Locus 6351

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,916,549 – 19,916,708
Length 159
Max. P 0.903618
window10148 window10149

overview

Window 8

Location 19,916,549 – 19,916,668
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.11
Mean single sequence MFE -42.73
Consensus MFE -33.01
Energy contribution -31.35
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.40
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.83
SVM RNA-class probability 0.860506
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19916549 119 - 20766785
CUCAUCUUCGGUGGACUGCCCCUGUUCUACAUGGAGCUGGCGCUGGGCCAGUUCCACCGAUGUGGUUGCCUCAGCAUCUGGAAGCGCAUCUGUCCGGCCCUAAAAGGUGAGUGUAAAAA-
((((((((.(((((((...............((((((((((.....))))))))))..((((((.((.((.........)))).)))))).)))).)))....))))))))........- ( -45.50)
>DroVir_CAF1 8318 118 - 1
CUCAUCUUUGGCGGCCUGCCGCUGUUCUAUAUGGAACUGGCCCUGGGUCAGUUCCAUCGUUGCGGCUGCCUUAGCAUCUGGAAGCGCAUUUGUCCGGCCUUGAAGGGUGAGUCAAG-CG-
(((((((((.(.((((.(((((........((((((((((((...))))))))))))....)))))((((((..(....).))).))).......)))).).))))))))).....-..- ( -49.50)
>DroGri_CAF1 7368 119 - 1
CUCAUCUUUGGAGGUCUACCUUUGUUUUAUAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUUCAUCGAUGCGGUUGCAUUAGCAUCUGGAAGCGCAUUUGUCCAGCUCUCAAGGGUAAGUGGAAACA-
((.(((((((..(((...............(((((((((((.....))))))))))).((((((.((.((........)).)).))))))......)))..))))))).))((....))- ( -35.40)
>DroWil_CAF1 29019 120 - 1
CUAAUUUUUGGCGGUCUGCCUUUGUUCUAUAUGGAAUUGGCUUUAGGACAAUUUCAUCGAUGUGGUUGUCUCAGUAUUUGGAAACGCAUUUGUCCAGCCUUGAAGGGUAAGUAGAAUAAU
.........(((.....))).(((((((((.((((....((....(((((((..((....))..)))))))........(....))).....))))((((....))))..))))))))). ( -30.90)
>DroMoj_CAF1 14310 116 - 1
CUCAUCUUUGGCGGUCUGCCGCUGUUCUACAUGGAGCUGGCCUUGGGUCAGUUCCAUCGCUGCGGCUGCAUCAGCAUCUGGAAGCGCAUUUGUCCAGCAUUGAAGGGUGAGUGAAU----
((((((((((((.....)))((((..(...((((((((((((...))))))))))))((((.(((.(((....))).)))..)))).....)..))))....))))))))).....---- ( -48.80)
>DroAna_CAF1 5843 119 - 1
CUCAUCUUUGGAGGUCUGCCUCUCUUCUAUAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUCCAUCGAUGCGGAUGCCUCAGCAUCUGGAAGCGUAUCUGUCCGGCGCUGAAAGGUGAGUGGAAAAA-
((((((((((((((....))))).......(((((((((((.....)))))))))))...(.(((((((....))))))).)(((((.........))))).)))))))))........- ( -46.30)
>consensus
CUCAUCUUUGGCGGUCUGCCUCUGUUCUAUAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUCCAUCGAUGCGGUUGCCUCAGCAUCUGGAAGCGCAUUUGUCCAGCCCUGAAGGGUGAGUGGAAAAA_
((((((((((((((....)))))(((..(((((((((((((.....))))))))))..((((((.((...((((...)))).)))))))))))..)))....)))))))))......... (-33.01 = -31.35 +  -1.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 19,916,588 – 19,916,708
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.22
Mean single sequence MFE -46.42
Consensus MFE -35.38
Energy contribution -34.64
Covariance contribution -0.74
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903618
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19916588 120 - 20766785
GAACGGAGGCGGCGCCUUCCUGGUGCCCUACUGCCUCUUCCUCAUCUUCGGUGGACUGCCCCUGUUCUACAUGGAGCUGGCGCUGGGCCAGUUCCACCGAUGUGGUUGCCUCAGCAUCUG
((((((.(((((((((.....))))))...(..((..............))..)...))).))))))....((((((((((.....))))))))))..(((((.(......).))))).. ( -51.64)
>DroGri_CAF1 7407 120 - 1
GAAUGGCGGUGGCGCCUUUUUGGUGCCAUACUGCGUCUUUCUCAUCUUUGGAGGUCUACCUUUGUUUUAUAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUUCAUCGAUGCGGUUGCAUUAGCAUCUG
.....(((((((((((.....))))))))((((((((............(((((....))))).......(((((((((((.....))))))))))).)))))))))))........... ( -45.00)
>DroWil_CAF1 29059 120 - 1
AAACGGUGGUGGCGCCUUUCUAGUUCCCUAUUGCCUGUUCCUAAUUUUUGGCGGUCUGCCUUUGUUCUAUAUGGAAUUGGCUUUAGGACAAUUUCAUCGAUGUGGUUGUCUCAGUAUUUG
....((((....))))...........(((..(((.(((((........(((.....)))............))))).)))..)))((((((..((....))..)))))).......... ( -28.25)
>DroMoj_CAF1 14346 120 - 1
GAAUGGCGGCGGCGCCUUCCUGGUGCCAUAUUGCAUCUUCCUCAUCUUUGGCGGUCUGCCGCUGUUCUACAUGGAGCUGGCCUUGGGUCAGUUCCAUCGCUGCGGCUGCAUCAGCAUCUG
((((((((((((((((.....))))))............(((((....))).))...))))))))))...((((((((((((...)))))))))))).....(((.(((....))).))) ( -52.70)
>DroAna_CAF1 5882 120 - 1
GAACGGCGGCGGGGCCUUUCUGGUGCCCUACUGCGUGUUCCUCAUCUUUGGAGGUCUGCCUCUCUUCUAUAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUCCAUCGAUGCGGAUGCCUCAGCAUCUG
(((((((((..((((((....)).))))..)))).)))))..((((...(((((....))))).......(((((((((((.....))))))))))).))))(((((((....))))))) ( -54.90)
>DroPer_CAF1 6164 120 - 1
GAACGGCGGCGGUGCCUUCCUAGUGCCCUACUGCCUCUUCCUCAUCUUCGGCGGCCUGCCGCUGUUCUACAUGGAAUUGGCCCUCGGACAAUUUCAUCGAUGCGGCUGCCUAAGCAUCUG
((((((((((((.(((.....((((...))))(((..............))))))))))))))))))...(((((((((.((...)).))))))))).(((((..........))))).. ( -46.04)
>consensus
GAACGGCGGCGGCGCCUUCCUGGUGCCCUACUGCCUCUUCCUCAUCUUUGGCGGUCUGCCUCUGUUCUACAUGGAACUGGCUCUGGGUCAGUUCCAUCGAUGCGGUUGCCUCAGCAUCUG
((((((.(((((((((.....))))))...((((................))))...))).))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........))))).. (-35.38 = -34.64 +  -0.74)

alignment

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