUGUC-CUUAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGUAAUUAAAGAGA--AUCAUCAG----CAUUGGAAUCUA
((((((-....))))))..(((((((((((........)))....)))....((((....(((((((((((...))))))).)))).....)--))).....----)))))....... ( -32.40)
>DroSim_CAF1 73 110 + 1
GCUGUC-C-UAGACAGCAACGAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGUAA----GGAGA--UUCAAAAACGCAUAUUUAAAUCGU
((((((-.-..)))))).((((((((.(((........))).))).((......(((((.(..((((((((...)))))))).----.)...--)))))....))........))))) ( -32.80)
>DroMoj_CAF1 6878 113 + 1
GCUGCCUC-UAGACAGCCACAAUGGCUGACAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUAAAAUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGGAA----GAGACAAAUAGAGAUAGAAUAAGUAAAUCUG
((((((((-(((((((((.....)))))...)))).)))))))).(((...(.((((...)))).)..)))....((((....----.))))......((((...........)))). ( -34.20)
>DroPer_CAF1 26283 111 + 1
GCUGUC-CUUAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGUAAUUAAAGAGA--AUCAUCAG----CAUUGGAAUCUA
((((((-....))))))..(((((((((((........)))....)))....((((....(((((((((((...))))))).)))).....)--))).....----)))))....... ( -32.40)
>consensus
GCUGUC_C_UAGACAGCCACAAUGGCCGCCAUCUACGAGGCAGUCGGCACAGGAUUGAAGUAAUGCAGGCCAUUGGUCUGUAA____AGAGA__AUCAAAAA___AUAAUUAAAUCUA
((((((.....))))))..((((((((..(((.(((....(((((.......)))))..))))))..))))))))........................................... (-25.17 = -25.83 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,231,044 – 3,231,153
Length	109
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.36
Mean single sequence MFE	-30.02
Consensus MFE	-22.66
Energy contribution	-23.88
Covariance contribution	1.22
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.03
SVM RNA-class probability	0.902530
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3231044 109 - 20766785
ACGAUUUAAUCAUAUGUUU-CAAA--ACUUU----UUACAGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUCGUUGCUGUCUA-G-GACAGC
...................-....--.....----.....(((..((((((.(((............)))((((.((((...)))).)))))))))).)))((((((..-.-)))))) ( -24.80)
>DroVir_CAF1 6023 103 - 1
--------CUUAUGUUAUUUUCAUUUUUGCC----UUCUAGACCAACGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCCGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUA-GA--CAGC
--------....................((.----.(((((((..((((.................))))((((.((((...)))).))))((((.....)))))))))-))--..)) ( -26.23)
>DroPse_CAF1 17998 111 - 1
UAGAUUCCAAUG----CUGAUGAU--UCUCUUUAAUUACAGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUAAG-GACAGC
............----(((.((((--(......)))))))).(((((((((.(((............)))((((.((((...)))).)))))))))))).)((((((....-)))))) ( -32.80)
>DroSim_CAF1 73 110 - 1
ACGAUUUAAAUAUGCGUUUUUGAA--UCUCC----UUACAGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUCGUUGCUGUCUA-G-GACAGC
..((((((((........))))))--))(((----(.((((..(.((((((.(((............)))((((.((((...)))).)))))))))).)...))))..)-)-)).... ( -32.00)
>DroMoj_CAF1 6878 113 - 1
CAGAUUUACUUAUUCUAUCUCUAUUUGUCUC----UUCCAGACCAAUGGCCUGCAUUAUUUUAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGUCAGCCAUUGUGGCUGUCUA-GAGGCAGC
....................(((((.((((.----....)))).))))).(.((((............)))).).(((((((.((((...(((((.....)))))))))-))))))). ( -31.50)
>DroPer_CAF1 26283 111 - 1
UAGAUUCCAAUG----CUGAUGAU--UCUCUUUAAUUACAGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUAAG-GACAGC
............----(((.((((--(......)))))))).(((((((((.(((............)))((((.((((...)))).)))))))))))).)((((((....-)))))) ( -32.80)
>consensus
AAGAUUUAAAUAU___AUUUUGAU__UCUCC____UUACAGACCAAUGGCCUGCAUUACUUCAAUCCUGUGCCGACUGCCUCGUAGAUGGCGGCCAUUGUGGCUGUCUA_G_GACAGC
...........................................((((((((.(((............)))((((.((((...)))).))))))))))))..((((((.....)))))) (-22.66 = -23.88 +   1.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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