| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,900,969 – 19,901,073 |
| Length | 104 |
| Max. P | 0.964269 |
| Location | 19,900,969 – 19,901,073 |
|---|---|
| Length | 104 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.31 |
| Mean single sequence MFE | -35.30 |
| Consensus MFE | -28.37 |
| Energy contribution | -28.68 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -2.53 |
| Structure conservation index | 0.80 |
| SVM decision value | 1.56 |
| SVM RNA-class probability | 0.964269 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 19900969 104 - 20766785 CUAUCC-CCAGUGUGCUUCCCAGCCAUUCGAUACGACCCAGGGCCCUGAAACUGGAGCUCGCGUAUCUGAUGGUUCCGGAAGGCACUCC-GUAUUCU--A-UGUAUAGU ......-..(((((.(((((.(((((((.((((((.....((((((.......)).)))).)))))).)))))))..))))))))))..-.......--.-........ ( -35.20) >DroSec_CAF1 134315 104 - 1 CUAUCC-CCAGUGCGCUUCCCAGCCAUUCGAUAUGACCCAGGGCCCUGCAACUGGAGCUCGCGUAUCUGAUGGUUCCGGAAGGCACUGC-GUAUUCU--A-UGUAUAGU ......-.((((((.(((((.(((((((.((((((.....((((((.......)).)))).)))))).)))))))..))))))))))).-.......--.-........ ( -39.00) >DroSim_CAF1 112584 104 - 1 CUAUCC-CCAGUGCGCUUCCCAGCCAUUCGAUAUGACCCAGGGCCCUGCAACUGGAGCUCGCGUAUCUGAUGGUUCCGGAAGGCACUGC-GUAUUCU--A-UGUAUAGU ......-.((((((.(((((.(((((((.((((((.....((((((.......)).)))).)))))).)))))))..))))))))))).-.......--.-........ ( -39.00) >DroEre_CAF1 138560 104 - 1 CUAUCC-CCAGUGUGCUUCCCAACUAUUCGAUAUGGCUCAGGGCCCUGCAACUGGAGCUCGCGUAUCUGAUGGUUCCGGAAGGCACUGU-GUAUUCU--A-UGUAUAGU ......-.((((((.(((((.(((((((.((((((.....((((((.......)).)))).)))))).)))))))..)))))))))))(-((((...--.-.))))).. ( -33.90) >DroYak_CAF1 136731 104 - 1 CUAUCC-CCAGUGUGUUUCCCAACUAUUCGAUAUGGCUCAGGGCCCAGCAACUGGAGCUCGCGUAUCCGAUGGUUCCGGAAGGCACUGU-GUAUUCU--A-UGUAUAGU ......-.((((((.((((..(((((((.((((((.....((((((((...)))).)))).)))))).)))))))..)))).))))))(-((((...--.-.))))).. ( -35.10) >DroAna_CAF1 129756 90 - 1 CUAUCCCCCAGGACGUUUCGAAGCCCUGGGAUGU-------------AC------AAUACAUACAUCUUAUGGCCGCGAAACGCACUGUUCUAUACUGUACUGUAAACU ........(((..(((((((..(((.((((((((-------------(.------......))))))))).)))..)))))))..))).....(((......))).... ( -29.60) >consensus CUAUCC_CCAGUGCGCUUCCCAGCCAUUCGAUAUGACCCAGGGCCCUGCAACUGGAGCUCGCGUAUCUGAUGGUUCCGGAAGGCACUGC_GUAUUCU__A_UGUAUAGU ........((((((.(((((..((((((.((((((.....((((((.......)).)))).)))))).))))))...)))))))))))..................... (-28.37 = -28.68 + 0.31)
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