Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,222,009 – 3,222,124 |
Length | 115 |
Max. P | 0.990590 |
Location | 3,222,009 – 3,222,124 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.13 |
Mean single sequence MFE | -31.38 |
Consensus MFE | -25.88 |
Energy contribution | -26.80 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 2.22 |
SVM RNA-class probability | 0.990590 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 + 20766785 UCGGACAAACGUUAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAUAUCAUAUCGGCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG ..((((....((((..((((((....)))))).((((((......)))))).))))........(((......)))....)))).....((((((.(((......))))))))). ( -35.30) >DroSec_CAF1 4815 115 + 1 UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG ..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -35.40) >DroSim_CAF1 5145 115 + 1 UCGGACAAACGCAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG ..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -37.30) >DroEre_CAF1 4587 115 + 1 UUGGGCAAAUGUAAAAGCCGGCUGUUGUUAGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUGAUUAUCUUGAUUACUCG .(((((.............(((.((((....))))((((.((((.(((...))).)))).)))))))..(((....))).))))).........(((((((.....))))))).. ( -23.70) >DroYak_CAF1 4673 115 + 1 UUGCGCAAAUGUAAAUGCACGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCGUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUUAUUAUCUCGAUUGCUCG (((((....)))))(((.(((((((((.((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...))).))).))).)))...((((((.............)))))). ( -25.22) >consensus UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG ..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....)))).....((((((.(((......))))))))). (-25.88 = -26.80 + 0.92)
Location | 3,222,009 – 3,222,124 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.13 |
Mean single sequence MFE | -29.39 |
Consensus MFE | -23.62 |
Energy contribution | -24.70 |
Covariance contribution | 1.08 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.661735 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 - 20766785 CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGCCGAUAUGAUAUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUAACGUUUGUCCGA .(((((((((......))).))))))....((((((((.(((......))))))..........((((((......)))))).(((..........)))..........))))). ( -28.30) >DroSec_CAF1 4815 115 - 1 CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA ((((((((((......))).)))))))..(..(((((((((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))).....)))))..).... ( -35.60) >DroSim_CAF1 5145 115 - 1 CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUGCGUUUGUCCGA ((((((((((......))).)))))))...((((((..(((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))((....))...)))))). ( -36.50) >DroEre_CAF1 4587 115 - 1 CGAGUAAUCAAGAUAAUCACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCUAACAACAGCCGGCUUUUACAUUUGCCCAA .((((((.............))))))....((((.(.((((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....))))))).))))........... ( -21.82) >DroYak_CAF1 4673 115 - 1 CGAGCAAUCGAGAUAAUAACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAACGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCGUGCAUUUACAUUUGCGCAA .((((((.............))))))..............(((.....(((((((.((((...........)))).))))...)))......)))(((((........))))).. ( -24.72) >consensus CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA .(((((((((......))).))))))....((((((.((((((....(((((((((((..(((((...)))))..)))).))))))).....))))))..........)))))). (-23.62 = -24.70 + 1.08)
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