Locus 6268

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,677,169 – 19,677,289
Length 120
Max. P 0.731492
window10027

overview

Window 7

Location 19,677,169 – 19,677,289
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.06
Mean single sequence MFE -43.12
Consensus MFE -35.36
Energy contribution -36.12
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.731492
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19677169 120 + 20766785
AACUGGCACAAGCUCUUUGACCAGAGCCUCCAGGAGCUGUCUGUGAUCUACUACCGCGUGGACGCGGACAAGGGCUUUAACUUCAGCGUCUCGGACGACGCGUACGUGUGCCAGAAGAAG
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>DroVir_CAF1 12613 120 + 1
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>DroGri_CAF1 12956 120 + 1
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>DroWil_CAF1 9989 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 13805 120 + 1
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>DroAna_CAF1 10040 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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