Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,618,782 – 19,618,902 |
Length | 120 |
Max. P | 0.709502 |
Location | 19,618,782 – 19,618,902 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.94 |
Mean single sequence MFE | -47.40 |
Consensus MFE | -40.53 |
Energy contribution | -40.87 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.709502 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 19618782 120 + 20766785 GUAGAGCUUGCGCUGAAAGGCGGUCAUUUUGACCAGGAUGACAUACUCGUACUUCUGAGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGCGAUCGCCGCUGAACGAAUCCCAGCAGCAGGGAGUG .....((((.((((....((((((((((((....))))))))....((((((..(((..(((((....)))))....))).)))))).))))((((.........))))))).).)))). ( -46.80) >DroSec_CAF1 2015 120 + 1 GUAGAGCUUGCGCUGAAAGGCGGUCAUUUUGACCAGGAUGACGUACUCGUACUUCUGCGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGCGAUCGCCGCUGAACGAAACCCAGCAGCAGGGAGUG .....((((.((((....((((((((((((....))))))))....((((((...(((.(((((....))))).)))....)))))).))))((((.........))))))).).)))). ( -48.10) >DroSim_CAF1 2072 120 + 1 GUAGAGCUUGCGCUGAAAGGCGGUCAUUUUGACCAGGAUGACGUACUCGUACUUCUGCGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGGGAUCGCCGCUGAACGAAUCCCAGCAGCAGGGAGUG .....((((.((((....((((((((((((....))))))))...((((((((..(((.(((((....))))).))).))))))))..))))((((.........))))))).).)))). ( -47.30) >DroEre_CAF1 2247 120 + 1 GUAGAGCUUGCGCUGAAAGGCGGUCAUUUUGGCCAGGAUGACGUACUCGUACUUCUGAGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGCGAUCGCCGCUGAACGAAUCCCAACAGCAGGGAGUG ......((((((((....)))((((.....)))).((((..(((.((((......))))(((((....)))))....(((((.((....))))))).))).)))).....)))))..... ( -43.80) >DroYak_CAF1 2079 120 + 1 GUAGAGCUUGCGUUGGAAGGCGGUCAUUUUGACCAGGAUGACGUACUCGUACUUCUGAGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGCGAUCGCCGCUGAACGAAGCCCAGCAGCAGGGAGUG ......((((((((((..((((((((((((....))))))))....((((((..(((..(((((....)))))....))).)))))).))))(((......)))))))).)))))..... ( -50.90) >DroAna_CAF1 2077 120 + 1 GUACAGCUUUCGCUGGAAGGCCGUCAUGCGAACCAAAAUGACGUACUCGUACUUUUGGGGCAGAGUGCUCUGCAGAACGGUGUGCGAACGUCGCUGCACAAAUCCCAGGAGCAGCGAGUG .....((((((....))))))((((((..........))))))(((((((.(((((((((((((....)))))......(((((((.....))).))))....))))))))..))))))) ( -47.50) >consensus GUAGAGCUUGCGCUGAAAGGCGGUCAUUUUGACCAGGAUGACGUACUCGUACUUCUGAGGCAGCGUCAGCUGCAGCACAGUGUGCGAUCGCCGCUGAACGAAUCCCAGCAGCAGGGAGUG .....((((.((((....((((((((((((....))))))))....((((((..(((..(((((....)))))....))).)))))).))))((((.........))))))).).)))). (-40.53 = -40.87 + 0.34)
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