Locus 6181

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,462,295 – 19,462,415
Length 120
Max. P 0.744745
window9897

overview

Window 7

Location 19,462,295 – 19,462,415
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.50
Mean single sequence MFE -47.55
Consensus MFE -36.77
Energy contribution -37.42
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.744745
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19462295 120 - 20766785
AUUCCACGUCCAGGGAUAGCUGGAGUGCAUCGUGCAGCGGCUUUGUGGCGCUCUGCAGAGUGCGCAAGGCGGGUGCGAAGGAGACGUACCGCUGGGCGUGGCUAAGAUUGUCCUGGAGCA
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>DroSec_CAF1 541 120 - 1
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>DroSim_CAF1 533 120 - 1
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>DroEre_CAF1 452 120 - 1
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>DroAna_CAF1 1352 120 - 1
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>DroPer_CAF1 705 120 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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