Locus 6225

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,565,800 – 19,565,953
Length 153
Max. P 0.999789
window9973 window9974 window9975

overview

Window 3

Location 19,565,800 – 19,565,914
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.86
Mean single sequence MFE -26.04
Consensus MFE -19.06
Energy contribution -19.14
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.601859
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19565800 114 + 20766785
UAUGCAAUUUGGCAUAUGACAUUUCGGAUACAUACAUUUGCCGACACAUAUAUA------CAUACGUAUGUAUGCAUUUUUUCGGCUUGCACACACACGUAUUUACAUACAUAUGUGCGA
..(((((.((((((.(((................))).))))))..((((((((------(....)))))))))............)))))..(.(((((((........))))))).). ( -26.19)
>DroSec_CAF1 5213 113 + 1
UGUGCAAUUUGGCAUACGACAUUUCGGAUACAAACAUUCGCCGACACAUAUAGA------CAUACGUAUGUAUGCAUUU-UUCUGCUUGCACACACACGCAUUUACGUACAUAUGUGCGA
(((((((.(((((...(((....)))((.........))))))).((((((...------.....))))))..(((...-...))))))))))............(((((....))))). ( -25.80)
>DroSim_CAF1 5196 113 + 1
UGUGCA-UUUGGCAUACGACAUUUCGGAUACAAACAUUCGCCGACACAUAUAGA------CAUACGUAUGUAUGCAUUUUUUCGGCUUGCACACACACGCAUUUACGUACAUAUGUGCGA
((((((-((((.....(((....)))....)))).....(((((..((((((.(------(....)).)))))).......))))).))))))............(((((....))))). ( -27.10)
>DroEre_CAF1 5245 114 + 1
UGUGCAAUUUGGCAUACGACAUUUUGGAUACAUACAUUCGCCGACACGUAUAUA------CAUACAUAUGUAUGCAUUUUUUCGGUUUGCACACGCUCGUAUUUACAUACAUAUGUGCGA
(((((((..................((((......))))(((((...((.((((------(((....))))))).))....))))))))))))(((.(((((........))))).))). ( -26.20)
>DroYak_CAF1 5382 120 + 1
UGUGCAAUUUGGCAUACGACAUUUCGGAUACAUACAUUCGCCGAUACGUAUAUACAUAUACAUACAUAUGAAUGCAUUUUUUCGGCUUGCACACACUCGCACUUACAUACAUAUUUGCGA
(((((((.........(((....))).............(((((...((.(((.(((((......))))).))).))....))))))))))))...(((((..((......))..))))) ( -24.90)
>consensus
UGUGCAAUUUGGCAUACGACAUUUCGGAUACAUACAUUCGCCGACACAUAUAUA______CAUACGUAUGUAUGCAUUUUUUCGGCUUGCACACACACGCAUUUACAUACAUAUGUGCGA
(((((((.(((((...(((....)))((.........)))))))................(((((....)))))............)))))))....(((((.((......)).))))). (-19.06 = -19.14 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 19,565,800 – 19,565,914
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.86
Mean single sequence MFE -36.70
Consensus MFE -31.00
Energy contribution -32.24
Covariance contribution 1.24
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -3.95
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 4.08
SVM RNA-class probability 0.999789
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19565800 114 - 20766785
UCGCACAUAUGUAUGUAAAUACGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG------UAUAUAUGUGUCGGCAAAUGUAUGUAUCCGAAAUGUCAUAUGCCAAAUUGCAUA
..(((((((((((((...(((((((((((((((...........))))))))))))))).------))))))))))).((((.((((((.........))).))).)))).....))... ( -40.70)
>DroSec_CAF1 5213 113 - 1
UCGCACAUAUGUACGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCAGAA-AAAUGCAUACAUACGUAUG------UCUAUAUGUGUCGGCGAAUGUUUGUAUCCGAAAUGUCGUAUGCCAAAUUGCACA
.((.(((((((((.(...(((((((((((((((.......-...))))))))))))))).------.))))))))))))((((...((.((((.(((....))).)))).)).))))... ( -38.30)
>DroSim_CAF1 5196 113 - 1
UCGCACAUAUGUACGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG------UCUAUAUGUGUCGGCGAAUGUUUGUAUCCGAAAUGUCGUAUGCCAAA-UGCACA
(((((((((((((.(...(((((((((((((((...........))))))))))))))).------.))))))))))..))))..((((((((.(((....))).))).))))-)..... ( -38.30)
>DroEre_CAF1 5245 114 - 1
UCGCACAUAUGUAUGUAAAUACGAGCGUGUGCAAACCGAAAAAAUGCAUACAUAUGUAUG------UAUAUACGUGUCGGCGAAUGUAUGUAUCCAAAAUGUCGUAUGCCAAAUUGCACA
..(((.(((((((((((.(((((...(((((((...........)))))))...))))).------))))))))))).((((.((((((.........))).))).))))....)))... ( -31.00)
>DroYak_CAF1 5382 120 - 1
UCGCAAAUAUGUAUGUAAGUGCGAGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUUCAUAUGUAUGUAUAUGUAUAUACGUAUCGGCGAAUGUAUGUAUCCGAAAUGUCGUAUGCCAAAUUGCACA
(((((..(((....)))..)))))...(((((((.........(((((((((((((((((((....)))))))))))....))))))))((((.(((....))).))))....))))))) ( -35.20)
>consensus
UCGCACAUAUGUAUGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG______UAUAUAUGUGUCGGCGAAUGUAUGUAUCCGAAAUGUCGUAUGCCAAAUUGCACA
..(((((((((((((...(((((((((((((((...........))))))))))))))).......))))))))))).((((.((((((.........))).))).)))).....))... (-31.00 = -32.24 +   1.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 19,565,840 – 19,565,953
Length 113
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.72
Mean single sequence MFE -35.60
Consensus MFE -27.86
Energy contribution -29.06
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.95
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 2.41
SVM RNA-class probability 0.993558
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19565840 113 - 20766785
ACCUCGGCGUUCUAUGGGUACAUACAGACACAGACG-GAUUCGCACAUAUGUAUGUAAAUACGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG------UAUAUAUGUGUCGG
.((.........((((....))))..((((((..((-(.(((((((((((((((....))))))))))))).)).))).....((((((((....)))))------)))...)))))))) ( -40.30)
>DroSec_CAF1 5253 113 - 1
ACAUCGGCGUUCUAUGCAUACAUACAGACACAGGCGAGAUUCGCACAUAUGUACGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCAGAA-AAAUGCAUACAUACGUAUG------UCUAUAUGUGUCGG
....((((((.....))..(((((.(((((((.(((.....))).....)))......(((((((((((((((.......-...))))))))))))))))------))).))))))))). ( -38.60)
>DroSim_CAF1 5235 114 - 1
ACCUCGACGUUCUAUGCAUACAUACAGACACAGACGGGAUUCGCACAUAUGUACGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG------UCUAUAUGUGUCGG
.((((...(((.((((....))))..)))...)).))....((.(((((((((.(...(((((((((((((((...........))))))))))))))).------.)))))))))))). ( -35.30)
>DroEre_CAF1 5285 113 - 1
ACCUCGGCGUUCUAUGGGUACAUACAGACACAGACC-AAUUCGCACAUAUGUAUGUAAAUACGAGCGUGUGCAAACCGAAAAAAUGCAUACAUAUGUAUG------UAUAUACGUGUCGG
.((.........((((....))))..(((((.....-.....((((((.(((((....)))))...))))))...........((((((((....)))))------)))....))))))) ( -29.20)
>DroYak_CAF1 5422 119 - 1
ACCUCGGCGUUCUAUGGGUACAUACAGACACAGACG-GAUUCGCAAAUAUGUAUGUAAGUGCGAGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUUCAUAUGUAUGUAUAUGUAUAUACGUAUCGG
.((((((((((.((((....))))..)))....(((-.(((((((..(((....)))..))))))).)))....)))))............(((((((((((....))))))))))).)) ( -34.60)
>consensus
ACCUCGGCGUUCUAUGGGUACAUACAGACACAGACG_GAUUCGCACAUAUGUAUGUAAAUGCGUGUGUGUGCAAGCCGAAAAAAUGCAUACAUACGUAUG______UAUAUAUGUGUCGG
....(((((((.((((....))))..)))...............(((((((((.....(((((((((((((((...........))))))))))))))).......))))))))))))). (-27.86 = -29.06 +   1.20)

alignment

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