Locus 602

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	3,069,869 – 3,069,999
Length	130
Max. P	0.836540

overview

Window 9

Location	3,069,869 – 3,069,962
Length	93
Sequences	6
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.59
Mean single sequence MFE	-37.13
Consensus MFE	-27.90
Energy contribution	-30.40
Covariance contribution	2.50
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-2.62
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.34
SVM RNA-class probability	0.697137
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3069869 93 + 20766785
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCCAAGCUUAUGGAAGCGCCACUGCUGGGUUCCCAGCAGGGGGGACGUAAGUCUAAUGCACCCGGCAGC
....((((((....(((((.........))))).))).)))(((.(((((((....)))))))(((((((....))))......))))))... ( -39.00)
>DroVir_CAF1 20030 93 + 1
AUUAGCUCCAGUCCCGGCUAUAAUUCCAAGCUCAUGGAGACGCCGUUGCUGGCAUCGGCGCAGAGCGCACGCAAGAGCCAAGCUCCCAGCGUG
....((((((((..((((.....(((((......)))))..))))..))))((......)).)))).(((((..((((...))))...))))) ( -33.30)
>DroSec_CAF1 2459 93 + 1
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCUAAGCUUAUGGAAGCACCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGC
....(((...(.(((((.......((((......)))).(((((.(((((((....))))))))).((((....))))..))).))))))))) ( -38.70)
>DroSim_CAF1 2957 93 + 1
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCUAAGCUUAUGGAAGCACCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGC
....(((...(.(((((.......((((......)))).(((((.(((((((....))))))))).((((....))))..))).))))))))) ( -38.70)
>DroEre_CAF1 2908 93 + 1
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCCAAGCUCAUGGAAGCGCCACUGCUGGGCUCCCAACAAGGAGGGCGUAAGUCCAACGCACCCGGCACC
....((((((....(((((.........))))).))).))).....(((((((.(((......)))((((....))))......))))))).. ( -33.20)
>DroYak_CAF1 2984 93 + 1
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCCAAGCUUAUGGAAGCGCCACUGCUGGGUUCCCAGCAAGGGGGACGUAAGUCCAACGCACCCGGCACC
..........(((((((.......((((......)))).(((((..((((((....))))))..))((((....))))..))).))))).)). ( -39.90)
>consensus
AUCAGCUCCAGUCCGGGCUACAACUCCAAGCUUAUGGAAGCGCCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGC
..........(.(((((.......((((......)))).(((((.(((((((....))))))))).((((....))))..))).))))))... (-27.90 = -30.40 +   2.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,069,909 – 3,069,999
Length	90
Sequences	6
Columns	90
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.78
Mean single sequence MFE	-37.65
Consensus MFE	-24.90
Energy contribution	-26.07
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.73
SVM RNA-class probability	0.836540
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3069909 90 + 20766785
CGCCACUGCUGGGUUCCCAGCAGGGGGGACGUAAGUCUAAUGCACCCGGCAGCGCACAGCGCCAGACUCCGCUCAUGGACUUGGCCCCCA
.....(((((((....)))))))(((((.(.((((((((..((....(((.((.....))))).(....)))...)))))))))))))). ( -42.30)
>DroVir_CAF1 20070 87 + 1
CGCCGUUGCUGGCAUCGGCGCAGAGCGCACGCAAGAGCCAAGCUCCCAGCGUGCUGCAGCGUCAG---CCUCUGAUGGACUUGGCACCAA
..((((((..(((...(((((...((((((((..((((...))))...)))))).)).))))).)---))..))))))............ ( -34.00)
>DroSec_CAF1 2499 90 + 1
CACCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGCGCACAGCGCCAGACUCCACUAAUGGACUUGGCCCCCA
..((.(((((((....))))))))).((((....))))..(((.....)))((.....))(((((..((((....)))).)))))..... ( -37.50)
>DroSim_CAF1 2997 90 + 1
CACCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGCGCACAGCGCCAGACUCCACUAAUGGACUUGGCCCCCA
..((.(((((((....))))))))).((((....))))..(((.....)))((.....))(((((..((((....)))).)))))..... ( -37.50)
>DroEre_CAF1 2948 90 + 1
CGCCACUGCUGGGCUCCCAACAAGGAGGGCGUAAGUCCAACGCACCCGGCACCGCGCAGCGCCAAACUCCGCUCAUGGAUUUGGCCCCCA
(((...(((((((.(((......)))((((....))))......)))))))..)))....((((((.((((....))))))))))..... ( -35.20)
>DroYak_CAF1 3024 90 + 1
CGCCACUGCUGGGUUCCCAGCAAGGGGGACGUAAGUCCAACGCACCCGGCACCGCGCAGCGCCAAACUCCGCUCAUGGAUUUGGCUCCCA
(((...((((((((.(((.....)))((((....)))).....))))))))..)))....((((((.((((....))))))))))..... ( -39.40)
>consensus
CGCCACUGCUGGGAUCCCAGCAGGGCGGACGUAAGUCCAAUGCACCCGGCAGCGCACAGCGCCAGACUCCGCUCAUGGACUUGGCCCCCA
......(((((((..((......)).((((....))))......))))))).........(((((..(((......))).)))))..... (-24.90 = -26.07 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	3,069,909 – 3,069,999
Length	90
Sequences	6
Columns	90
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.78
Mean single sequence MFE	-41.13
Consensus MFE	-27.65
Energy contribution	-28.40
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.45
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.537056
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3069909 90 - 20766785
UGGGGGCCAAGUCCAUGAGCGGAGUCUGGCGCUGUGCGCUGCCGGGUGCAUUAGACUUACGUCCCCCCUGCUGGGAACCCAGCAGUGGCG
.((((((.(((((....((((........))))(((((((....)))))))..)))))..))))))((((((((....))))))).)... ( -40.90)
>DroVir_CAF1 20070 87 - 1
UUGGUGCCAAGUCCAUCAGAGG---CUGACGCUGCAGCACGCUGGGAGCUUGGCUCUUGCGUGCGCUCUGCGCCGAUGCCAGCAACGGCG
.(((........))).((((((---(.......)).((((((.((((((...)))))))))))).)))))(((((.((....)).))))) ( -36.20)
>DroSec_CAF1 2499 90 - 1
UGGGGGCCAAGUCCAUUAGUGGAGUCUGGCGCUGUGCGCUGCCGGGUGCAUUGGACUUACGUCCGCCCUGCUGGGAUCCCAGCAGUGGUG
...((((.(((((((...(((.(.((((((((.....)).))))))).))))))))))..))))((((((((((....))))))).))). ( -44.60)
>DroSim_CAF1 2997 90 - 1
UGGGGGCCAAGUCCAUUAGUGGAGUCUGGCGCUGUGCGCUGCCGGGUGCAUUGGACUUACGUCCGCCCUGCUGGGAUCCCAGCAGUGGUG
...((((.(((((((...(((.(.((((((((.....)).))))))).))))))))))..))))((((((((((....))))))).))). ( -44.60)
>DroEre_CAF1 2948 90 - 1
UGGGGGCCAAAUCCAUGAGCGGAGUUUGGCGCUGCGCGGUGCCGGGUGCGUUGGACUUACGCCCUCCUUGUUGGGAGCCCAGCAGUGGCG
.((((((....(((......)))(((..((((.((.((....)).))))))..)))....)))))).(((((((....)))))))..... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 3024 90 - 1
UGGGAGCCAAAUCCAUGAGCGGAGUUUGGCGCUGCGCGGUGCCGGGUGCGUUGGACUUACGUCCCCCUUGCUGGGAACCCAGCAGUGGCG
.((((((((......)).)).(((((..((((.((.((....)).))))))..)))))...))))(((((((((....))))))).)).. ( -40.90)
>consensus
UGGGGGCCAAGUCCAUGAGCGGAGUCUGGCGCUGCGCGCUGCCGGGUGCAUUGGACUUACGUCCGCCCUGCUGGGAUCCCAGCAGUGGCG
...((((.(((((((...(((.(.(((((((........)))))))).))))))))))..)))).(((((((((....))))))).)).. (-27.65 = -28.40 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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