Locus 6099

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,199,573 – 19,199,690
Length 117
Max. P 0.721185
window9770

overview

Window 0

Location 19,199,573 – 19,199,690
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.13
Mean single sequence MFE -46.63
Consensus MFE -25.11
Energy contribution -26.70
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.721185
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19199573 117 + 20766785
GUCGGCAUCUGCCGACAUAUGCUCACAGCUUGGGCCAGCUGCUCGUUUGGGUUCAAGGAAUCGUUUAGCAAGGAAUCCACGUUGAAGUUGGCAUAGUAGGUGC---UGCUAUCCAGCUCC
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>DroVir_CAF1 9717 120 + 1
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>DroGri_CAF1 7422 117 + 1
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>DroMoj_CAF1 7849 117 + 1
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>DroAna_CAF1 7636 117 + 1
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>DroPer_CAF1 6827 117 + 1
UCGGGCAUUUUCCGACAAAUGCUGACAGCCUGCGCCAGCUGCUCGCUGGUGGUUAGCGACUCAUUGAGCAGGCAGUCGAGAUUGAAGCUGGCGUAGUAGGUGC---UGCUGUCCAGCUCC
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>consensus
UCGGGCAUUUGGCGACAAAUGCUGACAGCCUGCGCCAGCUGCUCGUUCGUGGUCAGCGACUCAUUGAGCAGCGAGUCCAGAUUGAAGCUGGCAUAGUAGCUGC___UGCUGUCCAGCUCG
...((((((((....))))))))..(((.(((.((...(((((((.....((((...))))...)))))))...)).))).))).((((((.((((((........)))))))))))).. (-25.11 = -26.70 +   1.59)

alignment

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secondary structure

Postscript

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