Locus 6406

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	20,032,886 – 20,033,028
Length	142
Max. P	0.989914

overview

Window 0

Location	20,032,886 – 20,032,988
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.80
Mean single sequence MFE	-52.55
Consensus MFE	-36.76
Energy contribution	-38.15
Covariance contribution	1.39
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	1.34
SVM RNA-class probability	0.943786
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20032886 102 + 20766785
GGCGGCCGCCAGGUGGUUACUGGCUGCGUGCCCACCGCCGAC---GUGGCUCAGGUGACCAGCUGCAGCGGCGUGGUGGUGCAGCUGCUGCUGGUGGUGCGCC------GC
(((((((((((.(..((....(((((((...(((((((((..---(..(((..(....).)))..)..))))..))))))))))))))..)))))))).))))------.. ( -58.40)
>DroVir_CAF1 1072 111 + 1
UGCAGCGGCCAAAUGAUUGCUGGCCGCAUGGCCGCCGCCAACGCCAUGGCUCAAAUGGCCGGUGGCCGCGGCAUGAUGAUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGGGCCGCGGCGGC
....(((((((.........)))))))...((((((((((..(((((.......)))))...)))).(((((.(.((.((.((((....)))))).)).)))))))))))) ( -58.90)
>DroPse_CAF1 1117 99 + 1
CGCAGCGGCCAAAUGAUUGCUGGCCGCGUGUCCACCGCCGAC---AUGGCCCAGGUGGCCGGCGGCA---GCGUGAUGGUGCAACUGCUGCUGAUGAUGUGCA------GC
.((((((((((.........)))))))....((((((((...---..)))...))))).((((((((---(..((......)).)))))))))......))).------.. ( -42.30)
>DroMoj_CAF1 3383 111 + 1
AGCAGCAGCCAAAUGAUUGCUAGCCGCAUGGCCGCCGCCAACGCCAUGGCUCAGGUGCCCAGUUGCAGCAGCAUGAUGGUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGGGCAGCAGCGGC
(((((((......)).))))).(((((.((((((..((....))..)))).))(.((((((...((((((((.((......))))))))))......)))))).).))))) ( -51.10)
>DroAna_CAF1 3081 102 + 1
GGCCGCGGCCAGAUGAUUGCUGGCCGCAUGACCACCACCUAC---GUGACCCAGGUGGCCAGCGGCGGCGGCAUGGUGAUGCAGCUGCUGCUGGUGGUGCGCG------GC
.(((((((((((.......))))))((((.(((.((((((..---.......))))))..(((((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))))------)) ( -62.30)
>DroPer_CAF1 1117 99 + 1
CGCAGCGGCCAAAUGAUUGCUGGCCGCGUGUCCACCGCCGAC---AUGGCCCAGGUGGCCGGCGGCA---GCGUGAUGGUGCAACUGCUGCUGAUGAUGUGCA------GC
.((((((((((.........)))))))....((((((((...---..)))...))))).((((((((---(..((......)).)))))))))......))).------.. ( -42.30)
>consensus
CGCAGCGGCCAAAUGAUUGCUGGCCGCAUGGCCACCGCCGAC___AUGGCCCAGGUGGCCAGCGGCAGCGGCAUGAUGGUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGCGCA______GC
.((.(((((((.........)))))))....(((((((((......))))...))))).((((((((((.((((....)))).)))))))))).......))......... (-36.76 = -38.15 +   1.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	20,032,886 – 20,032,988
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.80
Mean single sequence MFE	-51.87
Consensus MFE	-31.78
Energy contribution	-32.15
Covariance contribution	0.37
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-3.03
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	2.19
SVM RNA-class probability	0.989914
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20032886 102 - 20766785
GC------GGCGCACCACCAGCAGCAGCUGCACCACCACGCCGCUGCAGCUGGUCACCUGAGCCAC---GUCGGCGGUGGGCACGCAGCCAGUAACCACCUGGCGGCCGCC
((------(((.((((((((((.(((((.((........)).))))).)))))).......(((..---...))))))).))..((.(((((.......))))).))))). ( -51.80)
>DroVir_CAF1 1072 111 - 1
GCCGCCGCGGCCCAUCAUCAGCAGCAGCUGCAUCAUCAUGCCGCGGCCACCGGCCAUUUGAGCCAUGGCGUUGGCGGCGGCCAUGCGGCCAGCAAUCAUUUGGCCGCUGCA
((.((((((((..((.((((((....)))).)).))...))))))))...((((((..(((((....))((((((.(((....))).))))))..)))..))))))..)). ( -56.70)
>DroPse_CAF1 1117 99 - 1
GC------UGCACAUCAUCAGCAGCAGUUGCACCAUCACGC---UGCCGCCGGCCACCUGGGCCAU---GUCGGCGGUGGACACGCGGCCAGCAAUCAUUUGGCCGCUGCG
((------(((.........)))))....(((...((.(((---((((((.((((.....))))..---).))))))))))...((((((((.......))))))))))). ( -46.70)
>DroMoj_CAF1 3383 111 - 1
GCCGCUGCUGCCCAUCAUCAGCAGCAGCUGCACCAUCAUGCUGCUGCAACUGGGCACCUGAGCCAUGGCGUUGGCGGCGGCCAUGCGGCUAGCAAUCAUUUGGCUGCUGCU
((((((((((((((......((((((((((......)).))))))))...)))))......((....))...)))))))))...(((((.(((.........)))))))). ( -54.30)
>DroAna_CAF1 3081 102 - 1
GC------CGCGCACCACCAGCAGCAGCUGCAUCACCAUGCCGCCGCCGCUGGCCACCUGGGUCAC---GUAGGUGGUGGUCAUGCGGCCAGCAAUCAUCUGGCCGCGGCC
((------((((((((((((((.((.((.((((....)))).)).)).)))))(((((((.(...)---.)))))))))))...))((((((.......))))))))))). ( -55.00)
>DroPer_CAF1 1117 99 - 1
GC------UGCACAUCAUCAGCAGCAGUUGCACCAUCACGC---UGCCGCCGGCCACCUGGGCCAU---GUCGGCGGUGGACACGCGGCCAGCAAUCAUUUGGCCGCUGCG
((------(((.........)))))....(((...((.(((---((((((.((((.....))))..---).))))))))))...((((((((.......))))))))))). ( -46.70)
>consensus
GC______UGCACAUCAUCAGCAGCAGCUGCACCAUCACGCCGCUGCCGCCGGCCACCUGAGCCAU___GUCGGCGGUGGACACGCGGCCAGCAAUCAUUUGGCCGCUGCC
.........((...(((((.((.(((((.((........)).)))))....(((.......))).........)))))))....((((((((.......)))))))).)). (-31.78 = -32.15 +   0.37)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	20,032,926 – 20,033,028
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.78
Mean single sequence MFE	-53.58
Consensus MFE	-36.72
Energy contribution	-37.12
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.83
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.31
SVM RNA-class probability	0.940390
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20032926 102 + 20766785
AC---GUGGCUCAGGUGACCAGCUGCAGCGGCGUGGUGGUGCAGCUGCUGCUGGUGGUGCGCC------GCUGCCAGCGUGUGGUGGUUCAGGGCCGGCUGCUGCUGGUGG
..---(((((.((..(.((((((.(((((.(((......))).))))).)))))).))).)))------)).(((((((.(..(((((.....))).))..)))))))).. ( -52.70)
>DroVir_CAF1 1112 111 + 1
ACGCCAUGGCUCAAAUGGCCGGUGGCCGCGGCAUGAUGAUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGGGCCGCGGCGGCGGCCAGCGUAUGAUGAUUAAGCGCCGGCUGCUGCUGAUGA
..(((((((((.....)))).)))))((((((.(.((.((.((((....)))))).)).)))))))(((((((((.((((.(((...))).)))).)))))))))...... ( -56.50)
>DroPse_CAF1 1157 99 + 1
AC---AUGGCCCAGGUGGCCGGCGGCA---GCGUGAUGGUGCAACUGCUGCUGAUGAUGUGCA------GCGGCCAGCGUAUGAUGGUUCAGCGCCGGCUGCUGCUGGUGA
((---((((((.....))))(((((((---(..((......)).))))))))....))))(((------((((((.((((.(((....))))))).)))))))))...... ( -48.30)
>DroMoj_CAF1 3423 111 + 1
ACGCCAUGGCUCAGGUGCCCAGUUGCAGCAGCAUGAUGGUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGGGCAGCAGCGGCAGCCAGCGUAUGAUGGUUAAGCGCCGGCUGCUGCUGGUGA
.((((........(.((((((...((((((((.((......))))))))))......)))))).)((((((((((.((((.(((...))).)))).)))))))))))))). ( -61.20)
>DroAna_CAF1 3121 102 + 1
AC---GUGACCCAGGUGGCCAGCGGCGGCGGCAUGGUGAUGCAGCUGCUGCUGGUGGUGCGCG------GCGGCCAGCGUGUGGUGAUUCAGGGCCGGCUGCUGCUGGUGG
..---....((((..(.((((((((((((.((((....)))).)))))))))))).)...(((------((((((.((.(.(((....))).))).)))))))))))).). ( -54.50)
>DroPer_CAF1 1157 99 + 1
AC---AUGGCCCAGGUGGCCGGCGGCA---GCGUGAUGGUGCAACUGCUGCUGAUGAUGUGCA------GCGGCCAGCGUAUGAUGGUUCAGCGCCGGCUGCUGCUGGUGA
((---((((((.....))))(((((((---(..((......)).))))))))....))))(((------((((((.((((.(((....))))))).)))))))))...... ( -48.30)
>consensus
AC___AUGGCCCAGGUGGCCAGCGGCAGCGGCAUGAUGGUGCAGCUGCUGCUGAUGAUGCGCA______GCGGCCAGCGUAUGAUGGUUCAGCGCCGGCUGCUGCUGGUGA
..........((((.....((((((((((.((((....)))).))))))))))................((((((.((((.(((....))))))).))))))..))))... (-36.72 = -37.12 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	20,032,926 – 20,033,028
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.78
Mean single sequence MFE	-43.14
Consensus MFE	-24.42
Energy contribution	-25.37
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-3.10
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.938967
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20032926 102 - 20766785
CCACCAGCAGCAGCCGGCCCUGAACCACCACACGCUGGCAGC------GGCGCACCACCAGCAGCAGCUGCACCACCACGCCGCUGCAGCUGGUCACCUGAGCCAC---GU
.........((.((((((..((......))...)))))).))------(((.((..((((((.(((((.((........)).))))).))))))....)).)))..---.. ( -41.40)
>DroVir_CAF1 1112 111 - 1
UCAUCAGCAGCAGCCGGCGCUUAAUCAUCAUACGCUGGCCGCCGCCGCGGCCCAUCAUCAGCAGCAGCUGCAUCAUCAUGCCGCGGCCACCGGCCAUUUGAGCCAUGGCGU
............(((((((.............)))))))((((((((((((..((.((((((....)))).)).))...))))))))....((((....).)))..)))). ( -45.12)
>DroPse_CAF1 1157 99 - 1
UCACCAGCAGCAGCCGGCGCUGAACCAUCAUACGCUGGCCGC------UGCACAUCAUCAGCAGCAGUUGCACCAUCACGC---UGCCGCCGGCCACCUGGGCCAU---GU
......(((((.(((((((.(((....)))..))))))).))------)))((((.....((.(((((((......)).))---))).)).((((.....))))))---)) ( -40.80)
>DroMoj_CAF1 3423 111 - 1
UCACCAGCAGCAGCCGGCGCUUAACCAUCAUACGCUGGCUGCCGCUGCUGCCCAUCAUCAGCAGCAGCUGCACCAUCAUGCUGCUGCAACUGGGCACCUGAGCCAUGGCGU
(((.((((.((((((((((.............)))))))))).)))).((((((......((((((((((......)).))))))))...))))))..)))((....)).. ( -52.52)
>DroAna_CAF1 3121 102 - 1
CCACCAGCAGCAGCCGGCCCUGAAUCACCACACGCUGGCCGC------CGCGCACCACCAGCAGCAGCUGCAUCACCAUGCCGCCGCCGCUGGCCACCUGGGUCAC---GU
...(((((.((.((((((..((......))...)))))).))------.))......(((((.((.((.((((....)))).)).)).))))).....))).....---.. ( -38.20)
>DroPer_CAF1 1157 99 - 1
UCACCAGCAGCAGCCGGCGCUGAACCAUCAUACGCUGGCCGC------UGCACAUCAUCAGCAGCAGUUGCACCAUCACGC---UGCCGCCGGCCACCUGGGCCAU---GU
......(((((.(((((((.(((....)))..))))))).))------)))((((.....((.(((((((......)).))---))).)).((((.....))))))---)) ( -40.80)
>consensus
UCACCAGCAGCAGCCGGCGCUGAACCAUCAUACGCUGGCCGC______UGCACAUCAUCAGCAGCAGCUGCACCAUCACGCCGCUGCCGCCGGCCACCUGAGCCAU___GU
...((((.....((((((...............(((((..((.......))......))))).(((((.((........)).))))).))))))...)))).......... (-24.42 = -25.37 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:10:13 2006