Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,748,371 – 19,748,478 |
Length | 107 |
Max. P | 0.570910 |
Location | 19,748,371 – 19,748,478 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.29 |
Mean single sequence MFE | -35.67 |
Consensus MFE | -31.97 |
Energy contribution | -32.17 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.26 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.570910 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 19748371 107 + 20766785 CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61) >DroSec_CAF1 1144 107 + 1 CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61) >DroSim_CAF1 3642 107 + 1 CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61) >DroEre_CAF1 1246 107 + 1 CAGAAUUUCAGGGCUUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((.(((((((.(((((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))))))))..))))))).)))..... ( -35.91) >DroYak_CAF1 3790 107 + 1 CAAUAUUUCAGUGCUACAGUGUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((((((((((((((...(((..(((((((((...(((((.(((.....)))...))))))).))))).....))..)))......)))).)))))))))))..... ( -38.60) >consensus CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA (((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... (-31.97 = -32.17 + 0.20)
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