Locus 6390

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,982,303 – 19,982,423
Length 120
Max. P 0.590328
window10200

overview

Window 0

Location 19,982,303 – 19,982,423
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.72
Mean single sequence MFE -43.60
Consensus MFE -14.99
Energy contribution -17.88
Covariance contribution 2.90
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.34
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590328
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19982303 120 - 20766785
UCGCACAGAAGAUUGUUGGAGAGGCUCAGGUUAGUCAACUUCGAGUACUGCGAGAUGUUGGUGGGAACGAAGGAGAUCUGGUUUUUGUUCAGGACCAACUGGGUGAGGUGCUCGGAGAGC
..((......(((((...(((...)))....)))))..(((((((((((.((....((((((..(((((((((........)))))))))...))))))....)).))))))))))).)) ( -39.50)
>DroVir_CAF1 20570 120 - 1
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>DroPse_CAF1 21156 120 - 1
UCGCGCAGCAAGUUGCAGGGGACCUUGAAGUGGGCCAACUUCGAGAACUGCGACAUGCUGGUGGGUAUGUACGAGAUCUGAUUCUUGGUCAGAUCCAGCUGGGUGAGCAGCUCGCUCAGC
((((.(((((.(((((((.....((((((((......))))))))..))))))).)))))))))........(.((((((((.....))))))))).((((((((((...)))))))))) ( -56.60)
>DroYak_CAF1 1770 120 - 1
UCGCAGAGGAGAUUGCCGCAGAGGUUCAAGUCCGUCAACUUGGAGUACUGCGAGAUGUUGGUGGGCACAAAGGAGAUCUGGUUCUUGGUCAGGUUCAACUGGGUGAGCUGCUCGGCCAGC
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>DroAna_CAF1 1894 120 - 1
UCACACAGUAGAUUGCAGGAGAGGUUCAGGGUUGAUAGCUUUGAGAAUUGCGAAAUGUUGGUGGGCACAUAGGAUAUUUGGUUUUUGGUAACGUCCAGUUCGUUGAGCAGUUCGCUCAAC
((((.(((((..((((((......((((((((.....))))))))..))))))..))))))))).......((((.....(((......))))))).....(((((((.....))))))) ( -29.90)
>DroPer_CAF1 20979 120 - 1
UCGCGCAGCAAGUUGCAGGGGACCUUGAAGUGGGCCAACUUCGAGAACUGCGACAUGCUGGUGGGUAUGUACGAGAUCUGAUUCUUGGUCAGAUCCAGCUGGGUGAGCAGCUCGCUCAGC
((((.(((((.(((((((.....((((((((......))))))))..))))))).)))))))))........(.((((((((.....))))))))).((((((((((...)))))))))) ( -56.60)
>consensus
UCGCACAGCAAAUUGCAGGAGAGGUUCAAGUCAGUCAACUUCGAGAACUGCGACAUGUUGGUGGGUACAUAGGAGAUCUGGUUCUUGGUCAGAUCCAGCUGGGUGAGCAGCUCGCUCAGC
((((.(((((..((((((......(((((((......)))).)))..))))))..)))))))))..........((((((((.....))))))))........(((((.....))))).. (-14.99 = -17.88 +   2.90)

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