Locus 6003

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	18,864,020 – 18,864,218
Length	198
Max. P	0.996468

overview

Window 5

Location	18,864,020 – 18,864,138
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.58
Mean single sequence MFE	-38.68
Consensus MFE	-32.78
Energy contribution	-33.10
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.38
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	2.70
SVM RNA-class probability	0.996468
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18864020 118 + 20766785
--UAAAUAAACAUUAAACAAGCUAGAUCUAGAAGGCCUUCUUGGUCCGCCCAGGGAGCAGGGCCUCUUUCAGAUACUGGAACAGCGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUACGCGAGAAGUA
--..................(((.((((.((((....)))).))))(((.(((((((((((((((.((((((...))))))..((....)))))))))))))))))....)))...))). ( -43.30)
>DroSec_CAF1 39428 118 + 1
--UAAAUAAACAUUAAACAAGCUACACCUAGAAGGCCUUCUUGGUCCGCCCAGGGAGCAAGGCCUCUUUCAGAUACUGGAACAGCGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUGCGCGAGAAGUA
--..................(((..........)))(((((((...(((.(((((((((.(((((.((((((...))))))..((....))))))).)))))))))..)))))))))).. ( -37.70)
>DroSim_CAF1 38893 118 + 1
--UAAAUUAACAUUAAACAAGCUACACCUAGAAGGCGUUGUGGGUCCGCCCAGAGAGCAAGGCAUCUAUUAGAUAUUGGAACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUGUUUUUGUGCGAGAAGUA
--.......(((..((((((((....(((.....((.((.((((....)))).)).)).)))..((((........))))..((((........)))))))))))).))).......... ( -28.60)
>DroEre_CAF1 41604 120 + 1
AAUAAAUAAACAUUAAAUAAACUACGCCUAGAAGGCCUUCUUGGUCCGCCCAGGGAGCAGGGCCUCUUUCAGAUACUGGAACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUA
.........................(((.....)))(((((((....(..(((((((((((((((((.((.....(((...))).)).)).)))))))))))))))..)..))))))).. ( -42.80)
>DroYak_CAF1 40825 118 + 1
--UAAAUAAACAUUAAAUAAACUACACCUAGAAGGCCUUCUUGGUCCGCCCAGGGAGCAGGGCCUCUUUCAGAUACUGGAACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUA
--..................(((.((((.((((....)))).))).(((.(((((((((((((((((.((.....(((...))).)).)).)))))))))))))))....))).).))). ( -41.00)
>consensus
__UAAAUAAACAUUAAACAAGCUACACCUAGAAGGCCUUCUUGGUCCGCCCAGGGAGCAGGGCCUCUUUCAGAUACUGGAACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUA
....................(((..(((.((((....)))).))).(((.(((((((((((((((((.((.....(((...))).)).)).)))))))))))))))....)))...))). (-32.78 = -33.10 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	18,864,098 – 18,864,218
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.00
Mean single sequence MFE	-51.32
Consensus MFE	-47.94
Energy contribution	-49.18
Covariance contribution	1.24
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.45
SVM RNA-class probability	0.994143
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18864098 120 + 20766785
ACAGCGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUACGCGAGAAGUAGUUGCUGACCACGUCCGGACUGCGCCGGCUCUGGUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCACUCAGCGAGA
.((.((.((((.(((.((((((((((.....))))))))))..)))(((((...((((......))))...))))))))).)).))...(((((....))))).(((((.....))))). ( -53.60)
>DroSec_CAF1 39506 120 + 1
ACAGCGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUGCGCGAGAAGUAGUUGCUGACCACGUCCGGACUGCGCCGGCUCUGGUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCACUCAGCGAGA
.((.((.((((.(((.((((((((((.....))))))))))..)))(((((...((((......))))...))))))))).)).))...(((((....))))).(((((.....))))). ( -53.60)
>DroSim_CAF1 38971 119 + 1
ACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUGUUUUUGUGCGAGAAGUAGUUGUUGACCACGUCCGGAGUGCGCCGGCUCU-GUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCAAUCAGCGAGA
.(((((.((((((...((.(((((......))))).))...)))))).......((((......))))))))-)(((((((..((((..(((((....)))))..))))..))))))).. ( -44.60)
>DroEre_CAF1 41684 120 + 1
ACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUAAUUGCUGACCACAUCCGGACUGCGCCGGCUCUGAUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCACUCAGCGAGA
.(((((.((((((....(((((((((.....))))))))).)))))).......((((......))))))))).(((((((..((((..(((((....)))))..))))..))))))).. ( -52.40)
>DroYak_CAF1 40903 120 + 1
ACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUAAUUGCUGACCACAUCCGGACUGCGCCGGCUCUGAUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCACUCAGCGAGA
.(((((.((((((....(((((((((.....))))))))).)))))).......((((......))))))))).(((((((..((((..(((((....)))))..))))..))))))).. ( -52.40)
>consensus
ACAGGGACAGCAGGCCCUGCUUCUUGUUCCGCGAGAAGUAGUUGCUGACCACGUCCGGACUGCGCCGGCUCUGGUCGCUGACGGUGGUGGGCAGGACACUGUCAUUCGCACUCAGCGAGA
.(((((.((((((...((((((((((.....)))))))))))))))).......((((......))))))))).(((((((..((((..(((((....)))))..))))..))))))).. (-47.94 = -49.18 +   1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:00:07 2006