Locus 6405

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,031,141 – 20,031,249
Length 108
Max. P 0.529185
window10219

overview

Window 9

Location 20,031,141 – 20,031,249
Length 108
Sequences 5
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.22
Mean single sequence MFE -25.87
Consensus MFE -18.28
Energy contribution -17.68
Covariance contribution -0.60
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.71
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.529185
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20031141 108 + 20766785
GGAGUUGUGAGUAUUAUAAACGCUUUCUAACUACAGCGUGU----GGAGUUACAUUAGAUAUAUGUAUAUGU---UAUGUAUAUACGUGGAGUGGGUGCUUCACUUGUUAAUAGG
..(((((.((((.........))))..)))))..((((.((----(((((..((((.....((((((((((.---....)))))))))).))))...))))))).))))...... ( -25.30)
>DroPse_CAF1 49652 114 + 1
UGGG-UGUGAGUAUUAUAAACGCCUUUUAACUACGGCGUGUAAUGGGGUUUACAUUAUUAGUAUAUAUAUGUCUAAAUGUAUAUACGUAGAGUGAGUGGAUCAAUUGUUAAUAGA
....-......((((((..(((((..........))))))))))).(((((((.(((((.((((((((((......))))))))))....))))))))))))............. ( -26.80)
>DroSec_CAF1 49441 107 + 1
GGUG-UGUGAGUAUUAUAAACGCUUUCUAACUACAGCGUGU----GGAGUUACAUUAGAUAUAUGUAUAUGU---UAUGUAUAUACGUGGAGUGGGUGCUUCACUUGUUAAUAGG
((((-(.............)))))......(((.((((.((----(((((..((((.....((((((((((.---....)))))))))).))))...))))))).))))..))). ( -25.22)
>DroSim_CAF1 49579 107 + 1
GGUG-UGUGAGUAUUAUAAACGCUUUCUAACUACAGCGUGU----GGAGUUACAUUAGAUAUAUGUAUAUGU---UAUGUAUAUACGUGGAGUGGGUGCUUCACUUGUUAAUAGG
((((-(.............)))))......(((.((((.((----(((((..((((.....((((((((((.---....)))))))))).))))...))))))).))))..))). ( -25.22)
>DroPer_CAF1 53293 114 + 1
UGGG-UUUGAGUAUUAUAAACGCCUUUUAACUACGGCGUGUAAUGGGGUUUACAUUAUUAGUAUAUAUAUGUCUAAAUGUAUAUACGUAGAGUGAGUGGAUCAAUUGUUAAUAGA
....-......((((((..(((((..........))))))))))).(((((((.(((((.((((((((((......))))))))))....))))))))))))............. ( -26.80)
>consensus
GGGG_UGUGAGUAUUAUAAACGCUUUCUAACUACAGCGUGU____GGAGUUACAUUAGAUAUAUGUAUAUGU___UAUGUAUAUACGUGGAGUGGGUGCUUCACUUGUUAAUAGG
......(((((((((....(((((..........))))).............((((.....(((((((((......))))))))).....))))))))).))))........... (-18.28 = -17.68 +  -0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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