Locus 6336

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	19,856,198 – 19,856,299
Length	101
Max. P	0.948024

overview

Window 7

Location	19,856,198 – 19,856,299
Length	101
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.73
Mean single sequence MFE	-43.20
Consensus MFE	-28.28
Energy contribution	-28.82
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	1.01
SVM RNA-class probability	0.900455
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19856198 101 + 20766785
CA---G---UACGGCGGACACGGGCACCACGCCCACGUGCCGCACGUGCCGCCGCCGCAUUCGACGCACUCGCACAUGUCCCACACGCAUGCGCAGCGCUAGG----------C---UUC
..---(---((((((((.(((((((.....))))..))))))).))))).(((..(((....((.....))((.(((((.......))))).)).)))...))----------)---... ( -41.60)
>DroVir_CAF1 130355 110 + 1
CA---GGCCUACGGCGGACAUGCGCACCAUGCGCAUGUGCCGCAUGUGCCGCCGCCGCACUCUACACAUUCACACAUGUCCCAUACGCAUGCCCAGCGCUAGGGCC--AU--GC---CCC
..---(((((..(((((((((((((.....)))))))).))(((((((..((....)).......((((......))))......))))))).....))).)))))--..--..---... ( -40.70)
>DroPse_CAF1 102038 110 + 1
CA---GGCCUACGGCGGACAUGCGCACCAUGCGCAUGUGGCCCACGUGCCGCCGCCGCAUUCGACGCACUCGCACAUGUCGCAUACGCAUGCGCAGCGCUAGGCAA--AU--CC---UUC
..---.(((((((((((((((((((.....))))))))(((......))).))))))........((.((.((.((((.((....)))))).)))).)))))))..--..--..---... ( -49.30)
>DroGri_CAF1 128972 117 + 1
CA---GGCCUACGGCGGGCAUGCGCAUCAUGCGCAUGUGCCGCACGUGCCACCGCCGCACUCCACACACUCGCACAUGUCGCACACGCAUGCGCAACGCUAGGAAAUUUCAAAUUUCCCC
..---(((...((((((((((((((.....))))))))...((....))..))))))..............((.((((.((....)))))).))...))).((((((.....)))))).. ( -42.80)
>DroMoj_CAF1 180743 115 + 1
CA---GGCCUACGGCGGACAUGCGCACCACGCGCACGUGCCACACGUGCCGCCGCCGCACUCCACGCACUCGCACAUGUCGCAUACGCAUGCGCAGCGCUAGGGAC--UCAGACCUCCCC
..---((....((((((.(..(((.....)))(((((((...))))))).)))))))....))..((.((.((.((((.((....)))))).)))).))..((((.--.......)))). ( -44.40)
>DroAna_CAF1 94720 105 + 1
CAGGCG---UACGGCGGGCAUGCCCACCAUGCGCACGUGCCCCAUGUGCCGCCGCCGCACUCGACGCACUCGCAUAUGUCGCACACACAUGCGCAGCGCUAGGA---------C---AUU
..((((---(.(((((((((((.....)))))(((((((...)))))))..)))))).)).....((...(((((.(((.....))).)))))..)))))....---------.---... ( -40.40)
>consensus
CA___GGCCUACGGCGGACAUGCGCACCAUGCGCACGUGCCGCACGUGCCGCCGCCGCACUCGACGCACUCGCACAUGUCGCACACGCAUGCGCAGCGCUAGGAA________C___CCC
.......((((((((((....((((.....))))(((((...)))))....))))))........((.((.((.(((((.......))))).)))).))))))................. (-28.28 = -28.82 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,856,198 – 19,856,299
Length	101
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.73
Mean single sequence MFE	-55.70
Consensus MFE	-39.95
Energy contribution	-39.98
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.38
SVM RNA-class probability	0.948024
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19856198 101 - 20766785
GAA---G----------CCUAGCGCUGCGCAUGCGUGUGGGACAUGUGCGAGUGCGUCGAAUGCGGCGGCGGCACGUGCGGCACGUGGGCGUGGUGCCCGUGUCCGCCGUA---C---UG
...---(----------((..(((((((((((((......).))))))).)))))((.....)))))(((((((((.(((.((((....)))).))).)))).)))))...---.---.. ( -51.70)
>DroVir_CAF1 130355 110 - 1
GGG---GC--AU--GGCCCUAGCGCUGGGCAUGCGUAUGGGACAUGUGUGAAUGUGUAGAGUGCGGCGGCGGCACAUGCGGCACAUGCGCAUGGUGCGCAUGUCCGCCGUAGGCC---UG
.((---((--((--(((....((((.......))))...(((((((((((.(((((((..((((.(((........))).)))).)))))))..))))))))))))))))..)))---). ( -54.10)
>DroPse_CAF1 102038 110 - 1
GAA---GG--AU--UUGCCUAGCGCUGCGCAUGCGUAUGCGACAUGUGCGAGUGCGUCGAAUGCGGCGGCGGCACGUGGGCCACAUGCGCAUGGUGCGCAUGUCCGCCGUAGGCC---UG
...---..--..--..(((..((((((((((((((....)).))))))).)))))......((((((((.(((......)))((((((((.....))))))))))))))))))).---.. ( -57.40)
>DroGri_CAF1 128972 117 - 1
GGGGAAAUUUGAAAUUUCCUAGCGUUGCGCAUGCGUGUGCGACAUGUGCGAGUGUGUGGAGUGCGGCGGUGGCACGUGCGGCACAUGCGCAUGAUGCGCAUGCCCGCCGUAGGCC---UG
.(((((((.....))))))).((((((((((((((....)).))))))))).)))..((..(((((((((.((....)).)).(((((((.....)))))))..)))))))..))---.. ( -54.80)
>DroMoj_CAF1 180743 115 - 1
GGGGAGGUCUGA--GUCCCUAGCGCUGCGCAUGCGUAUGCGACAUGUGCGAGUGCGUGGAGUGCGGCGGCGGCACGUGUGGCACGUGCGCGUGGUGCGCAUGUCCGCCGUAGGCC---UG
....((((((.(--.(((...((((((((((((((....)).))))))).)))))..))).)((((((((((((((((...)))))))(((.....))).)).))))))))))))---). ( -61.80)
>DroAna_CAF1 94720 105 - 1
AAU---G---------UCCUAGCGCUGCGCAUGUGUGUGCGACAUAUGCGAGUGCGUCGAGUGCGGCGGCGGCACAUGGGGCACGUGCGCAUGGUGGGCAUGCCCGCCGUA---CGCCUG
..(---(---------((((((.(((((((((((((.....)))))))).....(((((....)))))))))).).))))))).(.(((.((((((((....)))))))).---)))).. ( -54.40)
>consensus
GAG___G________UCCCUAGCGCUGCGCAUGCGUAUGCGACAUGUGCGAGUGCGUCGAGUGCGGCGGCGGCACGUGCGGCACAUGCGCAUGGUGCGCAUGUCCGCCGUAGGCC___UG
.....................((((((((((((((....)).))))))).)))))......(((((((((.((....)).)).(((((((.....)))))))..)))))))......... (-39.95 = -39.98 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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