Locus 5927

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	18,692,165 – 18,692,325
Length	160
Max. P	0.999329

overview

Window 0

Location	18,692,165 – 18,692,285
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.50
Mean single sequence MFE	-51.68
Consensus MFE	-44.16
Energy contribution	-44.24
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.91
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.52
SVM RNA-class probability	0.999329
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18692165 120 + 20766785
AGCCACAAGUCGUGGAUCCUUCCGCGCAUGAUGGUUCUGUUCGCCAGUGGGGAUAUGGAUCAGGUUAUAGAGGCCAUAGUCUCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGUACUGGACUGGUGGCC
.(((((..(.((((((....))))))).....(((((.((..((((((.((...((((((((.(((...(((((....))))).))).)))))))))).)))))))).))))).))))). ( -53.70)
>DroSec_CAF1 55694 120 + 1
AGCCACAAGUCGUGGGUCCUGCCGCGCAUGAUGGUUCUGUUCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCGCGGACAUGAUCCACCCGAUUGGCACUGAACUGGUGGCC
.(((((..((((((.((......)).))))))(((((.((..((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).)))))))).))))).))))). ( -55.10)
>DroSim_CAF1 56093 120 + 1
AGCCACAAGUCGUGGGUCCUGCCGCGCAUGAUGGUUCUGUUCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCACGGACAUGAUCCACCCAAUUGGCACUGAACUGGUGGCC
.(((((..((((((.((......)).))))))(((((.((..((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).)))))))).))))).))))). ( -51.90)
>DroEre_CAF1 56581 120 + 1
ACCCACAAGUCGUGGGUCCUUCCGCGCAUGAUGAUCCUGUUUGCCAGCGGCGAUAUGGAUCAGGUUGUAAGCGCCAUAGUUGAGGAUAUGAUCCAUCCGAUUGGGAGUGGACAGGUGGCC
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>DroYak_CAF1 56505 120 + 1
AGCCACAAAUCGUGGGUCCUGCCGCGCAUGAUGGUCCUGUUUGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUGAUAGACGCCAUAGUUGCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGCAGUGGACUGGUGGCU
((((((..((((((.((......)).))))))(((((...((((((((.((...((((((((((((.....))))...(((...))).)))))))))).)))))))).))))).)))))) ( -54.30)
>consensus
AGCCACAAGUCGUGGGUCCUGCCGCGCAUGAUGGUUCUGUUCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCGCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGCACUGGACUGGUGGCC
.(((((..((((((.((......)).))))))(((((.....((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).))))))...))))).))))). (-44.16 = -44.24 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	18,692,205 – 18,692,325
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.42
Mean single sequence MFE	-44.56
Consensus MFE	-36.86
Energy contribution	-37.66
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	2.18
SVM RNA-class probability	0.989803
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18692205 120 + 20766785
UCGCCAGUGGGGAUAUGGAUCAGGUUAUAGAGGCCAUAGUCUCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGUACUGGACUGGUGGCCAGUGUUCUGGUCGAGGAGUCCAUACGGGACGAGAUGAUUA
((((((((.((...((((((((.(((...(((((....))))).))).)))))))))).))))))..((((((..(((((((....)))))))...))))))........))........ ( -49.20)
>DroSec_CAF1 55734 120 + 1
UCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCGCGGACAUGAUCCACCCGAUUGGCACUGAACUGGUGGCCAGUGUUCUGGUCGAGGAGUCCAUACGGGACGAGAUGAUUA
..((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).))))))......((..(((((((....))))))).)).((((.....)))).......... ( -49.60)
>DroSim_CAF1 56133 120 + 1
UCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCACGGACAUGAUCCACCCAAUUGGCACUGAACUGGUGGCCAGUGUUCUGGUCGAGGAGUCCAUACGGGACGAGAUGAUCA
..((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).))))))...((.((..(((((((....))))))).)).((((.....)))).......)). ( -46.50)
>DroEre_CAF1 56621 120 + 1
UUGCCAGCGGCGAUAUGGAUCAGGUUGUAAGCGCCAUAGUUGAGGAUAUGAUCCAUCCGAUUGGGAGUGGACAGGUGGCCAGUGUGUUGGUAGAGGAGUCGAUACGCGACGAGAUGAUUA
(((((...)))))....(((((..((((..(.(((((...........((.(((((((.....))).)))))).)))))).(((((((((........))))))))).))))..))))). ( -34.80)
>DroYak_CAF1 56545 120 + 1
UUGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUGAUAGACGCCAUAGUUGCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGCAGUGGACUGGUGGCUAGUGUUCUGGUAGAGGAGUCCAUACGAGACGAGAUGAUUA
.(((((((.((...((((((((((((.....))))...(((...))).)))))))))).)))))))(((((((....(((((....))))).....)))))))................. ( -42.70)
>consensus
UCGCCAGUGGGGACAUGGAUCAGGUUAUAGACGCCAUAGUCGCGGACAUGAUCCAUCCGAUUGGCACUGGACUGGUGGCCAGUGUUCUGGUCGAGGAGUCCAUACGGGACGAGAUGAUUA
..((((((.(((...(((((((.(((...(((......)))...))).)))))))))).))))))..((((((..(((((((....)))))))...)))))).................. (-36.86 = -37.66 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

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