Locus 6092

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,167,958 – 19,168,049
Length 91
Max. P 0.976054
window9760

overview

Window 0

Location 19,167,958 – 19,168,049
Length 91
Sequences 4
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.70
Mean single sequence MFE -22.88
Consensus MFE -21.45
Energy contribution -21.45
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.80
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.976054
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19167958 91 + 20766785
CUGUGCUCAUGUGUAUUUGUUUAAUUUAUAUCUAGAGUCUAGAGUCUGAUAUAAAUAUUAAAAUAAGUAUAAGAAGCGGCGCACAGCUACG
((((((.(...(((((((((((.(((((((((.(((.(....).))))))))))))....))))))))))).......).))))))..... ( -24.30)
>DroSec_CAF1 51655 91 + 1
CUGUGCUCAUGUGUAUUUGUUUAAUUUAUAUCUAGAGUCUAGAGUCUGAUAUAAAUAUUAAAAUAAGUAUAAGAAGCGGCGCACAGCUACG
((((((.(...(((((((((((.(((((((((.(((.(....).))))))))))))....))))))))))).......).))))))..... ( -24.30)
>DroEre_CAF1 59482 89 + 1
CUGUGCUCAUGUGUAUUUGUUUAAUUUAUAUCUAGAGUCUAGAGUCUGAUAUAAAUAUUAAAAUAAGAAUAAGAAGCAGCGCAUAG--ACG
((((((.(.(((.(((((.(((((((((((((.(((.(....).))))))))))..))))))....)))))....)))).))))))--... ( -21.80)
>DroYak_CAF1 58840 91 + 1
CUGUGCUCAUGUGUAUUUGUUUAAUUUAUAUCUAGAGUCUAGAGUCUGAUAUAAAUAUUAAAAUAAGAAUAAGAAGCAGCGCAUAGCUACG
((((((.(.(((.(((((.(((((((((((((.(((.(....).))))))))))..))))))....)))))....)))).))))))..... ( -21.10)
>consensus
CUGUGCUCAUGUGUAUUUGUUUAAUUUAUAUCUAGAGUCUAGAGUCUGAUAUAAAUAUUAAAAUAAGAAUAAGAAGCAGCGCACAGCUACG
((((((.(.(((((((((((((.(((((((((.(((.(....).))))))))))))....)))))))))).....)))).))))))..... (-21.45 = -21.45 +  -0.00)

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secondary structure

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