| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 3,151,560 – 3,151,677 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.524152 |
| Location | 3,151,560 – 3,151,677 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.16 |
| Mean single sequence MFE | -38.77 |
| Consensus MFE | -26.61 |
| Energy contribution | -26.08 |
| Covariance contribution | -0.53 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.68 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | -0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.524152 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3151560 117 - 20766785 CCGAUUUCAUGAUCGGUGAGGCUGCAAUCACUCCGUGGUUCAAUGGAGCUUCCGGACGUGGUGCUCAGCGCUUCGGCAUUGAAAUUCUCGUCAAUGU---GGCGACCACUCAAGUCCGGC ((((((....)))))).((((((.(((((((...)))))....)).))))))((((((((((..((((.((....)).))))......((((.....---)))))))))....))))).. ( -42.60) >DroVir_CAF1 50854 117 - 1 ACCAGUUCAUGGUCCGUCAGGCUGCAAUCGCUGCGCGGCUCUAUUGAACUUCCGGACGUAGUGCUCAACGCUUCGGCAUUGUAAUUCUCAUCAAUGU---UGUGAGCACUCAAGUCCGGG ...(((((((((.((((...((.((....)).))))))..))).)))))).((((((..((((((((......((((((((..........))))))---))))))))))...)))))). ( -45.70) >DroGri_CAF1 50543 117 - 1 UGCAGUUCAUGAUCGGUGAAGCUGCAAUCGCUGCGUGGUUCUAUUGAACUGCCGGACGUAGUGCUCAACUCUUCGGCAUUGUAAUUCUCAUCAAUGU---UGUGAGCACUCUGGUCCGGU ((((((((((.....))).)))))))..........(((((....)))))(((((((..((((((((......((((((((..........))))))---))))))))))...))))))) ( -44.20) >DroWil_CAF1 44084 120 - 1 ACUAGCUCAUUAUCCGUUAGACUGCAAUCACUACGGGGUUCAAUAGAACUACCGGACGUGGUGCUCAACGCUUCGGCAUUGUAGUUUUCAUCAAUGUUAUUGUGACCACUCAAGUCCGGU .............((((..((......))...))))(((((....)))))((((((((((((((((((.((....)).))).)))...((.((((...)))))))))))....))))))) ( -33.00) >DroMoj_CAF1 59329 117 - 1 CCCAGUUCAUGAUCCGUUAGGCUGCAAUCGCUACGCGGCUCUAUGGAACUGUCAGACGUAGUGCUCAAAGCUUCCGCAUUGUAAUUCUCAUCAAUGU---UGCGAGCACUCAAAUCCGGC .((.(((..((((((((..((((((.........))))))..)))))....))))))(.(((((((...((....((((((..........))))))---.))))))))))......)). ( -32.90) >DroAna_CAF1 39863 117 - 1 ACAAUCUCAUGAUCGGUUAGGCUGCUAUCACUUCGUGGCUCUAUGGAACUACCGGACGUGGUGCUCAACGCUUCGGCAUUGAAAUUCUCGUCAAUGU---GGUGACCACUCAAGUCCGGC ............((.((..(((..(.........)..)))..)).))....((((((.(((((.((((.((....)).)))).......((((....---..))))))).)).)))))). ( -34.20) >consensus ACCAGUUCAUGAUCCGUUAGGCUGCAAUCACUACGUGGCUCUAUGGAACUACCGGACGUAGUGCUCAACGCUUCGGCAUUGUAAUUCUCAUCAAUGU___UGUGACCACUCAAGUCCGGC ............((.((..((((((.........))))))..)).))...(((((((..((((.((...((....((((((..........))))))....)))).))))...))))))) (-26.61 = -26.08 + -0.53)
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