Locus 6448

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>2R_DroMel_CAF1 20124469 92 + 20766785
UGGUUUCAGCAACAGGCUGCA--------AAUA--GCAUUUCACCUGUCAGCCUGUCAGCACGUACAUACA---------UAUAU---GUUGAUUUGUGCCAAGUU-----AGCUCCCC-
.((....(((.((((((((..--------.(((--(........))))))))))))..(((((.(((((..---------..)))---)).....)))))......-----.))).)).- ( -23.30)
>DroSec_CAF1 9206 92 + 1
UGGUGUCAGCAACAGGCUGGA--------GAUA--GCAUUUCACCUGUCAGCCUGUCAGCACGUACAUGCA---------UAUAU---GUUGAUUUGUGCCAAGUU-----GGCUCCCC-
.((.((((((.(((((((...--------((((--(........))))))))))))..(((((.(((((..---------..)))---)).....)))))...)))-----))).))..- ( -31.30)
>DroSim_CAF1 9739 100 + 1
UGGUGUCAGCAACAGGCUGGA--------GAUA--GCAUUUCACCUGUCAGCCUGUCAGCACGUACAUGCAUACAUA-CAUAUAU---GUUGAUUUGUGCCAAGUU-----GGCUCCCC-
.((.((((((.(((((((...--------((((--(........))))))))))))..(((((.....(((((....-....)))---)).....)))))...)))-----))).))..- ( -33.40)
>DroEre_CAF1 9169 84 + 1
UGGUGUCAGCAACAGGCUGGA--------GCUA--GCUUUUCACCUGUCAGCCUGUCGGCACGU-----------------AUAU---GUUGAUUCGUGAUAAGUU-----GGCUGCCC-
.(((.(((((.....)))))(--------((((--((((.((((..((((((.(((((...)).-----------------))).---))))))..)))).)))))-----))))))).- ( -32.50)
>DroYak_CAF1 9146 86 + 1
UGGCGUCAGCAACAGGCUGGA--------GAUA--GCAUUUCACCUGUCAGGCUGUCAGCACGUGA---------------AUAU---GUUGAUUUGUGCUAAGUU-----GCCUCCCC-
.((((.((((.(((((.((((--------(...--...))))))))))...)))).)((((((...---------------....---.......)))))).....-----))).....- ( -26.94)
>DroAna_CAF1 8954 111 + 1
GACUGUCAGCAACAGGCUGAACUCUGAAGGAUAUCACUUUGCAUCUGUCAGUCUG-----ACGUGCAAAGA----UAACAGCUAGCUAACUGAUAUACGCCAGGAUACUCUGACUUCCAC
((...(((((.....)))))..)).((((.((((((((((((((..(((.....)-----)))))))))).----....((....))...))))))....((((....)))).))))... ( -27.70)
>consensus
UGGUGUCAGCAACAGGCUGGA________GAUA__GCAUUUCACCUGUCAGCCUGUCAGCACGUACAU_CA_________UAUAU___GUUGAUUUGUGCCAAGUU_____GGCUCCCC_
((((((((((.(((((((((...........................)))))))))(.....).........................))))))....)))).................. (-10.69 = -11.70 +   1.00) 

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>2R_DroMel_CAF1 20124469 92 - 20766785
-GGGGAGCU-----AACUUGGCACAAAUCAAC---AUAUA---------UGUAUGUACGUGCUGACAGGCUGACAGGUGAAAUGC--UAUU--------UGCAGCCUGUUGCUGAAACCA
-((..(((.-----.....(((((......((---(((..---------..)))))..)))))(((((((((.((((((......--))))--------))))))))))))))....)). ( -30.70)
>DroSec_CAF1 9206 92 - 1
-GGGGAGCC-----AACUUGGCACAAAUCAAC---AUAUA---------UGCAUGUACGUGCUGACAGGCUGACAGGUGAAAUGC--UAUC--------UCCAGCCUGUUGCUGACACCA
-.((..(((-----.....))).....(((.(---.....---------.((((....)))).(((((((((..(((((......--))))--------).)))))))))).)))..)). ( -28.60)
>DroSim_CAF1 9739 100 - 1
-GGGGAGCC-----AACUUGGCACAAAUCAAC---AUAUAUG-UAUGUAUGCAUGUACGUGCUGACAGGCUGACAGGUGAAAUGC--UAUC--------UCCAGCCUGUUGCUGACACCA
-.((..(((-----.....))).....(((((---.((((((-((....)))))))).))((.(((((((((..(((((......--))))--------).))))))))))))))..)). ( -33.20)
>DroEre_CAF1 9169 84 - 1
-GGGCAGCC-----AACUUAUCACGAAUCAAC---AUAU-----------------ACGUGCCGACAGGCUGACAGGUGAAAAGC--UAGC--------UCCAGCCUGUUGCUGACACCA
-((.((((.-----.......((((.((....---..))-----------------.))))..(((((((((..((.((......--)).)--------).)))))))))))))...)). ( -25.40)
>DroYak_CAF1 9146 86 - 1
-GGGGAGGC-----AACUUAGCACAAAUCAAC---AUAU---------------UCACGUGCUGACAGCCUGACAGGUGAAAUGC--UAUC--------UCCAGCCUGUUGCUGACGCCA
-.....(((-----...(((((((........---....---------------....)))))))((((..(((((((.......--....--------....)))))))))))..))). ( -25.95)
>DroAna_CAF1 8954 111 - 1
GUGGAAGUCAGAGUAUCCUGGCGUAUAUCAGUUAGCUAGCUGUUA----UCUUUGCACGU-----CAGACUGACAGAUGCAAAGUGAUAUCCUUCAGAGUUCAGCCUGUUGCUGACAGUC
......(((((......))))).....(((((.(((..((((...----.((((((((((-----(.....))).).)))))))(((......))).....))))..))))))))..... ( -30.00)
>consensus
_GGGGAGCC_____AACUUGGCACAAAUCAAC___AUAUA_________UG_AUGUACGUGCUGACAGGCUGACAGGUGAAAUGC__UAUC________UCCAGCCUGUUGCUGACACCA
.((..(((...........(((((..................................)))))(((((((((.............................))))))))))))....)). (-11.13 = -12.66 +   1.53) 

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