Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 20,207,362 – 20,207,519 |
Length | 157 |
Max. P | 0.928562 |
Location | 20,207,362 – 20,207,479 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.33 |
Mean single sequence MFE | -51.82 |
Consensus MFE | -42.60 |
Energy contribution | -43.88 |
Covariance contribution | 1.28 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.507339 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 20207362 117 + 20766785 CACUGCUCCACUGACAGCUCCA---CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAAACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCUCCCGUCC ..((((......).))).....---.....((((.((((((((.(((((((((....(((.((((.....)))).)))....))))))))).).)))))))..(((....)))..)))). ( -50.50) >DroSec_CAF1 420 117 + 1 CACUGCUCCACUGACAGCUCCA---CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAACUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCC ..((((......).))).....---.....((((.((((((((.(((.(((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))).))).).)))))))..(((......))))))). ( -47.70) >DroSim_CAF1 1 101 + 1 ----------------GCUCCA---CAUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCC ----------------......---.....((((.((((((((.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).)))))))..(((......))))))). ( -53.00) >DroEre_CAF1 441 117 + 1 CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA---CCGCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUUGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC ....((.....(((((((....---..)))..((.((((((.(.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).)..)))))).))))))..))........ ( -51.60) >DroYak_CAF1 459 117 + 1 CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA---CCUCUGGCGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUCGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC ....((.....((((.((.(((---....))).))((((((.(.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).)..))))))...))))..))........ ( -54.60) >DroAna_CAF1 153 120 + 1 CGCCCCACCACUGGCAGCUCCACCACCGCUGCCGGGCCGCCCCACAGCUGCCCAGUAGCCCGAGCAGAGCGCUCAGCCACACCAGCAGUUGCGUGGGCGGCAACGCCACCGCCUCCGUGC .....(((..((((((((.........))))))))((((((((.(((((((...((.((..((((.....)))).)).))....))))))).).)))))))...............))). ( -53.50) >consensus CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA___CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC ..............................((((.((((((((.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).)))))))...((....))...)))). (-42.60 = -43.88 + 1.28)
Location | 20,207,362 – 20,207,479 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.33 |
Mean single sequence MFE | -64.18 |
Consensus MFE | -54.87 |
Energy contribution | -56.05 |
Covariance contribution | 1.18 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.01 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.74 |
SVM RNA-class probability | 0.837014 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 20207362 117 - 20766785 GGACGGGAGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUUUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG---UGGAGCUGUCAGUGGAGCAGUG .((((.(.((((((((...))))))..(((((((((((((..((((((((.....)))))))).)).)))))))))))..))..).)))).....---....(((((.......))))). ( -62.70) >DroSec_CAF1 420 117 - 1 GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGUUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG---UGGAGCUGUCAGUGGAGCAGUG .(((((.(((((((((...))))))..(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..))).).)))).....---....(((((.......))))). ( -63.10) >DroSim_CAF1 1 101 - 1 GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAUG---UGGAGC---------------- .(((((.(((((((((...))))))..(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..))).).)))).....---......---------------- ( -61.50) >DroEre_CAF1 441 117 - 1 GGACGGGUGCGGUGGCCAAGCCGCCAACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGCGG---UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG ..((.(.(.((.((((...(((((...(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..)))))((..((....---))..)).)))).)).).).)). ( -66.10) >DroYak_CAF1 459 117 - 1 GGACGGGUGCGGUGGCCAAGCCGCCGACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGCCAGAGG---UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG ..((.(.(.((.((((...(((((...(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..)))))((.(((....---))).)).)))).)).).).)). ( -68.20) >DroAna_CAF1 153 120 - 1 GCACGGAGGCGGUGGCGUUGCCGCCCACGCAACUGCUGGUGUGGCUGAGCGCUCUGCUCGGGCUACUGGGCAGCUGUGGGGCGGCCCGGCAGCGGUGGUGGAGCUGCCAGUGGUGGGGCG .(((((.((((....))))(((((((.((((.(((((.(.((((((((((.....)))).))))))).))))).)))))))))))))((((((.........)))))).)))........ ( -63.50) >consensus GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG___UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG .(((((.(((((((((...))))))..((((((((((((.(.((((((((.....)))))))).).))))))))))))..))).).))))............(((((.......))))). (-54.87 = -56.05 + 1.18)
Location | 20,207,399 – 20,207,519 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.83 |
Mean single sequence MFE | -55.62 |
Consensus MFE | -35.00 |
Energy contribution | -35.06 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 1.19 |
SVM RNA-class probability | 0.928562 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 20207399 120 - 20766785 GCCGCUACCACGCGCUGCACCAUUCCGUACUACGCCUCCGGGACGGGAGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUUUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGA ((.(((.((((.((((.(.((.(((((...........))))).)))))))))))...))).))...(((((((((((((..((((((((.....)))))))).)).))))))))))).. ( -62.80) >DroVir_CAF1 211 114 - 1 UCGGUGACCACGCGCUGCACGAUACCCUAUUAUGCAUCCGGU------GUGGCGCCGUCGCCGCCGACGCAGCUGCUCGUCUGGCUAAGCGCCCUGCUCGGUCUGCUGAGCAGCUGUGGG .(((((((...((((..((((((.(........).)))..))------)..)))).)))))))....((((((((((((.(.(((..(((.....)))..))).).)))))))))))).. ( -56.10) >DroPse_CAF1 301 117 - 1 GCCGUCACCACGCGCUGCACAUUCCCGUACUAUGCCUCGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUGUGGG .......(((((.(((((.....((((..........))))....(((((((.(((---(.(((..((.(((((........))))).))))).)))))))))))....)))))))))). ( -51.40) >DroGri_CAF1 244 114 - 1 UCGGUGAGCACACGCUGUGAGAUACCAUAUUUUGCGUCCGGU------GUGGCGCCGUCGCCGCCAACGCAGCUGCUCGUCUUUCUGAGCGCCCUGCUCGGUCUGUUGAGCAGCUGUGGG .((((((((.(((((((..(((((...)))))..)....)))------)))..))..))))))....((((((((((((.(...((((((.....))))))...).)))))))))))).. ( -52.20) >DroAna_CAF1 193 120 - 1 UCCGUCUCCAGCCGCUGUACGAUACCGUACUAUGCCUCCGGCACGGAGGCGGUGGCGUUGCCGCCCACGCAACUGCUGGUGUGGCUGAGCGCUCUGCUCGGGCUACUGGGCAGCUGUGGG .(((.(((..(((((((((((....)))))...(((((((...)))))))))))))...((((((((.((....))))).))))).))))((.((((((((....))))))))..)))). ( -60.30) >DroPer_CAF1 301 117 - 1 GCCGUCACCACUCGCUGCACAUUCCCGUACUAUGCCUCGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUGUGGG .............(((((((......)).....(((((.......))))).)))))---.....((.((((((((((.....((((((((.....)))))))).....)))))))))))) ( -50.90) >consensus GCCGUCACCACGCGCUGCACGAUACCGUACUAUGCCUCCGGCAC_GAGGCGGCGGCGU_GCCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGG ............((((((......((.............)).......)))))).............((((((((((.....((((((((.....)))))))).....)))))))))).. (-35.00 = -35.06 + 0.06)
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