Locus 5920

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,668,700 – 18,668,820
Length 120
Max. P 0.828439
window9502

overview

Window 2

Location 18,668,700 – 18,668,820
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 72.83
Mean single sequence MFE -40.72
Consensus MFE -19.06
Energy contribution -19.77
Covariance contribution 0.71
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.828439
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18668700 120 - 20766785
CCUUCAGGCAUCGUUCGUAGGUCUGAAUGGCCAACCUGUAUUGGCCACUUACGAGCGCUAUGUGAGCCGAGUUUAUUAUGGCGGGAAUACACUUAUUCCCACACUCGAUAAUUUGCUUAA
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>DroVir_CAF1 57424 120 - 1
CCUUCAAACAUUGUUUAUAUAUGUCUAUUGCUUCUGUAUAAUGCUCCUGUUCCAUGGCAAUGUGUGCUGUGUUUAAAAUAGCCUCAGUACAGCGCUUGCUGGACUCAACAAUCUGCUUGA
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>DroSim_CAF1 32594 120 - 1
UCUUCAGGCAUCGCUCGUAGGUCUGAAUGGCCAACCUGUAUUGGCCACUUACGAGCGCUAUGUGAGCCGAGUUUAUUAUGGCGGGAAUACACUUAUUCCCGCCCUCGAUAAUUUGCUGAA
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>DroEre_CAF1 31863 120 - 1
CCUUCAGGCAUCGCUCAUAGGUCUGUAUGGCCAGCCGGUAUUGGCCACGUUCUAGCGCUAUGUGAGCCGAGUUCAGUAUGGCGGGAAGACACUUAUUCCCCGACUCGAUAAUCUGCUUAA
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>DroYak_CAF1 32650 120 - 1
CCUUCAGACAUCGCUCAUAGGUCUGUAUGGCCAGCCGGUAUUGGCCACGUUCGAGCGCUAUGUGAGCCGAGUUCAGUAUGGCGGGAAGACACUUAUUCCCAGACUCGAUAAUCUGCAUAA
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>DroAna_CAF1 31726 120 - 1
CCUCCAGGCACUGUUUGUAGGUUUGGCUGGCCUGCUUGUACUGGCCCUUCGCGAGGGCCGUGUGGGCGAAGUUCAGAAUGGCCGGCGGGCACUCCCUGCCAGCUUCCACGAUUUGCUGGA
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>consensus
CCUUCAGGCAUCGCUCAUAGGUCUGUAUGGCCAGCCUGUAUUGGCCACGUUCGAGCGCUAUGUGAGCCGAGUUCAGUAUGGCGGGAAGACACUUAUUCCCAGACUCGAUAAUCUGCUUAA
....(((((...........)))))...((((((......)))))).....((((((((((((((((...))))).)))))))((((........))))....))))............. (-19.06 = -19.77 +   0.71)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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