Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,387,034 – 19,387,151 |
Length | 117 |
Max. P | 0.920829 |
Location | 19,387,034 – 19,387,151 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.69 |
Mean single sequence MFE | -46.48 |
Consensus MFE | -35.90 |
Energy contribution | -36.12 |
Covariance contribution | 0.22 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.13 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 1.14 |
SVM RNA-class probability | 0.920829 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 19387034 117 - 20766785 AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACCACGUA---GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCAAUGGGGCCUA ......((((((((...((..(((((((.(((..(((((....)))))....((((((((((((.(((.....))))).)).)---)))))))))).)))))))..))...)))))))). ( -52.00) >DroSec_CAF1 556 117 - 1 AUCUCAAGGCCACGCACUCUGGUUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACUACGUA---GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCGUUGGGGCCUA .((((((.((((((...((((((.(((....)))(((((....))))))))(((((((((((...(((.....)))...)).)---))))))))...)))...)))))).)))))).... ( -46.20) >DroSim_CAF1 849 117 - 1 AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGUUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACUACGUA---GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCGUUGGGGCCUA ......(((((((((.((..(((.((((.(((..(((((....)))))....((((((((((...(((.....)))...)).)---)))))))))).)))))))..)).).)))))))). ( -48.10) >DroEre_CAF1 864 101 - 1 AUCUCAAGGCCCCG-----UGGGUGUCCUUGGACGAGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGCA-----------CCAUGUA---GUACACACUAUGGAUGCUAUGGCGAUGGGGUCUA ......((((((((-----(...((((....))))..(((..((((.((..(((((((((((...-----------...)).)---))))))))..)).).)))..))).))))))))). ( -41.00) >DroYak_CAF1 843 106 - 1 AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGAGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGA--------------UGUGCCCCUGCACACCAUGGAUGCUUUGGCGAUGGGGUCUA ......((((((((((..(((((.(.((((....)))))))))).))).(((...(((((((((.--------------(((((....))))))).)))))))..)))....))))))). ( -45.10) >consensus AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACCACGUA___GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCGAUGGGGCCUA ......((((((((.......(((((((.(((..(((((....)))))....(((((((.((...(((.....)))...)).....)))))))))).))))))).......)))))))). (-35.90 = -36.12 + 0.22)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:04:26 2006