Locus 6045

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,021,619 – 19,021,745
Length 126
Max. P 0.748868
window9690 window9691

overview

Window 0

Location 19,021,619 – 19,021,714
Length 95
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.29
Mean single sequence MFE -21.27
Consensus MFE -8.90
Energy contribution -9.73
Covariance contribution 0.83
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.721571
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19021619 95 - 20766785
AUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGCCUGUCGGCAUAUGUA--------UGCAUUGUAUAUGUAUAUGAAUGGCUGUGU
..(((((.(((((((((.((((.....))))))))))))))))))...(((..(((..(((((((--------(((...)))))))))).)))..)))..... ( -27.60)
>DroSec_CAF1 119511 77 - 1
AUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCCGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUGCA--------UGCAUUGUAUAU------------------
..(((((.(((((((((.(((.......)))))))))))))))))..((((....))))((((((--------.....)))))).------------------ ( -19.80)
>DroSim_CAF1 124118 92 - 1
AUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUGUA--------UGCAUUGUAUAUGUAUAUGAACGGAAG---
..(((((.(((((((((.((((.....))))))))))))))))))....(((((((..(((((((--------(((...)))))))))).)).)))))..--- ( -26.30)
>DroEre_CAF1 123003 78 - 1
AUCGGCUCAGUUU-----AGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUUGGCUCAUGUA--------UGCAGUAUAUAUG------------UAAGU
..(((((.(((((-----((((.........))))))))))))))...(((....))).((((((--------((...))))))))------------..... ( -17.00)
>DroYak_CAF1 124156 94 - 1
AUCGGCUCAGUUU-----AGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGCCGGUUGGCAUAUGUAUGUACAUAUGCAGUAUAUAUGAAUGUG----UCUGAGU
((((((.((((((-----((((.........))))))....))))...)))))).(((((((((((((((.......))))))))..)))))----))..... ( -26.50)
>DroPer_CAF1 123420 77 - 1
UACGGCUUAGUUCACUUUAGUUUUAUCAGCCAACUAAAUUUAGUG--UGUCAGUCGGAU---CUA--------GGAGUAGCAUGUGUG----------UG---
..(((((.....((((((((((.........))))))....))))--....)))))...---...--------......(((....))----------).--- ( -10.40)
>consensus
AUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUGUA________UGCAUUGUAUAUGUA__________UG___
...(((.(((((...(((((((.........)))))))..)))))...))).................................................... ( -8.90 =  -9.73 +   0.83)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 19,021,651 – 19,021,745
Length 94
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.56
Mean single sequence MFE -21.85
Consensus MFE -11.98
Energy contribution -12.87
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.748868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19021651 94 - 20766785
-CC---CCCCCCGUUCCACAUC-CUUCGCCAAG----AUGAUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGCCUGUCGGCAUAUG
-..---................-....(((...----..(((.(((.(((((.(((((((((.........))))))))))))))...))).))))))..... ( -22.30)
>DroSec_CAF1 119525 96 - 1
-CCGA-CCCCCUUAUCCUUGUC-CUUCGCCAAG----AUGAUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCCGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUG
-....-................-....(((.((----(((..(((((.(((((((((.(((.......)))))))))))))))))..)))))...)))..... ( -24.10)
>DroSim_CAF1 124147 96 - 1
-CCGA-CCCCCCUACCCUCGUC-CUUCGCCAAG----AUGAUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUG
-....-................-....(((.((----(((..(((((.(((((((((.((((.....))))))))))))))))))..)))))...)))..... ( -25.00)
>DroEre_CAF1 123023 76 - 1
---------------C--CGAC-UUCCGCCAAG----AUGAUCGGCUCAGUUU-----AGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUUGGCUCAUG
---------------.--....-....((((((----(((..(((((.(((((-----((((.........))))))))))))))..)))))..))))..... ( -22.30)
>DroYak_CAF1 124192 91 - 1
ACC-G-CCCCCGCCCCCGCAUC-CACCGCCAAG----AUGAUCGGCUCAGUUU-----AGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGCCGGUUGGCAUAUG
...-(-((...((....))...-.((((...((----(....(((((.(((((-----((((.........)))))))))))))))))..)))).)))..... ( -23.10)
>DroPer_CAF1 123439 96 - 1
-U-GUACUAUCUGUUCUCCAUCGCUCCUCCUAGCAGCCUCUACGGCUUAGUUCACUUUAGUUUUAUCAGCCAACUAAAUUUAGUG--UGUCAGUCGGAU---C
-.-.....................(((..((..(((((.....)))......((((((((((.........))))))....))))--))..))..))).---. ( -14.30)
>consensus
_CC___CCCCCCGAUCCUCAUC_CUCCGCCAAG____AUGAUCGGCUCAGUUUAGUUUAGUUUUAUCAGCUAACUAAAUUAGCUGUCUGUCUGUCGGCAUAUG
...........................(((.........(((.(((.(((((...(((((((.........)))))))..)))))...))).))))))..... (-11.98 = -12.87 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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