Locus 6372

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,953,676 – 19,953,796
Length 120
Max. P 0.593331
window10176

overview

Window 6

Location 19,953,676 – 19,953,796
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.50
Mean single sequence MFE -46.70
Consensus MFE -30.53
Energy contribution -30.23
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593331
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19953676 120 + 20766785
GGACCAGAUGGAGGGCGACUACUCUGGCAUCGAGCAUCUGGUGGUCCCGGGUGUCAUGCAGACCAUUAAGGUAAGCACCACGGCCGGAGCGGCCAGGAUCGCUGAGUUCGUCUUCAACUA
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>DroSec_CAF1 36669 120 + 1
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>DroEre_CAF1 35692 120 + 1
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>DroWil_CAF1 38668 120 + 1
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>DroYak_CAF1 34527 120 + 1
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>DroAna_CAF1 36197 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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