Locus 6232

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,582,515 – 19,582,635
Length 120
Max. P 0.984611
window9984 window9985

overview

Window 4

Location 19,582,515 – 19,582,635
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -27.50
Consensus MFE -27.50
Energy contribution -27.50
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 1.98
SVM RNA-class probability 0.984611
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19582515 120 + 20766785
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>DroPse_CAF1 3485 120 + 1
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>DroSec_CAF1 5666 120 + 1
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>DroSim_CAF1 4861 120 + 1
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>DroYak_CAF1 5205 120 + 1
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>DroPer_CAF1 6557 120 + 1
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. ( -27.50)
>consensus
UAUAUUCAGAAAGUGCUGUUUUUAUUACGCAAACUGUAUUUUCUUAGUUGUGCCGUGUGCAUCCACAAAUAUAGACUACCUGUGUACAGAAUCUUUCCAGUCUAGUCCGCGGCAUUUCCG
.......(((((((((.((((.........)))).)))))))))..(..((((((((..(........((((((.....))))))..(((..........))).)..))))))))..).. (-27.50 = -27.50 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 19,582,515 – 19,582,635
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -27.80
Consensus MFE -27.80
Energy contribution -27.80
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 1.80
SVM RNA-class probability 0.977974
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19582515 120 - 20766785
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>DroPse_CAF1 3485 120 - 1
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>DroSec_CAF1 5666 120 - 1
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>DroSim_CAF1 4861 120 - 1
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>DroYak_CAF1 5205 120 - 1
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>DroPer_CAF1 6557 120 - 1
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... ( -27.80)
>consensus
CGGAAAUGCCGCGGACUAGACUGGAAAGAUUCUGUACACAGGUAGUCUAUAUUUGUGGAUGCACACGGCACAACUAAGAAAAUACAGUUUGCGUAAUAAAAACAGCACUUUCUGAAUAUA
(((((((((((((((((...((....)).((((...((((((((.....))))))))..(((.....)))......)))).....))))))))...........))).))))))...... (-27.80 = -27.80 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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