Locus 6438

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,104,813 – 20,104,906
Length 93
Max. P 0.967005
window10270 window10271

overview

Window 0

Location 20,104,813 – 20,104,906
Length 93
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.71
Mean single sequence MFE -35.27
Consensus MFE -21.77
Energy contribution -22.15
Covariance contribution 0.38
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.967005
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20104813 93 + 20766785
-UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGCC--GGGGUCCAUCCCCAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU-GGU----CCACAUCCACAUUCGGAA---AUGGAC----
-(.(((.((.((((.((((((((((..--(((.....))))))))))))).)))).))))).)......-.((----(((..(((......))).---.)))))---- ( -38.30)
>DroGri_CAF1 7209 94 + 1
UUGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUUUCC---CAUU--------AUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGUUGACCAGUGCUGCCACAUGCACA--A-GCAACCUUAGAGUUGC
(((((((((.((((.((((((((....---....--------)))))))).)))).))((((..((....))..))))....))))))--)-(((((......))))) ( -36.90)
>DroSec_CAF1 5231 93 + 1
-UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGUC--GGGGUCCAUCCCCAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU-GGU----CCACAUCCACAUUCGGAA---AUGGAC----
-(.(((.((.((((.((((((((((..--(((.....))))))))))))).)))).))))).)......-.((----(((..(((......))).---.)))))---- ( -38.30)
>DroSim_CAF1 6573 92 + 1
-UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGUC--GGGGUCCAUCCCCAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU-GG-----CCACAUCCACAUUCGGAA---AUGGAC----
-(.(((.((.((((.((((((((((..--(((.....))))))))))))).)))).))))).)......-..-----(((..(((......))).---.)))..---- ( -35.00)
>DroEre_CAF1 7634 89 + 1
-UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGCC--GGGGUCCAUCCUAAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU-GGUGC--CC------ACAUGAGGAA---ACGGAU----
-(.(((.((.((((.((((((((....--.(((.....))).)))))))).)))).))))).)..((((-.(((.--..------.))).)))).---......---- ( -29.50)
>DroYak_CAF1 7552 97 + 1
-UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGCUAAGGGGUCCAUCCUAAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU-GGUGC--CCCCACCCCCAUUCGGAA---ACGGAU----
-(.(((.((.((((.((((((((.....((((.....)))).)))))))).)))).))))).)......-((((.--...))))...(((((...---.)))))---- ( -33.60)
>consensus
_UGUGCAGAGAUUACCGGGCAAUGGCC__GGGGUCCAUCCCCAUUGCCCGCUAAUGUCGCAGAGAUCUU_GGU____CCACAUCCACAUUCGGAA___AUGGAC____
.(.(((.((.((((.((((((((......((((....)))).)))))))).)))).))))).)............................................. (-21.77 = -22.15 +   0.38)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 20,104,813 – 20,104,906
Length 93
Sequences 6
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.71
Mean single sequence MFE -35.25
Consensus MFE -19.16
Energy contribution -19.20
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 1.11
SVM RNA-class probability 0.916698
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20104813 93 - 20766785
----GUCCAU---UUCCGAAUGUGGAUGUGG----ACC-AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUGGGGAUGGACCCC--GGCCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA-
----((((((---.((((....)))).))))----)).-........(((((.((((.((((((((((...(((...))--).)))))))))).)))).)).)))..- ( -40.10)
>DroGri_CAF1 7209 94 - 1
GCAACUCUAAGGUUGC-U--UGUGCAUGUGGCAGCACUGGUCAACUCUGCGACAUUAGCGGGCAAU--------AAUG---GGAAAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACAA
((((((....))))))-.--(((((((((.((((....((....)))))).)))(((.((((((((--------....---....)))))))).)))....)))))). ( -37.10)
>DroSec_CAF1 5231 93 - 1
----GUCCAU---UUCCGAAUGUGGAUGUGG----ACC-AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUGGGGAUGGACCCC--GACCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA-
----((((((---.((((....)))).))))----)).-........(((((.((((.((((((((((...(((...))--).)))))))))).)))).)).)))..- ( -40.10)
>DroSim_CAF1 6573 92 - 1
----GUCCAU---UUCCGAAUGUGGAUGUGG-----CC-AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUGGGGAUGGACCCC--GACCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA-
----(.((((---.((((....)))).))))-----.)-........(((((.((((.((((((((((...(((...))--).)))))))))).)))).)).)))..- ( -36.00)
>DroEre_CAF1 7634 89 - 1
----AUCCGU---UUCCUCAUGU------GG--GCACC-AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUUAGGAUGGACCCC--GGCCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA-
----....((---.(((......------))--).)).-........(((((.((((.((((((((..((.(((...))--).)))))))))).)))).)).)))..- ( -26.60)
>DroYak_CAF1 7552 97 - 1
----AUCCGU---UUCCGAAUGGGGGUGGGG--GCACC-AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUUAGGAUGGACCCCUUAGCCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA-
----.(((((---(....))))))((((...--.))))-........(((((.((((.((((((((..((..((....))...)))))))))).)))).)).)))..- ( -31.60)
>consensus
____GUCCAU___UUCCGAAUGUGGAUGUGG____ACC_AAGAUCUCUGCGACAUUAGCGGGCAAUGGGGAUGGACCCC__GGCCAUUGCCCGGUAAUCUCUGCACA_
...............................................(((((.((((.((((((((......(.....)......)))))))).)))).)).)))... (-19.16 = -19.20 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:11:01 2006