Locus 6161

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,382,828 – 19,382,948
Length 120
Max. P 0.568427
window9874

overview

Window 4

Location 19,382,828 – 19,382,948
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.61
Mean single sequence MFE -36.15
Consensus MFE -24.20
Energy contribution -23.32
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.47
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.568427
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19382828 120 + 20766785
GUUCCUGCUGGACUUCCUGUACUCGGGGCAGACGUGCAUUACCUCACGGGAUGUGAACUAUCUGCACGACCUGCUGCUGCUGCUGCAGAUCAAGUCGGACAGCUGGAAGACCACCGACUC
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>DroVir_CAF1 301 120 + 1
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>DroGri_CAF1 305 120 + 1
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>DroWil_CAF1 16711 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 299 120 + 1
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>DroAna_CAF1 298 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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