Locus 644

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,222,009 – 3,222,124
Length 115
Max. P 0.990590
window1142 window1143

overview

Window 2

Location 3,222,009 – 3,222,124
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.13
Mean single sequence MFE -31.38
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -26.80
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 2.22
SVM RNA-class probability 0.990590
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 + 20766785
UCGGACAAACGUUAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAUAUCAUAUCGGCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((((..((((((....)))))).((((((......)))))).))))........(((......)))....)))).....((((((.(((......))))))))). ( -35.30)
>DroSec_CAF1 4815 115 + 1
UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -35.40)
>DroSim_CAF1 5145 115 + 1
UCGGACAAACGCAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -37.30)
>DroEre_CAF1 4587 115 + 1
UUGGGCAAAUGUAAAAGCCGGCUGUUGUUAGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUGAUUAUCUUGAUUACUCG
.(((((.............(((.((((....))))((((.((((.(((...))).)))).)))))))..(((....))).))))).........(((((((.....))))))).. ( -23.70)
>DroYak_CAF1 4673 115 + 1
UUGCGCAAAUGUAAAUGCACGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCGUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUUAUUAUCUCGAUUGCUCG
(((((....)))))(((.(((((((((.((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...))).))).))).)))...((((((.............)))))). ( -25.22)
>consensus
UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....)))).....((((((.(((......))))))))). (-25.88 = -26.80 +   0.92) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 3,222,009 – 3,222,124
Length 115
Sequences 5
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.13
Mean single sequence MFE -29.39
Consensus MFE -23.62
Energy contribution -24.70
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661735
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 - 20766785
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGCCGAUAUGAUAUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUAACGUUUGUCCGA
.(((((((((......))).))))))....((((((((.(((......))))))..........((((((......)))))).(((..........)))..........))))). ( -28.30)
>DroSec_CAF1 4815 115 - 1
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA
((((((((((......))).)))))))..(..(((((((((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))).....)))))..).... ( -35.60)
>DroSim_CAF1 5145 115 - 1
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUGCGUUUGUCCGA
((((((((((......))).)))))))...((((((..(((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))((....))...)))))). ( -36.50)
>DroEre_CAF1 4587 115 - 1
CGAGUAAUCAAGAUAAUCACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCUAACAACAGCCGGCUUUUACAUUUGCCCAA
.((((((.............))))))....((((.(.((((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....))))))).))))........... ( -21.82)
>DroYak_CAF1 4673 115 - 1
CGAGCAAUCGAGAUAAUAACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAACGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCGUGCAUUUACAUUUGCGCAA
.((((((.............))))))..............(((.....(((((((.((((...........)))).))))...)))......)))(((((........))))).. ( -24.72)
>consensus
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA
.(((((((((......))).))))))....((((((.((((((....(((((((((((..(((((...)))))..)))).))))))).....))))))..........)))))). (-23.62 = -24.70 +   1.08) 

alignment

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secondary structure

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