Locus 6165

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,390,493 – 19,390,610
Length 117
Max. P 0.520335
window9878

overview

Window 8

Location 19,390,493 – 19,390,610
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.02
Mean single sequence MFE -40.50
Consensus MFE -28.16
Energy contribution -29.12
Covariance contribution 0.96
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.520335
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19390493 117 - 20766785
CCCAUUAUCGGGUGGAAAAAGUGGAUUGGAUCGGCAUUAGGGCGUGUAAUCAGUUGAUGGUGGCGAUUCGGUGCGCUCAAUAUAGCAAUUGUUGUGGAGUGCCCACCGCAGGGAUUG
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>DroSec_CAF1 4021 114 - 1
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>DroSim_CAF1 4295 115 - 1
CCCAUUAUCGGGUGGA--AAGUGGAUUGGAUCGGCAUUAGGGCGUGUAAUCACUUGAUGGUGGCGAUUCGGUGCGCUCAAUAUAGCAAUUGUUGUGGAGUGCCCACCGCAGGGAUUG
(((....((.....))--..((((...((((((.(((((....(((....)))....))))).))))))((.((((((..((((((....)))))))))))))).)))).))).... ( -41.90)
>DroEre_CAF1 4300 114 - 1
CCAAUUAUCGGGCGGG---AGAGGAUUGGAUCGGCAUUAAAGCGAGUAAUCAGUUGAUGGUGGCGAUUCGGUACGCUCAAUAAAGCAAUUGUUGUGCAAUGCCCACCGCAGGGAUUG
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>DroYak_CAF1 4340 115 - 1
CCAAUUACCGGGUGGA--AAGUGGAUUGGAUCGGCAUUAAAGCGAGUAAUCAGUUGAUGGUGGCGAUUCGGUUCGCUCAAUAUAGCAAUUGUUGUGUCAUGCCAACCGCAAAGAUUG
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>consensus
CCCAUUAUCGGGUGGA__AAGUGGAUUGGAUCGGCAUUAGGGCGUGUAAUCAGUUGAUGGUGGCGAUUCGGUGCGCUCAAUAUAGCAAUUGUUGUGGAGUGCCCACCGCAGGGAUUG
..........(((((....((((.(((((((((.(((((.(((.........)))..))))).))))))))).))))...((((((....))))))......))))).......... (-28.16 = -29.12 +   0.96)

alignment

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