Locus 6218

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	19,553,638 – 19,554,050
Length	412
Max. P	0.976677

overview

Window 0

Location	19,553,638 – 19,553,751
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.40
Mean single sequence MFE	-32.80
Consensus MFE	-18.72
Energy contribution	-20.76
Covariance contribution	2.04
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-3.73
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.91
SVM RNA-class probability	0.879446
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553638 113 - 20766785
UU-UUUUAUAUUUCGAUGGCUAUAAAUAUGUGCGUAUGUAUGUAUCUGCGGGGCAAUGCUUAAUGCUUAUUUUCUC-----GCAGACGCAAAAUGUGUGUACAUAUGUACGUCCAUAU-U
..-.....................((((((..(((((((((((((((((((((.(((((.....))..))).))))-----))))((((.....)))))))))))))))))..)))))-) ( -37.20)
>DroSec_CAF1 781 114 - 1
UUUUUUUAUAUUUCGAUGGCUAUAAAUAUGUGCAUAUGUAUGUAUCUGCGGGGCAAUGCUUAAUACUUAUUUUCUC-----GCAGACGCAAAAUGUGUGUACAUAUGUACGUCCAUAU-U
...............((((......((((((((((((((.((..(((((((((.((((.........)))).))))-----)))))..))..))))))))))))))......))))..-. ( -35.20)
>DroAna_CAF1 812 105 - 1
UU-UU---UAUUCCGAUGGCUAUAAAUAUGUACAUAUGUAUGUAUCUGCGGGGAAAUGCUU-------AUGUUCUCCUAUGCCAGACGCAAACUGUGUGU----AUGUAAAAAUAUAAAA
..-..---..................(((((((((((((.((..((((((((((...((..-------..))..)))).)).))))..)).)).))))))----)))))........... ( -23.30)
>DroSim_CAF1 642 113 - 1
UU-UUUUAUAUUUCGAUGGCUAUAAAUAUGUGCGUAUGUAUGUAUCUGCGGGGCAAUGCUUAAUGCUUAUUUUCUC-----GCAGACGCAAAAUGUGUGUACAUAUGUACGUCCAUAU-U
..-.....................((((((..(((((((((((((((((((((.(((((.....))..))).))))-----))))((((.....)))))))))))))))))..)))))-) ( -37.20)
>DroYak_CAF1 663 109 - 1
UU-UUUUAUAAUUCGAUGGCUAUAAAUAUGUGCGUAUGUAUGUAUCUGCGGGGCAAUGCUUAAUGCUUAUUUUCUC-----GCAGACGCAAAAUGUGUGU----AUGUACGUCCAUAU-U
..-.....................((((((..(((((((((....((((((((.(((((.....))..))).))))-----))))((((.....))))))----)))))))..)))))-) ( -31.10)
>consensus
UU_UUUUAUAUUUCGAUGGCUAUAAAUAUGUGCGUAUGUAUGUAUCUGCGGGGCAAUGCUUAAUGCUUAUUUUCUC_____GCAGACGCAAAAUGUGUGUACAUAUGUACGUCCAUAU_U
...............((((......((((((((((((((.((..(((((((((.((((.........)))).)))).....)))))..))..))))))))))))))......)))).... (-18.72 = -20.76 +   2.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	19,553,712 – 19,553,826
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.47
Mean single sequence MFE	-24.58
Consensus MFE	-18.84
Energy contribution	-18.87
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.05
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.660596
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553712 114 + 20766785
UACAUACGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAAUAUAAAA-AAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAU
....(((((((...((((((..........)))))).-..((((((........)).))))...)))))))...........(((((((.(((----(.........-)))).))))))) ( -24.10)
>DroSec_CAF1 855 115 + 1
UACAUAUGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAAUAUAAAAAAAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAU
.....((((((((((..............(((((.......(.((....)))((((((......)))))).....))))).(((((....)))----))........-..)))))))))) ( -24.10)
>DroAna_CAF1 881 116 + 1
UACAUAUGUACAUAUUUAUAGCCAUCGGAAUA---AA-AAAGCGGUAUACCCACACACACUCAUGUGUGUAAAAAUAUAUGUAUACAUAUAUACCCCACAAAAUGCAUAUGUGUGCGCAU
((((((((((....(((((..((...)).)))---))-...(.((((.....(((((((....))))))).....((((((....)))))))))).)......))))))))))....... ( -25.70)
>DroSim_CAF1 716 114 + 1
UACAUACGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAAUAUAAAA-AAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAU
....(((((((...((((((..........)))))).-..((((((........)).))))...)))))))...........(((((((.(((----(.........-)))).))))))) ( -24.10)
>DroEre_CAF1 888 114 + 1
UACAUACGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAUUAUAAAA-AAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAACCCA-AUGUGUGUGCAU
....(((((((((.(((((((........))))))).-...(.(((......((((((......))))))...........(((((....)))----))...)))).-)))))))))... ( -24.90)
>DroYak_CAF1 733 114 + 1
UACAUACGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAUUAUAAAA-AAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAU
....(((((((...(((((((........))))))).-..((((((........)).))))...)))))))...........(((((((.(((----(.........-)))).))))))) ( -24.60)
>consensus
UACAUACGCACAUAUUUAUAGCCAUCGAAAUAUAAAA_AAAGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA____UGAAAAUCCA_AUGUGUGUGCAU
.......((((((((..........................(.((....)))((((((......))))))........................................)))))))).. (-18.84 = -18.87 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	19,553,751 – 19,553,857
Length	106
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.82
Mean single sequence MFE	-22.84
Consensus MFE	-18.83
Energy contribution	-19.22
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.897169
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553751 106 + 20766785
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC-------
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((----(.........-)))).)))))))..........................)))))------- ( -22.60)
>DroSec_CAF1 895 106 + 1
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC-------
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((----(.........-)))).)))))))..........................)))))------- ( -22.60)
>DroAna_CAF1 917 118 + 1
AGCGGUAUACCCACACACACUCAUGUGUGUAAAAAUAUAUGUAUACAUAUAUACCCCACAAAAUGCAUAUGUGUGCGCAUUUCUCUUUCCAACUUUUUAUUUUUUAAUCGCACCAGCG
.((((((.....(((((((....))))))).....((((((....))))))))))..............((.(((((.(((........................)))))))))))). ( -24.06)
>DroSim_CAF1 755 106 + 1
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC-------
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((----(.........-)))).)))))))..........................)))))------- ( -22.60)
>DroEre_CAF1 927 106 + 1
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAACCCA-AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC-------
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((----(.........-)))).)))))))..........................)))))------- ( -22.60)
>DroYak_CAF1 772 106 + 1
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA----UGAAAAUCCA-AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC-------
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((----(.........-)))).)))))))..........................)))))------- ( -22.60)
>consensus
AGCGGUAUACCCACACACGCUCAAGUGUGUAAAAAUAUAUAUAUGUAUAGACA____UGAAAAUCCA_AUGUGUGUGCAUUUCUCUUUCCAACAUUUCAAUUUUUAAUCGC_______
.(((((......((((((......))))))............(((((((.(((....((......))..))).)))))))..........................)))))....... (-18.83 = -19.22 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	19,553,857 – 19,553,950
Length	93
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.25
Mean single sequence MFE	-33.41
Consensus MFE	-19.43
Energy contribution	-21.49
Covariance contribution	2.06
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.663014
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553857 93 + 20766785
-UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUGGA---GCAUUCUUUC----GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG
-..(((.((((((((((((((((....---((((((.(((----((((.......)))))))............)))))))))))))))))).)))).))) ( -39.12)
>DroSec_CAF1 1001 93 + 1
-UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUGGA---GCAUUCUUUC----GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG
-..(((.((((((((((((((((....---((((((.(((----((((.......)))))))............)))))))))))))))))).)))).))) ( -39.12)
>DroAna_CAF1 1035 93 + 1
AUCCAUUUUUCCAGAUGUUACAAUAAAUUCGCACUCUUGCGUCGGCGAUUGGUUUU--------AACCAUUAAUGAGUGUGAGUGAUUCGCGAAAAGUAUG
....(((((((..((.(((((.......((((((((((((....)))).((((...--------.)))).....)))))))))))))))..)))))))... ( -22.71)
>DroSim_CAF1 861 93 + 1
-UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUGGA---GCAUUCUUUC----GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG
-..(((.((((((((((((((((....---((((((.(((----((((.......)))))))............)))))))))))))))))).)))).))) ( -39.12)
>DroEre_CAF1 1033 93 + 1
-UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUUGA---GCAUUCUUUC----GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGCGGCGACGGAGAUGUAUG
-..(((.(((((.(((((((((((((.---(((....(((----((((.......)))))))..))))))....)))))...)))))...)))))...))) ( -30.80)
>DroYak_CAF1 878 93 + 1
-UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUUGA---GCAUUCUUUC----GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAUUUAUGAGUGUGAGUGUCGGCGGAGAUGUAUG
-..(((.(((((.((((.(((((....---((((((.(((----((((.......)))))))............))))))))))).)))))))))...))) ( -29.62)
>consensus
_UCCAUUUUUCCAGCUGCCACUUUGGA___GCAUUCUUUC____GCGAUUGCCUUUCGCGAAUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG
....(((((((..((((((((((.......((((((........((((((((.....))))..)))).......)))))))))))))))).)))))))... (-19.43 = -21.49 +   2.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	19,553,910 – 19,554,029
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.40
Mean single sequence MFE	-34.67
Consensus MFE	-28.96
Energy contribution	-30.30
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.01
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.78
SVM RNA-class probability	0.976677
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553910 119 + 20766785
AUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG-AAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACAUUCAUGACC
........((((((((((((.((((((((.((...((...-..))((((........))))....)).)))))((((((........))))))..........))).)))))))))))). ( -36.60)
>DroSec_CAF1 1054 119 + 1
AUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG-AAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACAUUCAUGACC
........((((((((((((.((((((((.((...((...-..))((((........))))....)).)))))((((((........))))))..........))).)))))))))))). ( -36.60)
>DroAna_CAF1 1091 117 + 1
---AACCAUUAAUGAGUGUGAGUGAUUCGCGAAAAGUAUGGAAACACUUCAGUAAAUGAGUAAUAUCCGUUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUUUAUAUGUAUACGCACACAUCCAUGGCU
---..((((..(((.(((((.(((....((((...(((((....)(((.((.....))))).))))...)))).(((((........))))).......))).))))).)))..)))).. ( -24.60)
>DroSim_CAF1 914 119 + 1
AUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG-GAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACAUUCAUGACC
........((((((((((((.((((((((.((...((...-..))((((........))))....)).)))))((((((........))))))..........))).)))))))))))). ( -36.60)
>DroEre_CAF1 1086 119 + 1
AUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGCGGCGACGGAGAUGUAUG-AAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACACUCAUGACC
........(((((((((((((((((((..((((.(((...-..))))))).......((......)))))))))(((((........)))))...............)))))))))))). ( -41.70)
>DroYak_CAF1 931 119 + 1
AUUUGCCAUUUAUGAGUGUGAGUGUCGGCGGAGAUGUAUG-AAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACAAUCAUGACC
.........((((((.((((.(((((((((((...((...-..))((((........))))....))))))).((((((........)))))).........)))).)))).)))))).. ( -31.90)
>consensus
AUUUGCCAGUUAUGAGUGUGAGUGGCGGCUGAGAAGUAUG_AAACACUCCAAUAAAUGAGUAAUAUCCGCUGCUACCAAUGACUAAUUUGGUAUAUAUGUAUACGCACACAUUCAUGACC
........((((((((((((.((((((((.((...((......))((((........))))....)).)))))((((((........))))))..........))).)))))))))))). (-28.96 = -30.30 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	19,553,950 – 19,554,050
Length	100
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.82
Mean single sequence MFE	-22.19
Consensus MFE	-21.70
Energy contribution	-21.67
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-0.70
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.555043
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19553950 100 - 20766785
GCCAUAUUCGGGCAUAUA----CAUGGUCAUGAAUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUU-
...(((((((.((.((((----(((........)))))))............((((((........))))))))..)))))))(((((........)))))...- ( -22.30)
>DroSec_CAF1 1094 104 - 1
GCCAUAUUCGGGCAUAUAAAUAAAUGGUCAUGAAUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUU-
(((((((((((((.(((......)))))).)))))))).))((((.......((((((........)))))).......))))(((((........)))))...- ( -22.64)
>DroAna_CAF1 1128 101 - 1
GCCAUAUUCGGGCAUAUA----CAUAGCCAUGGAUGUGUGCGUAUACAUAUAAACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAACGGAUAUUACUCAUUUACUGAAGUGUUUC
(((((((((((((.....----....))).)))))))).))............(((((........)))))......(((((((..(((.....)))))))))). ( -19.70)
>DroSim_CAF1 954 100 - 1
GCCAUAUUCGGGCAUAUA----CAUGGUCAUGAAUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUC-
...(((((((.((.((((----(((........)))))))............((((((........))))))))..)))))))(((((........)))))...- ( -22.30)
>DroEre_CAF1 1126 100 - 1
GCCAUAUUCGGGCAUAUA----CAUGGUCAUGAGUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUU-
...(((((((.(((((((----(..........))))))))...........((((((........))))))....)))))))(((((........)))))...- ( -23.60)
>DroYak_CAF1 971 100 - 1
GCCAUAUUCGGGCAUAUA----CAUGGUCAUGAUUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUU-
...(((((((.(((..((----((..((....))..))))..).........((((((........))))))))..)))))))(((((........)))))...- ( -22.60)
>consensus
GCCAUAUUCGGGCAUAUA____CAUGGUCAUGAAUGUGUGCGUAUACAUAUAUACCAAAUUAGUCAUUGGUAGCAGCGGAUAUUACUCAUUUAUUGGAGUGUUU_
(((((((((((((.(((......)))))).)))))))).))((((.......((((((........)))))).......))))(((((........))))).... (-21.70 = -21.67 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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