Locus 6409

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	20,045,389 – 20,045,501
Length	112
Max. P	0.929390

overview

Window 6

Location	20,045,389 – 20,045,501
Length	112
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.14
Mean single sequence MFE	-38.04
Consensus MFE	-27.63
Energy contribution	-27.75
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.87
SVM RNA-class probability	0.869828
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20045389 112 + 20766785
AGAACCAUGUCCCAACCAAAACGACACUAUCAUUUUGCUUGGGAUUUUAUGGCCACACAAACCCAUC-------CACGGAUCGAUCGAUUGAUCGUUUGCGGUCGAUUGGGGCUAAGUG
....(((((((((((.(((((.((.....)).))))).)))))))...))))...(((...((((((-------....)))....((((((((((....)))))))))))))....))) ( -34.80)
>DroSec_CAF1 5276 119 + 1
AGAACCAUGUCCCAACCAAAACGACACUAUCAUUUUGCGUGGGAUUUUAUGGCCACAUAAGCCCAUCCACGAUCCACGGAUCGAUCGAUUGAUCGUUUGCGGUCGAUUGGGGCUAAGUG
....((((((((((..(((((.((.....)).)))))..))))))...)))).(((...(((((.....(((((....)))))..((((((((((....)))))))))))))))..))) ( -44.90)
>DroSim_CAF1 5341 119 + 1
AGAACCAUGUCCCAACCAAAACGACACUUUCAUUUUGCGUGGGAUUUUAUGGCCACAUAAGCCCAUCCACGAUCCACGGAUCGAUCGAUUGAUCGUUUGCGGUCGAUUGGGGCUAAGUG
....((((((((((..(((((.((.....)).)))))..))))))...)))).(((...(((((.....(((((....)))))..((((((((((....)))))))))))))))..))) ( -45.00)
>DroEre_CAF1 5404 112 + 1
AGAACCAUGUCCCAACCAAUAAGACACUAGUAUUUCGCGUGGGAUUUUAUGGCCACAUGAACCCAUC-------CACGGAUCGAUCGAUUGAUCGCUUGCGGUCGAUUGAGGCUAAGUG
........................(((((((...((.((((((..((((((....))))))....))-------))))))....(((((((((((....))))))))))).))).)))) ( -31.50)
>DroYak_CAF1 5403 112 + 1
AGAACCAUGUCCCCACCAAUAUGGGACUAUUAUUUCACGUGGGACUUUAUGGCCACAUAAACCCAUC-------CACGGAUCGAUCGAUUGAUCGCUUGCGGUCGAUUGGGGCUGAGUG
((..((..(((((.........)))))..........((((((..((((((....))))))....))-------))))(((((((((...(....)...)))))))))))..))..... ( -34.00)
>consensus
AGAACCAUGUCCCAACCAAAACGACACUAUCAUUUUGCGUGGGAUUUUAUGGCCACAUAAACCCAUC_______CACGGAUCGAUCGAUUGAUCGUUUGCGGUCGAUUGGGGCUAAGUG
...((...(((((........(((..(...........(((((..((((((....)))))))))))...........)..)))...(((((((((....))))))))))))))...)). (-27.63 = -27.75 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,045,389 – 20,045,501
Length	112
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.14
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-29.33
Energy contribution	-30.01
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.929390
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20045389 112 - 20766785
CACUUAGCCCCAAUCGACCGCAAACGAUCAAUCGAUCGAUCCGUG-------GAUGGGUUUGUGUGGCCAUAAAAUCCCAAGCAAAAUGAUAGUGUCGUUUUGGUUGGGACAUGGUUCU
(((..(((((..(((.((.(....(((((....)))))..).)).-------))))))))...)))(((((....((((((.(((((((((...))))))))).)))))).)))))... ( -40.40)
>DroSec_CAF1 5276 119 - 1
CACUUAGCCCCAAUCGACCGCAAACGAUCAAUCGAUCGAUCCGUGGAUCGUGGAUGGGCUUAUGUGGCCAUAAAAUCCCACGCAAAAUGAUAGUGUCGUUUUGGUUGGGACAUGGUUCU
(((..(((((....(((((((...(((((....)))))....)))).))).....)))))...)))(((((....((((((.(((((((((...)))))))))).))))).)))))... ( -44.30)
>DroSim_CAF1 5341 119 - 1
CACUUAGCCCCAAUCGACCGCAAACGAUCAAUCGAUCGAUCCGUGGAUCGUGGAUGGGCUUAUGUGGCCAUAAAAUCCCACGCAAAAUGAAAGUGUCGUUUUGGUUGGGACAUGGUUCU
(((..(((((....(((((((...(((((....)))))....)))).))).....)))))...)))(((((....((((((.((((((((.....))))))))).))))).)))))... ( -43.80)
>DroEre_CAF1 5404 112 - 1
CACUUAGCCUCAAUCGACCGCAAGCGAUCAAUCGAUCGAUCCGUG-------GAUGGGUUCAUGUGGCCAUAAAAUCCCACGCGAAAUACUAGUGUCUUAUUGGUUGGGACAUGGUUCU
.....((((........((((...(((((....)))))....)))-------).(((.(((.(((((..........))))).)))...)))((((((((.....)))))))))))).. ( -29.40)
>DroYak_CAF1 5403 112 - 1
CACUCAGCCCCAAUCGACCGCAAGCGAUCAAUCGAUCGAUCCGUG-------GAUGGGUUUAUGUGGCCAUAAAGUCCCACGUGAAAUAAUAGUCCCAUAUUGGUGGGGACAUGGUUCU
...(((.(((((.((((((((...(((((....)))))....)))-------)((((((((((((((..........)))))))))........))))).)))))))))...))).... ( -36.50)
>consensus
CACUUAGCCCCAAUCGACCGCAAACGAUCAAUCGAUCGAUCCGUG_______GAUGGGUUUAUGUGGCCAUAAAAUCCCACGCAAAAUGAUAGUGUCGUUUUGGUUGGGACAUGGUUCU
(((..(((((........(((...(((((....)))))....)))..........)))))...)))(((((....(((((..((((((((.....))))))))..))))).)))))... (-29.33 = -30.01 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

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