Locus 6233

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,584,748 – 19,584,868
Length 120
Max. P 0.527176
window9986 window9987

overview

Window 6

Location 19,584,748 – 19,584,868
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.11
Mean single sequence MFE -52.12
Consensus MFE -31.20
Energy contribution -31.35
Covariance contribution 0.15
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.527176
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19584748 120 + 20766785
GGAGCGGUCUUUGCGGCCGAGCUGCAGCUGUCCAAGGGGAAGAUGUACCACAGGAAGUGCUUCAACUGCGCCAGGUGCACCCGACCCCUGGACUCGGUGCUCGCCUGUGACGGACCGGAU
....(((((((..(((.(((((.((....(((((.((((..(.((((((...((.(((......)))...)).))))))..)..)))))))))...))))))).)))..).))))))... ( -53.90)
>DroPse_CAF1 90 120 + 1
GGAGCCGUUUUCGCCGCCGAGCUGCAGCUGUCCAAGGGGAAGAUGUGGCACAGGCAGUGCUUCAGCUGUGCCAGGUGCCACCGACCCCUGGACUCGGUCCUGGCCUGCGACGGUCCAGAU
(((.(((((...((((((((((....)).(((((.((((..(..(((((((.((((..((....))..))))..))))))))..))))))))))))))...)))....)))))))).... ( -59.20)
>DroWil_CAF1 96 120 + 1
GGGGCAGUAUUCGCUGCCGAAUUGCAAUUGUCCAAAGGAAAGAUGUGGCAUCAGAAGUGCUUCAAUUGUGCAAAAUGUCAUCGUCCUUUGGACUCUGUACUGGCUUGUGAUGGACCAGAU
..((((((....))))))....((((...((((((((((.....(((((((.....(..(.......)..)...)))))))..))))))))))..))))((((((......)).)))).. ( -42.80)
>DroYak_CAF1 94 120 + 1
GGCGCGGUCUUUGCGGCCGAGCUGCAGUUGUCCAAGGGGAAGAUGUACCACCGGAAGUGCUUCAAAUGCGAGAGGUGCACCCGACCCUUGGACUCGGUGCUCGCCUGCGACGGACCGGAU
....((((((((((((.(((((.((....(((((((((...(.((((((..(....)(((.......)))...)))))).)...)))))))))...))))))).)))))).))))))... ( -57.30)
>DroAna_CAF1 146 120 + 1
GGUGCAGUCUUUGCUGCCGAACUGCAGCUCUCCAAGGGAAAAAUGUGGCACAGGAAGUGCUUCAAUUGCGCCAGGUGCCACCGACCUCUGGACUCUGUCCUGGCCUGCGACGGUCCGGAU
(.((((((..(((....))))))))).)..((((..((......(((((((..(..((((.......)))))..)))))))...))..))))....((((.((((......)))).)))) ( -42.50)
>DroPer_CAF1 90 120 + 1
GGAGCCGUAUUCGCCGCAGAGCUGCAGCUGUCCAAGGGGAAGAUGUGGCAUAGGCAAUGCUUCAGCUGUGCCAGGUGCCACCGACCCCUGGACUCGGUCCUGGCCUGCGACGGUCCAGAU
(((.((((......(((((.((((..((((((((.((((..(..(((((((.((((..((....))..))))..))))))))..)))))))))..)))..)))))))))))))))).... ( -57.00)
>consensus
GGAGCAGUCUUCGCCGCCGAGCUGCAGCUGUCCAAGGGGAAGAUGUGGCACAGGAAGUGCUUCAACUGCGCCAGGUGCCACCGACCCCUGGACUCGGUCCUGGCCUGCGACGGACCAGAU
...(((((..(((....))))))))....(((((.((((.....(((((((.....((((.......))))...)))))))...)))))))))......((((((......)).)))).. (-31.20 = -31.35 +   0.15)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 19,584,748 – 19,584,868
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.11
Mean single sequence MFE -48.35
Consensus MFE -28.47
Energy contribution -29.58
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.59
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19584748 120 - 20766785
AUCCGGUCCGUCACAGGCGAGCACCGAGUCCAGGGGUCGGGUGCACCUGGCGCAGUUGAAGCACUUCCUGUGGUACAUCUUCCCCUUGGACAGCUGCAGCUCGGCCGCAAAGACCGCUCC
...((((((((.....))).((.(((((((((((((..(((((.(((....((((..(((....)))))))))).)))))..))))))))).((....))))))..))...))))).... ( -48.70)
>DroPse_CAF1 90 120 - 1
AUCUGGACCGUCGCAGGCCAGGACCGAGUCCAGGGGUCGGUGGCACCUGGCACAGCUGAAGCACUGCCUGUGCCACAUCUUCCCCUUGGACAGCUGCAGCUCGGCGGCGAAAACGGCUCC
.(((((.((......))))))).(((.(((((((((...(((((((..((((..((....))..)))).))))))).....)))).))))).(((((......))))).....))).... ( -59.70)
>DroWil_CAF1 96 120 - 1
AUCUGGUCCAUCACAAGCCAGUACAGAGUCCAAAGGACGAUGACAUUUUGCACAAUUGAAGCACUUCUGAUGCCACAUCUUUCCUUUGGACAAUUGCAAUUCGGCAGCGAAUACUGCCCC
..(((((.........)))))......((((((((((.((((.((((.(((.........))).....))))...))))..))))))))))...........(((((......))))).. ( -34.00)
>DroYak_CAF1 94 120 - 1
AUCCGGUCCGUCGCAGGCGAGCACCGAGUCCAAGGGUCGGGUGCACCUCUCGCAUUUGAAGCACUUCCGGUGGUACAUCUUCCCCUUGGACAACUGCAGCUCGGCCGCAAAGACCGCGCC
...(((((..(.((.(.(((((..((.(((((((((..(((((.(((.(.((.....(((....)))))).))).)))))..)))))))))...))..))))).).)))..))))).... ( -47.60)
>DroAna_CAF1 146 120 - 1
AUCCGGACCGUCGCAGGCCAGGACAGAGUCCAGAGGUCGGUGGCACCUGGCGCAAUUGAAGCACUUCCUGUGCCACAUUUUUCCCUUGGAGAGCUGCAGUUCGGCAGCAAAGACUGCACC
...(((((.((.((.((((.((((...))))...)))).(((((((..((.((.......)).))....)))))))...(((((...))))))).)).)))))((((......))))... ( -41.90)
>DroPer_CAF1 90 120 - 1
AUCUGGACCGUCGCAGGCCAGGACCGAGUCCAGGGGUCGGUGGCACCUGGCACAGCUGAAGCAUUGCCUAUGCCACAUCUUCCCCUUGGACAGCUGCAGCUCUGCGGCGAAUACGGCUCC
.(((((.((......))))))).(((.(((((((((...((((((...((((..((....))..))))..)))))).....)))).))))).((((((....)))))).....))).... ( -58.20)
>consensus
AUCCGGACCGUCGCAGGCCAGGACCGAGUCCAGGGGUCGGUGGCACCUGGCACAGUUGAAGCACUUCCUGUGCCACAUCUUCCCCUUGGACAGCUGCAGCUCGGCAGCAAAGACCGCUCC
................(((........(((((((((..((.....))((((((((..(((....))))))))))).......))))))))).(((((......)))))......)))... (-28.47 = -29.58 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:06:19 2006